新学期、広の通う童守小学校5年3組に新しい担任が赴任してきた。霊能力教師・鵺野鳴介、“地獄先生ぬ~べ~”だ。自己紹介代わりに寒いギャグを披露するぬ~べ~に、広は失望して猛反発する。サッカー部のレギュラーを目指す彼は、誰にも相談できない悩みを抱えていた。正体不明の妖怪に取り憑かれていたのだ…。
童守小では“トイレの花子さん”の目撃例が頻発していた。除霊してくれと直談判する広と郷子を、ぬ~べ~はただの見間違いだと受け流す。ところが、愛しの律子先生が花子さんを警戒してトイレに行けなくなったと知るや、突如やる気を出すのだった。その晩、ぬ~べ~は宿直室に泊まり込み…。
美樹の得意技といえば、臨場感満点の面白おかしい噂話。特にぬ~べ~のドジ話は、美樹には絶好のニュースソースだ。美樹は裏表のない性格で、悪口を言っても本当に人を傷つけることは絶対にしない。それを知っているみんなは、安心して彼女の話に耳を傾けていた。しかしある日、笑えない噂が学校中に流れ始める。
鉄棒の練習中にケガをする生徒が続出。怪しい影を見たと証言する者まで現れた。ぬ~べ~のクラスのまことも、影を目撃した者の一人。放課後、苦手な鉄棒の練習に取り組んでいたまことは、突如として地中から出現した河童に驚き、あわてて逃げ出したというのだ。その話を信じてくれたのは、ぬ~べ~だけだった。
旧校舎の屋上に続く階段は、夜だけ13段に増える“魔の13階段”だと噂されていた。冗談まじりに「13階段は悪い子にしか見えない」と話すぬ~べ~。クラス一の不良である克也には、その話が冗談には聞こえなかった。そんなある日、ぬ~べ~は実力テストに備えて補習授業を開くことにするが…。
美形の教育実習生・玉藻京介。常にエレガントかつ紳士的な彼は、生徒たちの心をがっちりつかむ。そのうえ律子先生までもが夢中とあっては、ぬ~べ~も気が気ではない!?だが、玉藻には恐るべき正体と目的があった。齢400歳を超えた妖狐である彼は、人化の術を完成させるため、あるものを狙っていた。
幻視の術に翻弄されながらも、かろうじて玉藻を退けたぬ~べ~。このとき鬼の手で倒されたはずの玉藻は、わずかに残った妖力を使って、人知れず復活を果たした。そして一方的に休戦を宣言、ぬ~べ~が土壇場で発揮した、予測を遙かに超えた力の謎を探ることに決める。その力の正体が何か、ぬ~べ~自身もわからない。
5年3組の秀一は、実は超常現象マニア。そんな彼が、学習塾の帰りにUFOを目撃した。興奮した彼は再びUFOとコンタクトするため、ぬ~べ~に相談。しかし熱弁をふるったにも関わらず、ぬ~べ~はまともに聞こうとしてくれない。腹を立てた秀一は、ぬ~べ~の除霊道具・霊水晶を勝手に持ち出してしまう。
ぬ~べ~と律子先生のデート(?)に便乗して、遊園地までついてきた広たち。美樹は心霊コーナーのアトラクションに興味津々。うさんくさい心霊体験の入門書を手に入れた美樹は、その晩から幽体離脱の訓練を始める。やがて眠りについた美樹は、夢の中でクラスメイトの家を訪ねて回るが…。
努力家の晶が半年分のお小遣いを貯金して、ようやく手に入れたマウンテンバイク。ところがそれは、駐輪中にトラックにめちゃくちゃに押し潰されてしまった。思えば晶ほど、不運な生徒は見当たらない。これまで台無しにされてきた努力の成果を振り返り、すっかり落ち込んでしまう晶。そんな彼に、ぬ~べ~は…。
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