「君たち三人でひとつのチームを組む。力をあわせ、頑張ってくれ」(橘博士)プロフェッサー・ランドウは今こそ好機と判断し、NISARを陥落させんと猛攻撃を加えていた。焦る號は改造途中のゲッターロボで出撃しようと格納庫に駆け込むが、そこにあったのはガードロボット一体のみ。博士はどこで大改造を行っているのか? 號は基地を守ろうと、無謀にもガードロボットで出撃し…。
「ゲッターロボも三体合体で、特にチームワークが大事ですからね」(由自)三機のマシンが合体しする戦闘用のゲッターロボが誕生し、新しいNISARの基地も完成した。號、翔、剴はチームを組んで戦うことになり、それぞれゲッター1、ゲッター2,ゲッター3に搭乗することが決まる。だが、翔の表情は曇ったまま晴れない。ゲッター2には本来ならば、兄の信一が乗るはずだったのだ。
「眠らないんじゃなくて、眠れないんです。またこの前のように、失敗するんじゃないかって…」(剴)剴は人知れず苦悩していた。ゲッター剴のメインパイロットを任されたのはいいものの、どうしても自信を持てずに不安感に苛まれていたのである。かつて彼は、ゲッターロボを操縦しようとして危うく命を落としかけたことがあった。いくら訓練を重ねても不安は拭えず、唇をかみしめながらメタルビーストに挑むのだが…。
「ゲッターロボが腕一本でも動いてくれたら、あいつぐらいやっつけられる!」(號)整備班に所属する中野少年は、ゲッターロボに憧れ、メンテナンスをすることに誇りを持っていた。だが、合体訓練中に警告ブザーが鳴り響き、お前の整備ミスが原因だと號に怒鳴られてしまう。落胆する中野に、ランドウの放った不気味なスライムが忍び寄る。その物体は、相手の姿をコピーする特殊能力を備えていた。
「僕には何もできない。いつもコンピューターの前に座っているだけだ…」(由自)カナダの子供が発進したSOSを、由自がパソコンで受信した。住んでいる町が侵略者に乗っ取られてしまったのだという。由自はゲッターロボを出撃させて欲しいと博士に直談判するが、カナダ政府に問い合わせている最中だからと取り合ってもらえない。彼はしびれを切らし、バトルヘリに乗り込んで単身カナダへ向かう。
「俺は信じる、橘博士の作ったこのゲッターロボを!」(號)マレーシアの沖合で、未知の物質が発見された。アメリカのウィリー博士によると、ゲッターロボの主材料であるG鉱石に近い物質らしい。相談を受けた橘博士は、さっそくポチ博士とタマ博士を派遣して共同調査を開始する。だが、ランドウの幹部・ヤシャ男爵が、物質を奪うべくメタルビーストを差し向けてくる。
「休暇なんて必要ない、そんな暇があったら訓練だ!」(剴)近ごろ剴はなぜかイライラした様子で、號が提出しようとした休暇の申請書類を破り捨てる。いさかいを始めた二人はメタルビーストが出現しても和解せず、合体を阻止しようとするヤシャの作戦をみすみす成功させてしまう。チームワークを失った號たちに勝ち目はあるのか?剴の苛立ちの理由がようやく明かされ…。
「本当のチャンピオンは敵に攻めるだけ攻めさせて、油断させて、最後の一瞬に大逆転するんだ」(アキラ)ポチ博士の息子・アキラがNISAR基地に遊びに来ていた。大のプロレスファンである彼によると、ゲッターロボもプロレス技を覚えれば一段と強くなるらしい。ヤシャが挑戦状を叩きつけてくると、ゲッターロボは出撃。今回のメタルビーストは、世界各地で無差別破壊を繰り返す、格闘戦に特化した強敵だった。
「信一兄さんのためにもボクは戦う!このゲッターロボには、兄さんが乗り込んでいたはずだもの」(翔)もうすぐ不吉な13日の金曜日がやってくる。折しも號たち研究所の面々は、数日前からメタルビーストの亡霊を目撃していた。そして13日の金曜日の夜、翔が問題の亡霊に襲われてしまう。もともと異様なまでに怯えていた彼女は、ショックからか心身ともに衰弱してゆく。コックピットに座っているだけで精一杯の彼女は…。
「こんな綺麗な海を汚されてたまるかってんだ」(號)タンカーの沈没事件が続発。防衛庁の依頼を受けて調査を開始したゲッターチームは、事件の背後に潜んでいたコウモリ型とタコ型のメタルビーストと戦闘状態に突入した。しかしゲッター1が最初の戦闘でダメージを受け、合体すれば爆発する不具合が生じてしまう。合体成功か爆発か。ゲッターチームの運命は…?
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