毛利探偵事務所に、超高級ホストクラブ『サンセット』のオーナー・玉井悟がやって来る。依頼の内容は「周辺で奇妙なことが起きており、身辺調査と警護をしてほしい」というものだった。翌日、店を訪れたコナンと小五郎は、庭のプールで遺体となった玉井を発見。遺体には後頭部にひらがなの『の』形の打撲痕が有り、右手首・左手首にそれぞれ歯型があった。警察は、学生時代からの友人たちに事情聴取をすることになる。
コナンは、園子と一緒に陶芸家・浮島賢造のアトリエを訪ねる。引退してアトリエを引き払う予定だという浮島の言葉通り、作業員が行き来しており、部屋の中の作品はすべて売約済みだった。空気の入れ換えのため浮島が窓を開けると、抱えていたネコが何かに反応。飛び出したネコは近くの台にぶつかり、上に乗っていた大きな壺が落ちそうになってしまう。コナンと園子は、なんとか壺を支えることに成功するが……。
毛利探偵事務所にメロン農家の熊谷一樹がやって来る。依頼内容は「畑を荒らす犯人を見つけてほしい」というもので、容疑者は付近に居る野生動物たちだった。困惑する小五郎だが、最高級マスクメロンをご馳走になり、メロン農家の苦労を聞いて依頼を引き受けることになる。そこへ泥棒被害を心配して近所のメロン農家仲間たちがやってきた。その後、コナン、蘭、小五郎が畑を案内されていると、叫び声が聞こえてきて……。
公園で女性の遺体が発見された。現場検証していた高木刑事と千葉刑事は、カフェのスタンプカードを発見。同じカフェに通っていた被害者のスタンプカードは財布に入っており、現場に落ちていたものは犯人の所持品だった可能性が高い。大量にスタンプが押されていたことから、二人はカフェの付近で張り込みをすることになる。その後、二人が準備した張り込み部屋には、何故かコナンたち少年探偵団の姿があった。
群馬県にやって来たコナン、蘭、小五郎。ご当地の食事を楽しもうと群馬県警の山村警部に連絡をとる。小五郎が群馬県に居ると知った山村警部は、「長野県との県境で殺害事件が発生して揉めているため、加勢に来てほしい」と言い出す。コナンたちが向かった現場のホテルには、長野県警の大和警部、諸伏警部、上原刑事の姿もあった。県境の真上で発見された遺体。どちらも「ウチの事件だ」と譲る気がないため、合同捜査が始まり……。
群馬県と長野県の県境で発生した殺害事件。防犯カメラ映像から被害者は顔見知りと待ち合わせをしていた際に殺害されたと考えられ、同じホテルに滞在する動画配信者仲間の中田由水、星川鏡子、花山泉太が容疑者となる。話を聞いていく中で、現在はある出来事により意識不明のまま入院している四人の友人・弓場千津の名前が出てくる。千津の件は事件に関係があるのか? そして、被害者の残したダイイング・メッセージの意味とは……?
何度も事件を解決に導いた歩美の絵日記だったが、平和な日々が続くと描くことがない。痺れを切らした歩美は「事件を探しに行く」と言い出す。コナン、灰原、光彦、元太を連れて米花町のパトロールを始めた歩美だったが、交番で未解決事件を聞き出そうとするなど暴走ぎみ。光彦と元太はそれぞれ事件が起こりそうな場所を紹介するが……。さらに、数日前から歩美が感じている視線の正体は?
コナンと小五郎は、今叶子に依頼されて自宅を訪ねる。叶子の依頼は、夫の今コーポレーション会長・今平和の浮気調査だった。平和は、会社が所有している競走馬に乗るアイドル騎手の桜田桜に夢中なのだという。一週間、小五郎は平和の尾行を続けるが不審な点はない。調査報告をすると、叶子は平和が浮気していないことを喜び、小五郎を食事に誘う。食事が終わり叶子を自宅まで送り届けた小五郎だったが、悲鳴が聞こえてきて……。
コナンと小五郎は、捜査に協力した事件がなかなか進展しないため、目暮警部のもとを訪ねる。容疑者は元小学校教諭・北尾研吾。八日前に造成工事現場付近で発生した殺害事件の容疑者として逮捕され、犯行を認めていたが、取り調べを重ねるほど不審な言動が目立ち、起訴できずにいたのだ。奇妙に思った目暮警部たちは別の容疑者についても調べ始める。そこで北尾と被害者、どちらとも接点のある人物が浮上するが……。
買い物をしていたコナンは、奇妙な親子に出会う。子どもが持っていたカプセルトイを落としたためコナンが拾うと、そこには『たすけて』と書かれたメモが入っていた。後を追ったコナンは、子どもに「落とし物を拾った」と声をかけ、そのままトイレに誘導する。二人で逃げるのは難しい状況だったため、誘拐されていた少年・三村和雄と服を交換。無事に入れ替わりが成功し、コナンは誘拐犯たちと行動を共にすることになる。
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