「お前の娘が16になったら、ワシの嫁にくれないかね?」(白山坊)最近父親の様子がおかしいと鬼太郎に相談した春子。砂かけばばあが占ってみると、15年前に事業に失敗し自殺を図った春子の両親の前に妖怪:白山坊が現れ、16歳になった春子を嫁にする条件で事業を成功させていたことを知る。その事実に悲しむ春子を救うため、鬼太郎はネコ娘を花嫁の身代わりにして白山坊と対決しようとする。白山坊の代わりにいたねずみ男から場所を聞きだす鬼太郎。だが実は、それが白山坊の罠だったのだ…!
「俺っちに力があれば、追い出してやるのに…」(ざしきわらし)東北のある村に、貧しいながらも誠実に生きている老夫婦がいた。そこを住処に決める妖怪:ざしきわらし。一生懸命に生きているのに全然暮らしが楽にならないことを不思議に思ったざしきわらしは、この家に貧乏神が居座っていることを知る。とある大雪の晩、帰ってきたおじいさんが売り物の笠をかわいそうだからお地蔵様にあげたことを聞いたざしきわらし。彼は感動し、貧乏神を追い出し老夫婦を救おうと鬼太郎たちに助けを求めた。
「くさいけどなぜか懐かしい!ひょっとして…兄さん?」(偽ねずみ男)正月を楽しむ鬼太郎たちの所に「ねずみ男が子供のお年玉を奪って逮捕された」との連絡が届く。さっそくねずみ男を問いただしに行くと、事件は自分のニセモノがやっているという。その言葉を疑いながらも鬼太郎がおとりになって町を歩くと、なんと本当にねずみ男のニセモノが罠にかかった。男が繰りだした妖怪:おりたたみ入道を絶妙のチームワークで退治する鬼太郎たち。観念した男はなんと「自分はねずみ男の弟だ」と告白した…!
「人魚の子はいらんかねー、刺身にしたらおいしいよー…」(偽鬼太郎)工場から出る公害によって汚染される町で、ねずみ男は人魚の子供を売っている鬼太郎を見る。その姿を憂いながらもねずみ男が海で釣りを始めると、そこへ子供をさらわれた人魚の父親が襲ってきた。現われた鬼太郎に危機を救われるが、人魚のことで問い詰めるねずみ男。身に覚えがない鬼太郎は自分のニセモノが現われたと考え、ねずみ男に協力させ罠をはる。だがニセモノは用意周到に待ち構えており、逆に鬼太郎を捕らえてしまった!
「我々3人で、世界中の人間を凍らせてやるのさ!」(雪男)大雪山で人間が凍りつくという事件が続発し、現場・北海道へと向かった鬼太郎。一方、調査する鬼太郎を横目にスキーで遊んでいたねずみ男の前に一人の少女が現れる。実はその少女こそ、事件を起こした妖怪:雪ん子だったのだ。ねずみ男は凍り漬けにされてしまう。鬼太郎は雪ん子の後を追いかけて彼女の住処へと乗り込むが、そこにはなんと雪男と雪女までもが待ち受けていた!善戦むなしく、鬼太郎も凍りつかされてしまうのだが…。
「か、顔が…オレの顔が!おい、返してくれよ!」(ねずみ男)人間の顔が消えるという奇怪な事件が続発し、困った村は鬼太郎に助けてもらうために手紙を出した。しかしその手紙をねずみ男が盗み、自分が金儲けしようとその村へやって来てしまう。ねずみ男はこの事件の犯人がおとなしい妖怪:のっぺらぼうの仕業だと知り、簡単にだませると思ったからだ。夜中の墓場で待ち伏せし、のっぺらぼうを見つけるねずみ男。しかしのっぺらぼうに悪事を働かせていたのは、あのぬらりひょんだったのだ…!
「ワシはお前さんを魂に戻してあげたのじゃよ…」(毛羽毛現)化石を探しに入った森で迷った鬼太郎と夢子は過去に滅んだはずの恐竜を目撃した。なんとか森を抜けた二人は、友達が消えて泣いている少女キクと出会う。そこへ巨大なニワトリに乗って現われたねずみ男。鬼太郎はねずみ男が事件に関わっていると思い後を追うと、太古の風景を思わせる場所へとたどり着く。そこで魂を抜かれ化石になった子供たちを見つける鬼太郎。そして一瞬の不意をつかれて夢子も化石となってしまった!
「みなの者、手出しはするな。下がっておれ…」(天狐)地下鉄の工事現場に謎の美女が現れ、作業員たちが姿を消した。それは地下にある狐たちの聖地・地底王国の狐の仕業だった。狐一族の統率者である妖怪:天狐は、工事を人間の侵略と考え作業員を人質に工事の中止を要求するが、人間たちはその存在を信じない。人間に代わって狐たちと交渉するべく地底王国へと向かった鬼太郎。地底王国にたどり着いた鬼太郎の前に現れた天狐は、1対1の戦いによってこの問題を解決しようと提案する!
「夢をつむげ、お前の命で夢の世界を輝かせるのだ!」(まくらがえし)夜中に忽然と姿を消した夢子。知らせを聞いて駆けつけた鬼太郎はこの事件が夢の世界の番人・まくらがえしの仕業だとつきとめる。虹の架け橋を渡って夢の世界に乗り込んだ鬼太郎は夢子を救出し、まくらがえしの香炉を使って夢の世界から脱出した。そして香炉を奪い返しに来るであろうまくらがえしに夢子をあきらめさせるため、鬼太郎は妖怪証文を用意して待ち構える。だが、まくらがえしは眠り砂でみんなを眠らせてしまった…。
「三百年の間嫁さん捜してた、半魚人と知ると皆逃げてった」(半魚人)ねずみ男の所に半魚人が恋の相談にやって来た。長年人間の女性に憧れてきた半魚人は、偶然見かけた海女のあかねに一目ぼれしたのだった。半魚人の持つ海の宝に目がくらんだねずみ男は会社社長と偽って、半魚人とあかねを見合いさせる。その妙な雰囲気を不審に思ったあかねから話を聞いた鬼太郎は半魚人と対決するが、仲間の化けイカに襲われ巨大真珠にされてしまった。あかねは鬼太郎を救うため、半魚人との結婚を承諾してしまう!
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