ゼーダは、女兵士サンタナの勧めで反乱軍に加わり、自分たちを戦わせて見世物にしている総統に対して戦闘を起こす。だが、裏切りものブルダスの密告により作戦は敵に知られていた。鉄郎はそれをゼーダに告げるが、政府軍の待ち伏せを受け‥。
勤勉な人たちが住む星を訪れた鉄郎たち。貧しいながらも、活気にあふれた星。泊まった宿の夫婦も働き者。気持ちのいい歓待を受ける。だが、二人は、突発性の台風によってパスと荷物をなくしてしまう。鉄郎は、宿の主人達を疑ったりもするが…。
音を吸収しないトンネルを操るイローゼという女性に999号が破壊されかける。999を破壊されたくなければ一緒に来るように脅され、鉄郎は彼女についていくが、彼女は、他人が困るのを見て喜ぶように作られたアンドロイド。次々とたちの悪いいたずらを仕掛け、999さえ破壊しようとするイローゼに激怒して、ついに…。
999の路線に、突如現れた不定形の惑星ほどもある巨大生命体。意志はあるが自力では動けない様子の星にめり込み、999は脱出することもできず、沈んでいく。999を救うために、鉄道警備局が惑星を破壊しようと、震動波を発射することを決定。そんな中、透明な体をした女性が宇宙船で飛び込んできて‥。
透明な体の女性、アルテミスは、実は不定形惑星の娘で、星を離れ、機械の体を手に入れ、きままに暮らそうとしたのだ。だが、借金を返すために、過酷な労働を強いられていた。最期に、母の中で眠るために帰ってきたのだ。鉄郎は彼女の死に涙を流し‥‥。
メーテルが、999のパスを持つ、鉄郎そっくりの少年、砂山学を間違えてホテルに連れてきてしまう。砂山学も999で旅をしようと兄と共に必死でお金を貯めてパスを手に入れたのだ。学の兄は、そのため命すら落としてしまった。ところがそのパスはニセモノで‥‥。
人型の昆虫インセクターの支配する星で、メーテルと鉄郎はインセクターにさらわれ、子供達のエサとして茹でられるが、環境のせいか、お湯の温度が上がらず、殺されずに住む。だが、今度はインセクターは999を繭で包んでしまう。999と乗客をエサにしながら子供達を食料のある星に送り出すつもりらしい。
卵から生まれたインセクターの赤ん坊を、鉄郎は銃で撃つことができない。赤ん坊をのせたまま、宇宙に発進する999。座席や床を手当たり次第食い散らかす赤ん坊たちのすごい食欲に、危機を迎えるかと思われたのだが…。
『恐竜の星』で、友達になったチビという恐竜に、999に乗せて欲しいと頼まれる鉄郎。小柄とはいえ恐竜サイズの乗車は不可能。困っている鉄郎が、今度は、よその星から来たものを快く思わない有尾人に襲われ、捕まってしまう。
自分の頼みが、鉄郎を困らせていることを知ったチビは、恋人のレーデに伝言を頼む。チビのかわりに、鉄郎たちを有尾人の手から助け、伝言を伝えるレーデ。「友達だと思ったのに水くさい」と、チビに会えないことに不満をいう鉄郎に、チビは再び会うことを決める。
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