「なぜ人間にこんな仕打ちをするんだ!」(鬼太郎)社会の近代化が進むある日、ビルの建設工事中に『何か』を封印していた石塚が崩された。それ以来子供たちをさらう不思議な誘拐事件が何件も発生する。そして都会のど真ん中に、不気味な城:妖怪城が突如出現!これらは全て、人間の子供を妖怪に変えてこの世を支配しようとする妖怪:たんたん坊率いる妖怪一味の仕業であった。だがそこへ鳴り響くゲタの音。妖怪の起こす悪事を解決するため、ゲゲゲの森から鬼太郎がやって来たのだ!
「ふっ、合わせ鏡の術からは誰も逃れられん!」(鏡じじい)遊園地の中で、夢子という少女が突如姿を消してしまった。妖怪ポストによって彼女の弟:星郎から連絡を受けた鬼太郎は早速ミラーハウスを調査する。なんと姿を奪われた夢子がいた!これは鏡妖怪の仕業であると考えた目玉の親父は、ネコ娘を囮に妖怪:鏡じじいを誘き出すことに成功する。しかし鏡だらけのミラーハウスでは鏡じじい相手に勝ち目はない。鬼太郎は『合わせ鏡の術』により鏡に封印され、バラバラになってしまった!
「その現代人とやらにも、死の恐怖を味あわせてやる!」(ネコ仙人)鬼太郎の所に傷だらけのねずみ男が助けを求めにやって来た。遠足に行った夢子たちが、猫塚村で多数の猫に襲われているというのだ。急行した鬼太郎は化け猫に連れ去られた夢子と猫娘を助けるため洞窟に入り、猫を操っていたネコ仙人と出会う。今回の騒動は何者かに奪われた、ネコ仙人の命を封じ込めた宝の玉を取りかえすためのものだった。だがその所在は全くわからない。怒ったネコ仙人は、魂を夢子に乗り移らせてしまった!
「困るんですよ仕事の邪魔をしちゃ…死んでもらいます」(ぬらりひょん)町で次々に起こるビル崩壊事件。それは自分の経営する建築会社に利益を与えるため、妖怪:ぬらりひょんが仕組んだものだった。手下の妖怪:朱の盤のみならず、大金をチラつかせてねずみ男も利用してビルを爆破する。しかし最大の障害である鬼太郎に、ついにその悪事がバレてしまった。そこでねずみ男を使って鬼太郎を誘い出し、二人もろともコンクリートで埋めてしまう。だが固まった鬼太郎に触った時、妙なアザが残ってしまい…。
「どうして人間はあんなにダイヤを欲しがるんだろうね?」(鬼太郎)ダイヤモンドの売買で儲ける横田商事に金の匂いをかぎつけたねずみ男は、横田社長の後を追いかけ怪しい洞窟に入ると、ダイヤモンドの山を見つける。なぜか採掘場を見つけられながらも協力を申し出る横田。だがそこへ現われた鬼太郎はここが妖怪:輪入道の住み家であることを伝え、一刻も早く逃げるよう警告する。しかし欲にかられて聞く耳を持たないねずみ男。そこへ鬼太郎の危惧どおり、人間をダイヤに変える輪入道が現われた!
「このまま乗ってけば、あの世に行ってしまうぜ!!」(黒川)ある晩のこと。サラリーマンの黒川と後輩の吉永は酔った勢いでラーメン屋台に入り、隣にいた鬼太郎とねずみ男にからんで「妖怪なんているわけがない」とのたまった。反論する鬼太郎を容赦なく殴りつけ、そしてその後いい気分で終電へと乗り込む二人。しばらくすると、なんだか他の乗客の様子がおかしいことに気付く。途中の駅で降りようとしても降りられない。この電車は鬼太郎が車掌を務める、地獄行きの幽霊電車だったのだ…!
「今まで大目に見てきたが、人間はすぐつけあがる!」(磯女の赤ん坊)とある浜辺の村で妖怪:磯女が現われ、村の子供をさらう事件が発生した。その話を聞いた鬼太郎は事件を解決するために村へ向かうと、村役場で村長の腰巾着になっているねずみ男と出会う。そして村長が浜辺を埋め立て、一大レジャー観光地にしようと企んでいる事を知る。磯女は住処を奪われることを怒って暴れていたのだ。鬼太郎は磯女と話しあおうと浜辺に出るのだが、怒りに我を忘れた磯女は、話し合う間もなく襲い掛かってきた!
「かまわん!ワシにその4階を貸してくれ!」(だるま)不吉な数字である『4』を嫌って3階の上を5階と呼ぶアパートの管理人の前に、無いはずの4階を貸してくれと妖怪:だるまが現れた。気持ち悪がる管理人に札束を握らせ、4階に妖怪相談所を作ってしまうだるま。確かに3階の上にあり、5階の下にある。しかし次々と訪れる妖怪たちを怖がって、住人たちは引っ越してしまう。事件を知った鬼太郎がアパートに駆けつけるが、なぜかだるまがいる4階にたどり着くことができない…!
「雪の降りしきる寒い日の決闘はどうだ…?」(鬼太郎)いじめられっ子の新一は、子供達が見つけた壷の中の妙な液体を飲まされてしまう。以来、新一は夜な夜な家を抜け出すようになってしまった。両親から依頼されて夜中に新一の後をつけていたねずみ男は、鬼太郎から新一が水虎に操られている事を知らされる。鬼太郎はなんとか新一の身体から水虎を追い出す事に成功するが、水虎の本体は液体なので捕まえられない。再び新一にとりついてしまう水虎。壷に封印しなければならないのだが…。
「大妖怪ビビビのねずみ男様と、あ〜いざ尋常に勝負!」(ねずみ男)夢子のクラスに特別講師として現われた響ワタル。彼が奏でる美しい音楽は、聞く者の心をとりこにする。一方まったく同時期に、妖怪音楽で人の魂を奪う事件が起こった。響が怪しいと考えた鬼太郎は待ち伏せて犯行現場を押さえる。すべて響の弱い心につけこんだ妖怪:夜叉の仕業だったのだ。鬼太郎は夜叉と対決するが、耳栓を飛ばされ魂を奪われてしまう。この窮地を救うのは、音痴であるため妖怪音楽が効かないねずみ男だった!?
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