「ヴリトラモン、アレが探していた俺のビーストスピリットなのか?」(アグニモン)グロットモンに奪われた泉のスピリットをどうするかで、拓也と純平の意見が分かれた。ボコモンは占い師のシャーマモンに今後の行動を占ってもらおうと提案。だがそこへ、またしてもグロットモンが襲ってきた。輝二が奇妙な術で身体の自由を奪われ、拓也たちは大苦戦を強いられる。そしてついに、友樹の持つスピリットまでが奪われてしまった。この危機的な状況に、火のビーストスピリットの闘士・ヴリトラモンが姿を現す。敵なのか?味方なのか?
「友樹! お前からもらった勇気、けして無駄にはしないぞ!」(拓也)ヴリトラモンのスピリットを手に入れた拓也だったが、その荒ぶる魂を制御できず、本能のままにガルムモンとブリッツモンに襲いかかる。だがそんなヴリトラモンを恐れずに語りかける友樹の勇気が、荒ぶる魂を静めて拓也本来の心を取り戻すことに成功させる。しかし安心したのも束の間、再び現れたグロットモンの罠で輝二たちが沼へと沈められてしまう。戦えるのは拓也だけ。果たして彼は、自分自身でヴリトラモンの力を制御することができるのか!?
「これでただ一つの希望が消えた、終わりだデジタルワールドも…」(ソーサリモン)ついに拓也たちは「森のターミナル」に到着した。行く手に立ち塞がる障害が各々のデジヴァイスによって開かれ、森の奥にある城が姿を現す。その城にいたソーサリモンの案内で、拓也たちは眠りについていたセラフィモンをデジヴァイスを使って覚醒させる。セラフィモンは目覚め、拓也たちにデジタルワールドの過去の歴史を語る。そこにグロットモンが、仲間の悪の闘士たちを引き連れて現れた!
「グロットモンは泉ちゃんのスピリットを持っているんだ、俺は取り返したいんだ」(純平)拓也たちはメルキューレモンによってセラフィモンのデジコードを奪われた挙げ句、逃げることしか出来なかった。しかしデジタマだけは守り通し、ボコモンのハラマキの中で育てることに決める。彼らの逃げ込んだ洞窟にはホエーモンが閉じ込められていた。ホエーモンと会話を交わしていると、グロットモンとアルボルモンが襲いかかってきて戦闘開始。傷付いた身体で戦う純平を助けようと、ホエーモンが海水を放つ。その中から、雷のビーストスピリットが現れた
「今まで進化できなかった分まで、思いっきりやらせてもらうわっ!!」(泉)悪の十闘士の中でただ一人ビースト進化できないラーナモンは、自分のファンクラブを利用してビーストスピリットを探させていた。偶然拓也たちを見つけたファンクラブのトーカンモンたちは、デジヴァイスを奪うため、海の家を利用して海水浴を楽しむように勧める。その思惑通り、拓也たちは更衣室に置いたデジヴァイスをまんまと奪われてしまう。ただ一人難を逃れた泉だったが、水辺での戦いを最も得意とするラーナモンと戦うことになってしまう!
「なによ! ちょっとキレイに進化したからって気取らないでよ!」(ラーナモン)ラーナモンはカルマーラモンに進化したが、ビーストスピリットを制御できずに撤退した。それを見たトーカンモンたちは幻滅し、デジヴァイスを売るために秋葉マーケットに向かう。後を追う拓也たちだったが、渦の影響でトーカンモンが小休止する島に近付けない。ゴマモンの協力で何とか島に近付いた時、ビーストスピリットの制御法を覚えたラーナモンが襲いかかってくる。泉が一人で立ち向かうものの、渦の中に落とされてしまう!
「正直は一生の宝という言葉を知ってるかな?」(ナノモン)秋葉マーケットへとやって来た拓也たちは、それぞれ手分けをしてトーカンモンたちの足取りを追う。友樹がナノモンの店でデジヴァイスを発見。ところがナノモンは自分の持ち物だと言う友樹を信用せず、貴重なお宝となら交換をしてやってもいいと条件を出す。仕方なくお宝を探す友樹は、偶然トーカンモンを見つけるが、優しさにつけこまれて逃げられてしまう。一方、デジヴァイスがあることを知ったアルボルモンは、ナノモンの店に姿を現す!
「余計なことをするな! 自分でやらなきゃ気がすまないんだっ!」(アグニモン)オファニモンの言葉に従い、「バラの明星」を目指すことになった拓也たち。トレイルモンに乗って進んでいたが、突然途中の街で降ろされてしまう。今日は年に一度のシッポー祭の日で、祭りの目玉であるトレイルモンレースが開催されるらしい。しかし荒くれ者のワーガルルモン黒が出場すると聞き、トレイルモンのパートナーデジモンは恐れをなして参加を取り止めてしまう。優勝商品があると聞いた拓也たちは、代わりに参加することを決めるのだが…。
「3つの満月が重なる夜、そんな夜は腹が減るぅっ!」(ペタルドラモン)トレイルモンレースに優勝した拓也たちは、バーガモンの村に招待された。ところが村は、突然現れた巨大デジモンに襲われて廃墟と化していた。しかもハンバーガー屋の店長が連れ去られてしまったらしい。美味いハンバーガーを作れば店長を解放すると言われ、拓也たちは不慣れなハンバーガー作りに挑戦する。一生懸命作った友樹のハンバーガーが認められ、敵のアジトに侵入成功。そこで待っていたのはペタルドラモンだった!
「あの人間ども、確かに目障りではある」(ダスクモン)「バラの明星」を目指すトレイルモンが、突然拓也たちを降ろして去っていった。この先にある闇の大陸に入ることを恐れたらしい。闇の大陸は神秘のベールに包まれ、調査に行って帰ってきたデジモンはいない。回り道を主張するボコモンに、拓也は今まで困難を乗り越えてきた自信から、このまま進むことを決める。闇の大陸に入るとアルボルモンが襲ってきた。戦う拓也たち。だが、アルボルモンとは別の謎の闘士が闇の中に潜んでいることには、全く気付いていない…。
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