「俺は伝えに来た、スーツェーモンとチンロンモンの命により…」(ドーベルモン)行方不明のジュリを新宿で見かけ、責任を感じるタカト。重い雰囲気を吹き飛ばすように、タカト、ジェン、ルキの親たちはルキの家で暖かい食事を用意していた。戦う子供たちのために、できるかぎりのサポートをしようというのだ。しかしテイマーたちが現実世界にいればデータにはなれないため、デジモンたちも究極体に変われずにデ・リーパー相手に大苦戦する。もはやこれまでかと思った時、黒服の少女アリスとドーベルモンがタカトたちの前に現れた!
「加藤ジュリという人間個体は興味深いサンプルだった…」(デ・リーパー)ドーベルモンによって与えられた力により、タカトは現実世界にいながらにして究極体に進化できるようになった! その戦いをテレビで見ていたヒロカズやケンタ、シウチョンもテイマーの使命に目覚める。究極体デュークモンは闘いに戻るが、突如デ・リーパー内部に引きずりこまれてしまう。何故かギルモンとタカトとに分離してしまうデュークモン。その時タカトの前に行方不明のジュリが現れ、驚くべき告白を始める…。
「わかっているわよ…こんなさわやか系アイツしかいない!」(ルキ)セントガルゴモンとサクヤモンの危機に現れたのはジャスティモン、サイバードラモンとリョウが究極体となった姿だった。セントガルゴモンとサクヤモンの二人はジャスティモンにその場を任せ、デュークモン救出のためにデ・リーパー内部に突入する。一方、ジュリの居場所を知ったベルゼブモンは、クルモンと共にデ・リーパー内部に突入してゆく。そのころタカトは、ジュリそっくりに姿を変えたエージェントの精神攻撃にさらされていた…。
「グラニ!伝説の騎士ジークフリートの愛馬の名こそお前に相応しい!」(山木)デ・リーパー内部にジュリが囚われている。そのことを知ってなんとか救出しようと考えるタカトたちだが、自分の行動に責任を感じたジュリの父親が単身デ・リーパーの元へと向かってしまう。救出に駆けつけたデュークモンたちに力を増したエージェントが襲いかかり、一同は大苦戦。山木のアイデアで、意思を持つようになったアークをベースに誕生したグラニを、現実世界にリアライズさせる!
「…けど、それでもなぁ、それでも俺がジュリを助けるんだよ!」(ベルゼブモン)次第に都市を侵食してゆくデ・リーパーは、その核であるカーネルスフィアを防御するべく形を変えた。タカトたちはその中にこそジュリが囚われていることを知り、ジュリ救出のために総攻撃を仕掛ける。新たにグラニに搭載された新兵器ヨゴスブラスター、そして銃を失ってもなお拳だけで戦うというベルゼブモンの強い想いは、強固なカーネルスフィアを破壊して囚われのジュリを救い出すことができるのだろうか…。
「みんなジュリが好きです、みんなジュリの笑ってる顔が好きです…」(クルモン)ベルゼブモンは奮闘むなしく、ボロボロになって敗れさった。国連防衛軍が対デ・リーパー総攻撃を開始。ジャマーによる電磁波攻撃は有効かに思えたが、その影響かデ・リーパーは巨大な邪悪な女神像のような姿へと変貌してしまった。そして一週間が経った。タカトたちは究極体を維持できず、有効な戦略が見つかるまで戦えずにいた。それでも何とかジュリを助け出そうと、クルモンだけがあがき続けていた…。
「グラニよ、デュークモンと共に生きろ!」(デュークモン)水野が作り出したレッドカードによって、タカトたちは究極体のままデ・リーパー内部でも活動できるようになった!そして彼らのデ・リーパー内部突入と同時に、ワイルドバンチの発案による“アリ地獄作戦”が開始される。進化しきったデ・リーパーを退化させてしまおうというのだ。一方、ジュリはようやくレオモンの言葉の意味を理解し、自分を取り戻してデ・リーパーへの反抗を始めた。はたしてデュークモンたちはジュリを救出することができるのか!?
「みんな命を持って生まれたらそれを守るんだ!だってとても大切なものだから!」(タカト)デュークモンはグラニの命を受け継いでクリムゾンモードという新しい翼を得ると、デ・リーパーの本体を目指して急ぐ。ジャスティモンはサクヤモンの全エネルギーを投入し、最強のエージェントを相手に捨て身の攻撃に打って出る。セントガルゴモンはシャッガイの力を利用して、デ・リーパーを退化させる擬似タイムマシーンの役目を果たす。ジュリもデジヴァイスを使ってデ・リーパー内部から反撃を開始。今、テイマーズの最後にして最大のバトルが幕を開ける!
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