コナンは都合が良すぎるアリバイに違和感を抱き、ドドンパへの疑いを強める。そんな折、警視庁に犯人を名乗る女性らしき人物から電話がかかってくる。コナンはコンビニ店長、絵描きの泉から話を聞き、巧妙なアリバイトリックを見破る。コナンは関係者を集め小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。
コナン、蘭、園子はホテル暮しをしている世良の部屋を見せてもらう事に。世良の部屋がある30階の廊下では編集者A、B、Cがホテルに缶詰めの小説家、火浦京伍の原稿を待っていた。この後、火浦の部屋の真下に部屋をとっていた助手の水無月千秋が殺害される事件が発生。火浦のアリバイは完璧だったが、コナンと世良は…。
水無月千秋がホテルで絞殺される。水無月のトランクからは消印が20年前のハガキが見つかる。差出人は火浦で、宛先は水無月ではなく、大田純という名前だった。それは火浦が連載する小説「電話と海と私」のヒロインの名前だった。この後、コナンと世良は高木の何気ない一言から火浦のアリバイトリックを見破って…。
町おこしイベントに協力するため、金沢にやってきた小五郎、コナン、蘭。コナンたちは観光連盟の谷本、宮澤、イベント会社の田所、倉西、秋山と共にツアー本番さながらに暗号を解きながらチェックポイントの観光地を巡るが…。そしてツアーが終盤に差し掛かった時、秋山が何者かに襲われる事件が起きてしまう…。
金沢21世紀美術館に到着後、コナンは秋山のカバンから落ちた4枚の暗号カードを確認。そして、コナンは秋山が新たに別の暗号を書き直した理由を推理する。コナンは秋山がカードに込めた本当のメッセージを読み取る。この後、コナンは秋山を襲った犯人を追い詰めるため、“逆ドッキリ”を仕掛けるが…。
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