光彦たちは笛本隆策から高木の贈り物という小包を佐藤刑事に渡してほしいと頼まれる。中にはタブレット端末が入っており、そこには口にテープを貼られ、首にロープを巻かれた高木が映っていた。地上から数メートルの所にある板の上に縛られた高木は眠っていて、寝返りを打って下に落ちたら首が吊られる危険な状況だった…。
光彦は笛本の変な言葉遣いを思い出して佐藤に報告。コナンは北海道の方言と気付き、自殺者の1人、北海道出身の英語教師、ナタリー来間の関係者が高木を拉致したと判断する。そして、松本管理官はナタリーの遺体を引き取った英会話教室の上司、笛本隆策を被疑者に特定。佐藤たちは笛本が潜伏するマンションを訪ねるが…。
高木の足元の板の裏にセットされた時限爆弾。コナンたちは映像から高木がいるのは北海道と判断し、目暮と佐藤はヘリコプターに乗って北海道へ向かう。だが、映像を頼りに探しても高木を見つける事ができない。翌日、コナンは犯人が場所を特定されないように仕掛けたトリックを見破る。爆破の時間は刻一刻と迫っていた…。
コナンと哀、沖矢、高木刑事は出版社社長で編集長の勝本がマンションから落ちる現場に遭遇する。勝本は「俺を殺せるもんなら殺してみろ、部屋の扉を開けて待ってるぞ、返り討ちにしてやる」というメールを荻野、香、袖崎に一斉送信していた。3人は勝本を恨んでいて、3人の誰かが勝本を突き落した可能性が高かった。
目暮警部はコナンに促され、泡と湯気と煙の実験を行う。この実験によって3人に10分以上かかる犯行は不可能と判明。だが、コナンは3人が部屋を出た時の話を聞いて何かに気付く。そしてコナンは小五郎が貧乏学生の頃にやっていた事を思い出し、誰が犯人かを見破る。コナンは再度実験を行い、犯人を追い込んでいくが…。
爆発物が配達され、ケガ人が出る事件が2件発生。警察は犯人を逮捕し、残り1つの爆弾を配達中の配送車も特定するが、予期せぬトラブルが起きる。金融会社から金を強奪して逃走中の強盗犯が何も知らずに爆弾を積んだ配送車を盗んだのだ。コナンは少年探偵団と共に配送車を追跡するが…。爆発の時間は刻一刻と迫っていた。
コナンたちは阿笠と共に準備中のアイスフェスティバルの会場を見学する。氷彫刻家の塩田が作業中のメイン広場に村長の山口と秘書の小木が現れる。お祭りに否定的な山口はこの場所にレジャー施設を建設しようと計画していた。翌朝、氷でできたアイスホテルに泊まっていた山口が遺体となって発見される。
早朝、高木刑事はジョギング中の秀子を追い抜いた時にボストンバッグを拾う。中には3千万円が入っていた。間もなく、平沼という落とし主が現れる。だが、コナンは平沼のウソに気付いて現場を調べ、平沼がバッグを落とし、秀子に拾わせようとした事を見破る。2人は15年前に起きたある事件に関係していた…。
小五郎に彼氏の浮気調査を依頼した後、石段から落ちて他界した笹森薫。兄の隆司は薫の恋人だった柘植を疑っていた。3ヵ月後、柘植から犯人を教えると連絡があり、小五郎はコナン、蘭と共に山中にある柘植のアトリエへ向かう。到着後、コナンたちはアトリエで頭から血を流して絶命した柘植を発見する。
蘭、園子、世良は路地で絶命している高市勲に気付く。高市は肝硬変による静脈瘤破裂で他界した可能性が高かったが、世良は地面の「死」という血文字を見て猟奇殺人と推理する。この現場は優作が唯一サジを投げた10年前の事件の現場と酷似。優作は「死」という文字を残す殺人犯は今後現れないと断言していたが…。
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