「彼の頭には、戦いのことしかないのでしょう」(ハクバー)マシュラはマシュランボーにパワーアップし、一度は勝利の寸前までギャザを追いつめた。しかしギャザもハイパーフォームに姿を変えて対抗し、二人の対決はいっそう激しさを増す。ギャザのハイパーフォームは、あまりに強大なパワーを持つゆえに自ら封印していたもの。ギャザはマシュランボーを圧倒し、瞬く間に戦況を逆転させてしまう。やはりギャザには勝つことができないのだろうか…?
「精神を集中すれば、不可能は可能となるのじゃ!」(ダバ)マシュラたち一行の前に、ダバと名乗る謎の老人が現れた。彼は自分が仙人だと言い張るが、食料を盗み食いしたり、手品で悪さをごまかそうとしたり、どう見ても変なお爺さんでしかない。だが、ダバの手品にすっかり感動したマシュラは、「もっと強くなりたい!」と弟子入りを志願する。入門試験は、明日の日の出までに小石を10メートルほどの高さにまで積み上げること。簡単そうに思えたが、短気なマシュラにとっては地獄のような試練だった。
「破壊の神…その名はマシュランボー!」(リュウマ)マシュラ、サーゴ、クータルの三人が合体してマシュランボーになるのに、どうしてマシュラの意識が優先されてマシュランボーに宿るのか?サンジュたちがふと口にした疑問が、仲間の絆に不協和音をもたらす。自分が一番強いからと得意気になるマシュラ。ヘソを曲げるサーゴとクータル。ヤクモはというと、町の人波の中で驚くべき人物と遭遇していた。ブラックカードを使い、マシュランボーを破壊神に仕立てようとするその人物の正体とは…?
「もはや、この地上に人間など存在しない」(リュウマ)エリアの支配者・爬虫王リュウマの策略により、マシュランボーが破壊神ブラックマシュランボーに変えられてしまった。ブラックマシュランボーはマシュラとしての自我を失い、冷酷な衝動のおもむくままに強大なパワーを暴走させる。リュウマはブラックマシュランボーに破壊の限りを尽くさせている間に、ヤクモを自分の花嫁に迎えようと画策していた。ヤクモは望まぬ結婚を強いられた挙げ句、死ぬまでリュウマの城で暮らすしかないのだろうか?
「メカノシティ…それは幻と呼ばれてる国なんです」(サーゴ)ヤクモたちは幻の空中都市・メカノシティにやって来た。かつて人間と共にマトリクサーと戦い、そして人間が消えると同時にいずこかへ去って行ったというロボットたちの町だ。メカノシティを支配するのは、国王ニッパーと鳥族の支配者・鳥獣王ルシフェーヌ。彼らは圧政を敷き、マトリクサーをパワーアップさせるエッグカードを、メカノシティの技術力で作り出そうとしていた。少年少女の結成した反乱組織と出逢ったマシュラたちは…。
「ダイゴ…私のお父さんと同じ名前のロボット…」(ヤクモ)子供たちのレジスタンスは、リーダーの少年ボルトと少女チップを先頭に、思い出のサッカー場を取り戻そうとしていた。レジスタンスの切り札は、人間だけが起動させられるという巨大ロボット・ダイゴだった。好奇心で目を輝かせるマシュラは、ボルトを押しのけてパイロットシートを独占し、さっそく殴り込みをかけようとする。彼がそうして騒動を起こしている間に、ヤクモはサーゴを連れてニッパー国王の元に向かっていた。
「愛する娘、八雲へ…」(ピアノのメッセージ)ヤクモは不条理な圧政をやめるようニッパー国王を説得するつもりらしいが、どう考えても話の通じる相手ではない。彼女は間一髪で国王の魔の手から逃れ、王宮をさまよっていた最中、とある一室で人類滅亡にまつわる驚愕の事実に直面する。その頃、マシュラたちに敗北したデスクロウは、国王の作り出したエッグカードを使って復活。ハイパーマトリクサーにパワーアップし、マシュラたちへのリベンジに燃えていた。
「三人は特別な力を授かって甦るのです」(ニッパー)サーゴ、クータルに続き、ついにマシュラまでもが倒れてカードに戻されてしまった。やはりパワーアップしたデスクロウには歯が立たないのだろうか?ヤクモたちの顔に絶望の色が浮かぶ。マシュラたちはそれでもあきらめず、エッグカードで復活しようと試みる。成功すれば敵に匹敵するほどのパワーを備えてよみがえることが出来るのだ。ヤクモは必死にデスクロウに抵抗し、マシュラたちの復活まで時間を稼ごうとするのだが…。
「あなたは300年前、ヤクモを殺そうとしたことがあるのですよ」(ルシフェーヌ)デスクロウを撃破したのも束の間、鳥族の王・ルシフェーヌが攻撃をしかけてきた。メカノシティを地上に落とされて怒りに燃えるマシュラは、鳥族の本拠地に殴り込みをかけると、次々に翼あるマトリクサーたちを撃墜してゆく。ようやく姿を現したルシフェーヌは、マシュラに驚くべき事実を告げる。今から300年前、マシュラはヤクモを殺そうとしたというのだ。動揺するマシュラとヤクモ。ルシフェーヌの言葉は真実なのだろうか?
「私たちだ…ヤクモさんの父を殺ったのは、私たちだったんだ!」(サーゴ)マシュラたちはルシフェーヌによって、過去の世界に飛ばされてしまった。彼らがそこで目にしたのは、人間たちを殺戮してゆくマシュランボーの姿だった。しかも過去のマシュランボーはセンターまで襲い、ヤクモの父の命を奪っていた。この残虐な男が本当に自分なのか?次々と明かされてゆく衝撃の事実に、マシュラたちは己の目が信じられない。そのころ現代では、無防備になったヤクモたちの前にルシフェーヌが現れていた。
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