凶暴な妖怪・赤舌が出現した。赤舌は骨女を配下にすると、自分を地下に封じ込めた人間への復讐を開始する。まずは最大の邪魔者である鬼太郎に挑戦すると、砂かけ婆たちと一緒に呑み込み、水分を吸い尽くして吐き出す。これによって、鬼太郎たちはまるで一個の石のようになってしまう。難を逃れたのは目玉おやじのみ。おやじは孤立無援の苦境を乗り切ることが出来るのだろうか?
山の中で工事に取りかかった作業員たちが、止める声も聞かず、妖怪・目目連が棲むという民家を取り壊した。その夜、工事長が布団の中で謎の死を遂げる。住み処を失った目目連の仕業だ。鬼太郎が事件を知って乗り出してくるが、ねずみ男の裏切りに遭い、目目連によって石のように固められてしまう。目目連の正体は光の粒の集合体。目玉おやじは虫メガネを利用した秘策を提案する。
銀太少年は両親を亡くし、左腕も事故で失ってしまった不幸な少年だった。ある時、古寺の住人に代わりの腕を付けてもらったところ、その腕が自分の意思に反して悪さを始めた。古寺の住人とは、休暇を利用して来日していた悪魔・ブエルだった。人間の腕をすげ替えることによって困らせて遊んでいたのだ。ブエルは悪魔50個軍団を率いる大物。さすがの鬼太郎も歯が立たず…。
永島幸一という男が、鬼太郎を頼って妖怪ハウスを訪ねて来た。ある日突然全身に激痛が走るようになり、医者に診てもらっても原因がわからないのだという。鬼太郎は何とかしてあげようと、予知本能を持つ妖怪・サトリを訪ねて教えを請う。永島の痛みは周囲から受ける妬みの視線によるものと判明するが、実はこのサトリ、死神と手を組んで鬼太郎抹殺の陰謀を企んでいた。
占い師の福島は商売敵を罵倒した挙げ句、殴り殺して逃走した。父の日記を読んだ彼は、イースター島の地獄の使者に会えば魔法の奥義を得られることを知り、商売繁盛を目指して現地へ向かう。到着した福島を出迎えたのは鬼太郎とねずみ男。卑劣極まりない福島に報いを与えようと待ち受けていたのだ。そして福島は、ララク山で地獄の使者・アクアクと出会う…。
ある晩のこと、金太少年は父が買った古い洋館に潜り込んだ。その家は近所でも評判の幽霊屋敷。強情な金太は、幽霊や妖怪など存在しないことを証明してみせると意気込んでいた。だが、その家には妖怪・影女が棲みついていた。影女の姿を見てしまった金太は、つきまとわれた挙げ句、霊石を食べさせられて生きながら幽霊にされてしまう。一方、金太の母親から頼まれて行方を捜していた鬼太郎は…。
安井という大金持ちが鬼太郎に相談を持ちかけてきた。彼が財を為したのには、ある理由があった。ふとしたきっかけで魑魅魍魎の世界に迷い込み、そこで地相を知ることができる地相眼という秘宝を手に入れたのだ。時が経ち、地相眼は新しく作り替える必要に迫られていた。安井はそのために息子の安男を犠牲にするか、自らの命と財産を差し出すか、化けミミズから選択を迫られていたのだ。
鬼太郎は少年を連れ去ろうとしている死神を発見し、これを阻止した。死神はかくれ座頭と称する男に頼まれて誘拐を目論んだと告白。鬼太郎は自らを囮にして、かくれ座頭の棲む“隠れ里”に潜り込む。隠れ里は時間の概念がない異世界で、修行を積んだかくれ座頭にしか見えない“時の橋”を渡ることでしか往き来できない。そしてそこには、大昔にさらわれて来た子供たちが帰ることもできずにとどまっていた…。
友吉少年は両親が海で行方不明になったせいで、一人きりの淋しい生活を送っていた。彼の村では、海で死んだまま葬られずにいる死者は猛霊八惨になると言い伝えられている。友吉はその八惨の主の姿を見てしまい、とり殺されそうになってしまう。しかし、八惨となっていた両親に危ういところを救われ、霊界船で逃がされる。鬼太郎は友吉を救うために、八惨の主に戦いを挑む!
立ちこめるスモッグをひと息で吹き飛ばし、巨人・原始さんが現れた。政府や官僚たちが騒いでいる間に、原始さんの力によって都会はみるみる自然を取り戻してゆく。原始さんは人間が真に住みやすい世界を作り出そうとしていたのだ。鬼太郎も原始さんの存在自体が自然の防衛本能の一つだと知って、手出しを止めて静観する。ところが官僚や事業家などは、都会が緑に戻るのを快く思わず…。
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