古見家のご近所で有名な、不思議な力を持つ赤ん坊。その赤ん坊にヨミが目をつけた。自分と同じテレパシー能力を持つ赤ん坊がヨミに連れ去られたと知り、必死にその行方を追うバビル二世。しかし戦車部隊の攻撃で負ったダメージのせいで倒れてしまう。
日本海の海底で進められていた海底都市の建設計画。しかし既に海底基地を有していたヨミが、巨大なカニロボットを差し向けて建設途中の基地を破壊してしまった。保安局長と再会したバビル二世は、そのカニロボットを倒してヨミの妨害を取り除くために行動を開始する。
バビル二世とヨミに同時に送られた謎のテレパシー。それがとある火山島から発せられていることを突き止めたバビル二世は、現場で強力な超能力を備えた老人ドクトル・ザルツを発見する。しかしその老人は既に命尽きており、精神力増幅器を使い残留思念だけでテレパシーを送っていたのだった。
ヨミの部下、ゴルダが古代文明都市ゾロウを発見した。もともと人間のまま部下となったゴルダだが、ゾロウの遺跡で発見した加速装置によって目にも止まらぬ速さで動く能力を獲得。もはやサイボーグ戦士や超能力兵士を凌ぐ能力でバビル二世に挑戦してくる。
バビル二世を亡き者にするため、ヨミが究極のマシンを作り上げた。その名は「V号」!テレビすら手のひらサイズにしてしまう高性能LSIを大量に盗み出し、ようやく完成にこぎつけたヨミの切り札だ。完成したばかりのV号を発進させたヨミは、秘密基地まで追ってきたバビル二世に大ダメージを与えることに成功する。
ヨミがLSDを奪ったのは、V号以上の秘密兵器「テレパシー増幅装置」を作るためだった! 塔の修理を急ぎつつロプロスとポセイドンを回収したバビル二世は、挑んだ決戦でヨミからそのことを明かされる。そしてバビル二世以上のテレパシー能力で3つのしもべを操ろうとするヨミに、全身全霊で挑むのだった。
バビル二世号でようやく日本に戻って来た浩一。しかし激戦の疲労から突然気を失い、北海道に墜落してしまう。そこで彼を拾い、介抱したのは牧場の少女・ユキと、彼女の祖父・恒太郎だった。活発で人見知りをしないユキに、ただ名前だけ告げてしばし厄介になる浩一だったが…。
ユキとの牧場生活でバビル二世は密かに3つのしもべと再会していた。ロプロスは氷窟の中、ポセイドンは湖の中に、そしてロデムは常にバビル二世の周辺で。自動修復システムでバビル二世号も復活し、もはやバビル二世陣は完全復活を遂げたのだった。
巨大ロボット・タイタンをギターで操る、ヨミ配下の少年・ジョー。牧場で働きたいと偽り、ごく普通の少年になりすまして彼はユキの牧場へとやってくる。目的はもちろん、牧場での生活に慣れ始めていたバビル二世を抹殺するためだ。どうするバビル2世。
合体することで円盤になるヨミの部下・ザザンの怪ロボット。空港に現れて暴れまわるその怪ロボットを止めようと、居候している北海道の牧場からバビル二世が駆けつけた。だがそれはザザンの巧妙な誘い出し作戦で、バビル二世号に密かにつけられた発信機により牧場付近で再び襲撃されてしまう。
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