幽霊が出ると噂の星で、鉄郎は水の幽霊に出会う。やよいという名のその幽霊に言われるままに、鉄郎が木の根元を掘り起こすと、何やら包まれた荷物が。メーテルが鉄郎のことを心配し、幽霊のやよいを追い払ってしまうが、包みの中にあったのは…。
すべてがオートマチック化された快適な星『なまけものの鏡』で、人間はすることがなく、家も破壊するほど肥満しきっていた。サボリナという女性が、このままこの星にいたら駄目だと考え、999に乗りたいと鉄郎に頼むのだが、銀河鉄道の規則では、パスがない限り乗せることができない…。
昔の地球と似ているが、999の存在を知らされていない星『明日の星』で、鉄郎たちは999に乗り込んで宇宙を旅することを夢見る少年、太郎にパスを盗まれる。鉄郎たちは、住むところを探すうちに、安い下宿を見つけ、漫画家志望の男・足立太と知り合う。
食べ物にも困って、働きはじめる鉄郎。だが、パスの再発行は認められず、パスを取り返さなければ、999で旅をすることができない。パスを取り戻そうと駅で張り込む鉄郎たち。そこに、999に乗り込むべきかどうか決心がつかないままの太郎がやってきた‥‥。
「完全睡眠法」によって、夜に外出することを禁じられた街『夜のない街』。そこで鉄郎は、心優しい怪獣ヘローンを盗撮しようとした男たちの騒動に巻き込まれ、警察に追われることに。追い詰められ、999にも乗り遅れかける鉄郎の前に、再びヘローンが現れ‥‥。
暗闇に包まれた星『ヤミヤミ』で、鉄郎は人工太陽を打ち上げようとしている、レランという娘を殺して欲しいと頼まれる。人工太陽が上がり、闇が闇でなくなれば、何が起こるか分からないと。だが、レランは、メーテルを拉致して人工太陽を打ち上げる計画を実行に移してしまい…!
大きな音をたてるのは犯罪になる星『沈黙の聖地』で、鉄郎はメーテルに止められながらも999を出てしまう。大声を出して捕まり、訳も分からず処刑されそうになり、シルビアという女性に救われる。彼女もまた、夫を処刑された過去を持っていた。だが、鉄郎は追っ手に再び捕まり…。
殆ど全ての食料を、貢物として女王に捧げてしまうため、食糧不足にあえぐ星『魔女の竪琴』で、知り合ったニコライという少年は、わずかな食料のために殺されてしまう。怒った鉄郎が、女王への貢物をやめさせようと、メーテルと共に女王の島に向かう。だが、そこで見た意外な真実とは‥‥。
住民が全て機械化人間で、不老不死のため、『死』という意識が薄く、誰彼かまわず無理矢理葬式をあげて悲しい雰囲気を楽しむことが習慣となった星『葬送惑星』。鉄郎とメーテルはいきなり襲われ、生きたまま埋葬されてしまうが、マーチルという女性に助けられる。星のいきさつを教えてくれたマーチルも葬式のいけにえにされ…。
周りの迷惑を顧みず、修行のために鐘を鳴らし続ける、宇宙僧ダイルーズ。その共鳴作用のために、999は脱線。鉄郎の虫歯もボロボロに。そのため、緊急医療小惑星に臨時停車するが、そこで二人は、大怪我をし、生きることに失望した少年、ミカエルと出会う。そこで、どちらが彼を立ち直らせるかを競うことに。
惑星『好奇心』は、好奇心から、人間を捕らえては、体の中をのぞこうとしていた。999も強制着陸させられ、メーテルを裸にさせた上に、メーテルの体を切り裂くよう車掌を脅迫する。だが、逆に鉄郎にナイフで地面を切り裂かれると‥。
999の機関車C62が、客車を置き去りにして走り去ってしまう。それは鉄郎に課せられた「時間を食べるテストらしいのだが、鉄郎は、平気な顔で車掌やメーテルと楽しく過ごしていた。そんな999に、大金を強奪してきた列車強盗が乗り込んでいて…。
美しい花が咲き乱れる『花の都』で、住民は、すべて、特殊な防護服を着て暮らしている。星中に咲く花が、猛毒の花粉を撒き散らしているのだ。住民を毒の花粉から守るためには、死刑覚悟で誰かが花を焼き払わなければならないのだという‥。
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