エデンの圧倒的な小宇宙の前に敗北し、光牙はアリアを奪われてしまう。屈辱的な敗北に自暴自棄になる光牙。アリアを奪還したエデンはマルスと謁見。地上に起きている異変について聞くエデンだったが、マルスは逆にエデンのやさしさを咎めるのだった。一方、落ち込んでいる光牙を奮い立たせようとするユナは…。
栄斗を見失った龍峰は、樹海の中にある富士流忍者の総本山で、栄斗の父・善三と出会った。龍峰は善三から、栄斗の過去を聞く。かつて、栄斗が兄と慕うひとりの忍者がいた。だが、彼は里を抜け出して聖闘士になってしまう。そして、ふたたび里に戻った彼が刺客に命を狙われた時、栄斗は見殺しにして逃げたというのだ…。
アリアを取り戻そうとする光牙とユナの前に、龍峰と栄斗が現れた。栄斗の情報をもとに、マルスの居城へ奇襲をかける一行。その光牙たちを盾座のエネアドが迎え撃つが、さらなる力を身につけた蒼摩が合流し、鉄壁の防御を軽々と打ち破る。再会を喜ぶ光牙たちに、蒼摩はこれまでのことを話す。
アリアは、エデンと共に雷の遺跡へ向かったという。後を追う光牙は、その途中、シャイナと再会する。光牙を一人前の聖闘士と認めたシャイナは、彼の過去に関する重大な秘密を明かす。真実に驚きながらも、光牙はアリア奪還にさらなる闘志を燃やす。そして、雷の遺跡に到着するが…。
ふたたび拳を交えた光牙とエデンだったが、突如、現れた闇に飲み込まれる。闇は周囲にいた蒼摩たちをも飲み込んでしまった。やがて目を覚ましたユナ、龍峰、栄斗の3人は「悔恨」「贖罪」と書かれた扉の前へとたどり着く。意を決して扉の中に入った3人は、ふたたび闇に包み込まれてバラバラに引き離されてしまう。
闇の遺跡に落ちたソニアは、幼い日の出来事を追体験する。初めて聖闘士を倒す事を命じられ、仮面を付けるようになった運命の日の出来事だ。一方、蒼摩もまた闇に飲み込まれて過去の中で目を覚ます。そこにはまだ父である南十字座の白銀聖闘士・一摩が生きていた。しかし、蒼摩は目前の光景に愕然とする…。
闇の遺跡からの脱出を目指す光牙、アリア、エデンの3人。エデンは幻影によって作り出された幼いころの自分の姿を見る。光牙は自らの小宇宙に闇が秘められているかもしれないという疑念と向き合い、苦しんでいた。そしてアリアもまた、マルスに利用されてきた過去の幻にさいなまれる。
必死の闘いも虚しく、マルスの手によりアリアを失った光牙たち…。だが、悲しみに暮れている時間はなかった。アリアが最期に遺した言葉、それは、今までの旅の中で光牙たちに抱いた素直な気持ち、マルスを追い、その野望を打ち砕いてほしいという願いだった。一方、マルスはバベルへと戻り、地球を滅ぼさんと動き出す。
新十二宮がバベルの塔の上に現れた。アリアの力を得たマルスによって生み出された、十二の黄道星座を司る宮殿だ。光牙たちは、アリアの意志を胸に新十二宮へと足を踏み入れる。その第一の宮、白羊宮で待っていたのは、牡羊座アリエスの黄金聖闘士・貴鬼だった。光牙たちは、貴鬼から衝撃の事実を告げられる!
第二宮、金牛宮で戦う光牙だったが、その拳は牡牛座タウラスのハービンジャーには通用しなかった。反対にグレートホーンの一撃で倒れる光牙。代わって駆けつけたユナたちが、ハービンジャーに戦いを挑む。だが、それさえ余裕で受け流すハービンジャーは、自らが黄金聖闘士になった経緯をユナたちに語る。
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