阿笠博士のお見舞いにやってきたコナン、歩美、元太、光彦、灰原。その帰り道、高木刑事が強盗犯を追いかけている場面に遭遇する。挟み撃ちのため別ルートから佐藤刑事もやってきて、無事に強盗犯は確保された。逮捕時刻を記入しようと手帳を開いた高木刑事は、そこに一年前に交通事故で亡くなった伊達刑事が書き残した暗号のメモがあることに気が付く。自分なら分かるかもしれないと手帳を見たコナンが導き出した場所は……。
伊達刑事が書き残した暗号を解き、喫茶ポアロにやってきたコナン、歩美、元太、光彦、灰原、高木刑事、佐藤刑事。ポアロに残された情報から誘拐犯が指定した身代金の受け渡し方法を推理し、フランス自動車メーカー副社長の息子・アランを救出することに成功する。一段落したかに思われたが、当時アランと一緒に居た友人の犬飼佑二も監禁されていることが判明。アランが車に乗っていた時の情報から監禁場所を探すことになる。
依頼を受け別荘地にやって来たコナン、蘭、小五郎。早々に事件は解決し帰宅していると、大きな別荘の前に群馬県警の車両が停まっているのを見かける。現場に居た山村警部が言うには、ベランダでコーヒーを飲んでいた被害者が、落ちてきた煙突にぶつかって絶命してしまったという事故らしい。被害者は有名ヤンニョムチキン専門店の会長・井上浩平。話している最中、コナンは煙突の付け根に何者かが施した細工を発見する。
コナン、蘭、小五郎が訪れた別荘地で発生した煙突の落下事故は、被害者を殺害するための細工が見つかり事件として捜査が始まる。近くに被害者の知人が数名滞在しており、コナンたちは話を聞いていくことにする。被害者の妻、会社の代表取締役社長、旧友で会社の株主である資産家、険悪な関係の投資家、そして愛人が容疑者となった。捜査の結果、別荘で発見された細工の作り方を良く知る人物が判明し犯人の最有力候補となるが……。
コナン、蘭、小五郎はイタリア料理店の火事に遭遇。近くに居た男性が店に飛び込んでしまい、止めるために後を追った小五郎が見たのは遺体だった。警察の捜査で、被害者は料理長のマルチェロだと分かる。店に飛び込んだ男性はウェイターの秋村。後からオーナーの倉坂とその娘の真理子、被害者の妻・有里紗もやってくる。定休日で無人だと思って侵入した空き巣が、料理中の被害者と鉢合わせしたことによる事件だと考えられたが……。
住宅街に拳銃を持った男が現れ、女性を人質にして近くの家に籠城するという事件が発生した。テレビでその様子を見ていたコナンと小五郎は、慌てて現場に向かう。訳の分からない要求をしてくる犯人に困惑する目暮警部たち。そこへ家の持ち主が駆け付け「ここは空き家で明日にも解体工事が行われるため、ドアや壁をぶち破って突入して構わない」と言う。話し合いをしている最中、家の中から二発の銃声が聞こえてきて……。
仮面を付けて行われる“マスカレード婚活パーティー”。家族の紹介で仕方なく参加した重悟は、会場で千速に出会う。千速は、女性の参加費が無料の婚活パーティーだったため「タダで有名レストランのオードブルやデザートが食べられる」という理由で参加していた。選ぶつもりだった千速の番号を忘れてしまったことで、重悟は別の女性とのアプローチタイムに参加することになる。別室へ移動すると、そこで重悟を待っていたのは……。
横溝重悟と萩原千速が参加していた婚活パーティーの会場で拳銃による殺害事件が発生。被害者と別室で二人きりになる機会のあった、蕪木到、上寺幾久、円崎源司を容疑者として捜査が始まる。現場の状況から、犯人はサイレンサー付き拳銃で威嚇射撃をして被害者を脅した後、テーブルの下で拳銃を突き付けながら次に入ってくる男性と会話をするよう指示していたと考えられた。被害者が残したメモには、三人の印象が書かれており……。
コナンと蘭は一階に空手道場のあるビルを訪れる。空手教室の師範である郷田が怪我をし、蘭が臨時の先生を頼まれたのだ。付き添いで来ていたコナンがその様子を眺めていると、郷田が途中で教室を抜け出していくのが目に入る。その後をついていくと、郷田は二階の管理事務所前で男性と揉めていた。教室は順調に進んでいくが、終わりが近づいた所で二階から叫び声が聞こえる。現場に駆け付けたコナンたちが見たのは男性の遺体だった。
秘境の温泉にやって来たコナン、元太、光彦、阿笠博士。混浴だったこともあり、灰原と歩美はワカサギ釣りをするため近くの巨大リゾート施設・スフツリゾートを訪れる。そこにはスノーボードをしにきた蘭と園子、スノーモービルをしにきた佐藤刑事がいた。アクティビティを楽しんだ後、一緒に食事をとっていた五人は、困った様子の従業員たちを目撃。話を聞くと、ここ数日施設内で奇妙なことが起こっているらしい。
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