犯人と思われる女性の写真には、右の胸にホクロが映っていた。アリバイのない従業員は仲居の三枝朝香、別所登志子、草野美津の3人。だが、3人とも胸にホクロはなかった。コナンは、部屋にあった和輝が出演している映画のビデオをセットし、タイムカウンターから殺人のトリックを解明するが、まだホクロの謎がつかめない。
鈴木財閥の相談役、鈴木次郎吉が怪盗キッドに挑戦状を叩きつけた。「怪盗キッドに告ぐ。貴殿が所望するビッグジュエル『大海の奇跡』を潮留に在する我が大博物館の屋上に設置した。手中に収めたくば、取りにこられたし」という見出しを新聞の一面を使って載せたのだ。なんとメールで怪盗キッドから返事が届く。
蘭とコナンが商店街で買い物をしていると、そこで偶然、会社帰りの西村佐知子と出会う。彼女は以前、蘭が生徒手帳を落としたとき拾って届けてくれた女性だ。ところがその翌日、蘭が佐知子のマンションの前で事件現場に遭遇。被害者の遺体が警察車両に乗せられる寸前、一瞬めくれあがったシートの下には佐知子の顔があった。
トロピカルマリンランドでデートをする佐藤刑事と高木刑事。高木刑事はバッグに指輪を忍ばせ、佐藤刑事に告白するつもりでいた。そんな中、2人は偶然にもコナンたち少年探偵団と会う。デートが台無しになり、うなだれていた高木刑事は思い切って彼女に指輪入りのバッグを渡した。しかし、バッグの中に入っていたのは・・・。
マリンランドでのデートが麻薬取引捜査に一変してしまった。すでに時計も5時半を回っている中、ついにコナンたちは運び屋を発見。佐藤刑事は高木刑事にコナンたちを任せ、麻薬密売人・矢倉麻吉を捕まえようと近付く。すると、矢倉は素早く拳銃を抜き、佐藤刑事に銃口を向けた。そして、一発の銃声が響きわたり・・・。
見せたいものがあるという元太に誘われコナン、歩美、光彦はペットショップを訪れた。しかし、店のシャッターは閉まっている。そこへ二宮という若い男性が現れ、シャッターを上げて中へ入っていった。後に続いて入っていくコナンたちの前に、カブトムシが一匹はい出してくる。その部屋でコナンたちは男の遺体を発見する。
蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として2年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。しかも、机の上には恨みのメモが置いてあり、ぬかるんだ地面には机を運んだ人間の足跡がない。すると突然、聞き耳を立てていた美術部員の物部雅生が保坂の呪いだ!と叫び、恐怖に打ち震えていた・・・。
蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として2年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。出口から校門までの校庭には誰の足跡もないことから、幽霊騒ぎの犯人は、まだ学校にいることが予想された。ついに犯人を特定したコナンは、麻酔銃で園子を眠らせると、犯人の使ったトリックを暴き出す。
市営団地の構内で老女の遺体が発見された。「市役所に連絡済み」の紙が貼られた大型冷蔵庫の下に片手を突っ込んだ姿勢のまま死んでいたのだ。傍らには砕けた鉢植えがひとつ。上空ではカラスたちが不気味に飛び交っていた。警察は、家の窓に置いてあった鉢植えが、カラスのいたずらにより落ちてきたというのだが・・・。
小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が南里薫という女性を襲おうとして、逃げる途中、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅のマンションで遺体となって発見された。竹彦は物取り目的の犯人によって殺されたと警察は判断するが、コナンはあまりの偶然に作為的なものを感じ・・・。
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