ガルフに捕らえられたマミヤを救うべくメディスンシティに辿り着いたケンシロウとレイ。処刑の寸前でマミヤを助け、街を開放するケンシロウ。レイはマミヤに
マミヤの肩にUDの紋章を刻んだ男は南斗聖拳108派、妖星をつかさどる裏切りのユダだった。マミヤは20歳の誕生日にユダに両親を殺された上、ユダの女にされるべく連れ去られたのだった。
ユダを追ってブルダンの街へ向かうケンシロウたちを少年たちが襲ってきた。彼らはユダにさらわれた恋人や身内たちを救うために武器を略奪しようとしていたという。
余命わずかとなったレイ。トキが秘孔・心霊台をついて延命を試みるも今以上の激痛がレイを襲う。そんな中マミヤにも死兆星が見えていることを知り、レイはマミヤを強く抱き締めるのであった。
残りわずかな命をマミヤに捧げ、ユダ打倒に燃えるレイ。今こそ自分より強く美しい男レイを倒す好機と、ユダは攻め込み、南斗二聖拳の宿命の対決が始まる。
ケンシロウの拳によりレイの窮地は救われ、レイの繰り出す技の美しさにユダが目を奪われた隙に勝負はつく。レイの胸の中で死ぬ事を望んだユダ。しかし、レイの命も間もなく尽きようとしていた。
ぶざまに死んでいく姿を見られたくないとひとり家にこもり、最期を迎えるレイ。その時空を見上げたマミヤの目から死兆星は消えていた!それはレイの愛が起こした奇跡なのかも知れなかった。
レイの最期を見届け再び旅に出るケンシロウが辿り着いたのは南斗六聖拳の一人サウザーの支配する街だった。新たな敵との闘いを予感するケンシロウ。南斗六聖拳は残り三星……。
南斗六聖拳の一人盲目のシュウ。ケンシロウは彼との闘いの中で、シュウの拳に殺気が無いことに気付く。彼はケンシロウがサウザーを倒す事ができる者か試していたのだ。シュウ敵なのか味方なのか!?
聖帝十字陵建設のためサウザーの部隊は子供をさらって働かせていた。子供たちの居場所を探るためリンとバットがオトリになりサウザーに捕まる。そして、シュウの言った一言がケンシロウに過去を思い出させる……。
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