天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたちは、そこで1年前に失踪した河埜麻雄の白骨化した遺体を発見する。近くにはダイイング・メッセージとなる6本のタバコが残されていた。その後、河埜から招待状が届きペンションに来ていた二川の遺体が発見される。しかも、手に7本のタバコを握っていた・・・。
阿笠博士に連れられてキャンプにやってきたコナン、蘭と少年探偵団。しかし、サングラスで顔を隠した男が蘭の眠るテントの中に侵入し、蘭を連れ去ってしまう。その頃、近くの山道で崖から転落した事故車が発見され、蘭を誘拐した犯人であることが判明。だが、車の中に蘭の姿はない。しかも男の持っていた携帯電話には・・・。
倉敷・吉備路をめぐる歴史の勉強を兼ねた週末旅行に来ていたコナンたち少年探偵団は、倉敷川沿いに観光していると、桃の形をしたケースを見つける。中には暗号が書かれた紙が入っていた。鬼ケ島のお宝が見つかるかもしれない・・・と盛り上がる元太、光彦、歩美たち。あきれるコナンを尻目に元太たちは宝探しを開始した。
コナンたち少年探偵団は、暗号に書かれた場所を探すうち、女性の他殺死体を発見する。地面に残されたダイイング・メッセージからコナンは、犯人は被害者と一緒にいた4人の中の一人だと推理する。だが、それを特定するためには残りの2つの暗号を解き、埋められたタイムカプセルを掘り返さなくてはならない・・・。
雪が降り積もる琴屋旅館へ静養にきたコナン、蘭、小五郎。すると恋愛小説家の明智恵理が取材の打ち合わせをしていた。取材対象者はシンガーソングライターの深津はるみ、ファッションモデルの柴崎明日香、新進油絵画家の安西絵麻の3人だ。しかしその夜、コナンたちは胸を一突きされた明日香と絵麻の他殺死体を発見し・・・。
コナンたちが静養にきた琴屋旅館でモデルの柴崎明日香と油絵画家の安西絵麻が相次いで殺された。しかも現場は村に伝わる振袖般若の伝説とそっくりであった。2つの殺人とも密室で行われたが、警察はその謎を解くことはできない。そんな中、ソリ大会の模様が映っているテレビを何気なく見たコナンは、ある推理に思い至る。
コナンが探偵事務所へ行くと、そこに平次と和葉が待っていた。2人はコナンたちを”甲子園”と”宝塚”、どちらへ誘うかでもめてしまう。そこで小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負で決着をつけることに。被害者は辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁。現場にはダイイング・メッセージと思われる積み木が残されていた。
平次と和葉は、小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負をすることになった。コナンと平次はお互いに、殺された辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイング・メッセージの謎を解く。
甲子園に高校野球決勝戦を見に来た平次とコナンたち。試合が始まると足下で携帯電話が鳴った。電話に出ると、楽しいゲームをしないかと男の声がささやく。男は「3回、6回、9回が終了した時点で、この球場のどこかに置いた電話を鳴らす」という。そのとき電話を取らなければ、誰かを道連れにして自分が死ぬというのだ。
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