時貞と共に、見たこともない空間へと飛ばされた龍峰と栄斗。そこは時間の果て、時を超越した空間だった。龍峰と栄斗は抜け出そうと、時貞に戦いを挑む。だが、この空間の中では、時貞の時間を操る技は無限の力を持っている。受けたダメージをすべて回復し、栄斗たちの動きを完全に封じてしまった!
磨羯宮へとたどり着いた光牙とユナ。そこで待っていたのは、パライストラの学園長だった山羊座カプリコーンの黄金聖闘士・イオニアだった。アテナを裏切った理由を尋ねられたイオニアは、光牙とユナに過去を語る。沙織をアテナという存在から解放するために戦っているという身勝手な理屈に、光牙とユナは怒りに燃える。
ついに最後の宮である双魚宮へと到達した光牙たち。待ち受けていたのは、最後の黄金聖闘士・魚座ピスケスのアモールだった。アモールは光牙を拘束すると、蒼摩、龍峰、栄斗を水の牢獄へと閉じ込め、マルス四天王とのデスマッチを強要する。さらに、残ったユナをいいようにいたぶる。身動きの取れない光牙は…。
アモールの策略によって、光牙はついに闇の小宇宙を発動させてしまう。闇の小宇宙を放つ光牙は襲い掛かるマルス四天王を圧倒する。しかし、セブンセンシズに目覚めたことでかろうじて意識を保っていた光牙だったが、奥底からあふれてくる闇の小宇宙をついに制御できなくなってしまう。そんな光牙を助けようと蒼摩たちは立ち上がり、光牙を先へと進ませた。だが、その光牙をアモールの仕掛けた闇が襲う!
双魚宮を突破した光牙は、ついにマルスのもとへとたどり着いた。戦いを挑む光牙に対し、マルスは戦うことの意味を問う。そこへ、父の野望を止めようとエデンが駆けつける。人を犠牲にする父のやり方に異を唱えるエデンに、マルスは自分の過去について語り始めた。それは、マルスとなる前、まだルードヴィグと呼ばれていたころの話…。平穏な生活を過ごしていたルードヴィグに、その人生を大きく変える事件が起こった!
仮面を外したマルスの素顔に驚愕する光牙とエデン。もはや言葉の届かないマルスと戦う事を余儀なくされる。エデンは光牙をアリアの杖がある頂上へと向かわせ、自分はマルスとの決着をつけるべく戦う。先に進んだ光牙は火星を引き寄せているアリアの杖を止めようとするが、闇の結界に阻まれて近づくことさえできない。なおもあきらめない光牙だったが、そこへマルスが現れた!
地球から火星への小宇宙移植が開始され、なすすべもない光牙とエデン。マルスから闇の小宇宙を回収したメディアは、ついに秘められた野心を開放。アモールに後を任せ自らは新天地である火星へと向かうのだった。メディアの狙いが光牙の闇の小宇宙だと気づいたエデンはひとりでアモールと戦う。だが、そんなエデンの気持ちを理解した光牙が戦いに加わる。二人を相手にするアモールは、自らの闇の小宇宙を存分に使える場所、火星に戦いの場を移した!
アモールにギャラクシーメイルの力を埋め込まれる光牙。しかし、光牙は闇に堕ちる事なく、むしろその力により、戦闘力はアモールを凌駕する。自分がメディアに騙されていたことに気づいたアモールは、すべてを抹殺するべく光牙に戦いを挑む。一方、地球では、火星に向かおうとするユナたちを助けるべく、貴鬼たち黄金聖闘士が力を合わせていた。そして、激しさを増す戦いの最中、火星で囚われていたアテナこと沙織の姿をついに光牙は目撃する!
メディアの策略により闇の神アプスに憑依されてしまった光牙。アプスの支配に落ちた光牙は自分の意思とは裏腹に沙織の命を奪おうとする。その前に立ちふさがったエデンだったが、圧倒的な闇の小宇宙の前に苦戦し、その身体に魔傷を受けてしまう。蒼摩たちもアプスを止めようとするが、その容赦ない攻撃の前に次々と倒れていく。その歩みを沙織に向けるアプス。若き聖闘士達に逆転の手立てはあるのか…!?
アプスに憑依された光牙にエデンたちは倒され、最後の希望であるアリアの杖も破壊されてしまった。沙織を守る聖闘士は、もはやユナひとりだけ。沙織の言葉に励まされたユナは希望を失うことなく、光牙を元に戻そうとアプスと戦う。だが、実力差を埋めることはできず、魔傷を受けて倒れてしまい…。
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