マルメロ星に潜入したタケルとフローレは、法王シキールの手引きで、牢にいるフローレの母アーモに再会。そこでフローレは、初めて自分の生い立ちの真実を知らされる。父・ギロンは自分を殺すことになるかもしれないマイナス超能力者のフローレを恐れ、抹殺しようとしていたのだった。
フローレとタケルはギロンに会い、マイナス超能力者への迫害を止めさせようと試みる。しかし、母と法王を人質に取られた2人はギロンによって捕えられ、十字架にかけられた。アーモはフローレたちを救うため、我が身の危険もかえりみず、ギロンに銃を突きつける。その隙を狙って、タケルはガイヤーを呼び、脱出をはかる。
地球防衛軍を追放されたタケルは、ゴッドマーズと共に行方をくらます。今まで命がけで地球を守ってきた彼にとって、その処分は生きる目的を失うのと同じだった。しばらく後、ガリレイ基地をゴッドマーズが襲う。タケルに裏切られたと思い込み、愕然とするクラッシャー隊。だが、これはマルメロ軍団の罠だった。偽ゴッドマーズの存在を知ったタケルは、ゴッドマーズで戦いを挑む!
地球へ戻ろうとするゴッドマーズに、コスモクラッシャーが攻撃を加えてくる。地球防衛軍はガリレイ基地破壊の犯人をいまだタケルだと信じ込んでいた。仕方なくタケルは地球を離れ、10番惑星に着陸する。絶望し、疲れ果てて眠り込んだタケルの前に、既に死んだはずのマーグが現れた!
タケルの無実を信じるナオトは、それを証明するために、空間追跡衛星のデータを解析。ついに2台のゴッドマーズが戦っている映像を入手する。そのおかげで、タケルはコスモクラッシャー隊に復帰することができた。タケルとコスモクラッシャー隊は、マルメロ星へ向かうガッシュの海賊船を追って出撃する。
ガッシュたちを乗せた海賊船は、マルメロ星のすぐ近くにある死の星に着陸した。ギロンはガッシュをおびき寄せるため、ゲリラに味方する法王のシキールを捕らえて、処刑の準備を始める。ガッシュはシキールを救出するため、激しい攻撃を受けながらも、あえて海賊船で乗り込んでいく!
ガッシュはマルメロ星に潜む同士たちに連絡するため、マルメロ軍の通信波にマイナス脳波を乗せて送り出す作戦を立てた。そのためには、通信のエキスパートが必要とされる。ガッシュに淡い恋心を抱くミカが、危険を承知で志願した。作戦はうまくいくが、ミカがマルメロ軍に捕らえられてしまった。
ガッシュはミカを救出するために、ただ1人で敵の基地に侵入。今まで、ギロンへの復讐のためなら手段を選ばない冷酷さを示してきたガッシュにとっては、自分自身でさえ思いもかけぬ行動だった。ミカを救出したガッシュは、雪上バイクで逃走をはかる。だが、必死に逃げる2人に敵の戦闘機が迫っていた!
ギロンは、ゴッドマーズを倒すための最終兵器として、磁力砲の使用を命ずる。開発者のキールは地磁気に重大な影響を与えると主張して必死に反対するが、聞き入れてはもらえなかった。巨大な磁力砲の攻撃を受けたゴッドマーズは、合体が維持できずに崩れ去ってしまう!
タケルは磁力砲の動きが鈍いことに目をつけ、六神別々に攻撃する作戦で立ち向かう。ところが、戦闘の激化と共に、マルメロ星が異常な地殻変動を起こし始める。磁力砲が地磁気に影響を与えたことによって、マルメロ星は崩壊しようとしていた。
フローレは、ギロンと最後の決着をつけるために宮殿に乗り込んでいく。だが、ギロンは崩壊寸前のマルメロ星を既に見限っており、フローレとタケルの攻撃をかわして、宮殿から脱出。艦隊と共にマルメロ星を離れる。地殻変動はますます激しくなり、わずかに生き残った人々は海岸に集結していた。
マルメロ星の崩壊が近づくにつれ、それに呼応するように砂漠の惑星だった死の星に緑が甦った。コスモクラッシャー隊は、マルメロ星の住民たちを死の星に移送するため、地球に宇宙船の派遣を依頼する。その頃、ギロンは艦隊を率いて、地球に攻め込もうと企んでいた。そのギロンの脳裏に、怪しい声が響く!
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