暗闇の中、コナンはふいに目覚める。歩美たちと買い物に行く途中、ビルの一室で金庫をこじ開ける人影を目撃したコナン。この時、コナンは犯人に襲われ、長方形の箱に閉じ込められたのだ。その頃、小五郎は依頼を受け、唐橋グループ会長、唐橋剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜していた。
コナンは金庫破りの犯人に襲われ、棺桶に閉じ込められる。小五郎は剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜し、容疑者を3人の子供たちに絞る。光彦は蘭から小五郎が依頼された事件の話を聞き、コナンが目撃した盗難事件と関係があると推理。哀たちは剛太郎の棺桶にコナンがいる事に気付くが、すでに霊柩車は火葬場に向かっていて…
千葉刑事は3ヶ月前に起きた不可思議な事件を捜査していた。杯戸高校の敷地内で顔をコンクリにめり込ませて窒息死していた雑誌編集者の中津。遺体と一緒にコンクリで倒れていたUFOマニアの朽木に容疑がかけられる。朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が浮いたまま中津を殺害したと証言する。
顔をコンクリにめり込ませて窒息死した中津。一緒に倒れていた朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が中津を殺害したと証言。防犯カメラにもUFOのような影が映っていた。コナンは千葉刑事らと朽木の家を訪ね、朽木から話を聞く。この時、コナンは部屋であるモノを見つけ、朽木の不可解な行動の理由に気付く。
由美は将棋の王将戦のニュースを見て、羽田が棋士だった事を初めて知る。数年前に羽田から封筒を渡され、7つ揃うまで開けないで欲しいと言われた由美。一緒にいた佐藤刑事は封筒の中身を婚姻届と推測。今朝、由美は封筒を挟んだ雑誌をゴミ捨て場に出していた。由美たちはすぐにゴミ捨て場に行くが、雑誌はなくなっていた。
管理人の八塚は封筒に入った婚姻届を隠し、パソコンに8ケタの数字のパスワードを仕掛ける。部屋にあった暗号を解いて8ケタの数字を入力すれば封筒の在処を知る事ができるのだ。コナンは1枚では成立しない暗号かもしれないと考え、皆ともう1枚の暗号を探す事に。途中、由美は暗号の紙が直書ではなくコピーだと気付く。
仲代電気の社長令嬢、麻奈美が誘拐され、身代金1億円入りのバッグは誘拐犯の荻久保竜次がドローンで持ち去る。佐藤刑事たちも拳銃強盗犯として荻久保を追っていた。荻久保は共犯の裕之と落ち合い、身代金を山分けするという。佐藤たちは裕之と落ち合う前に荻久保を逮捕するが、バッグの1億円はいつの間にか消えていた。
蘭は桜を見て工藤新一と出会った時の事を思い出す。13年前、蘭は保育園で同じ組の男子にいじめられる。そんな蘭に声をかけてきたのが入園したばかりの新一だった。歌の時間、新一は保育士の江舟が蘭をずっと見ている事に気付いて訝しむ。この後も新一は蘭をひいきする江舟の行動をあやしいと感じる。
13年前、保育園で出会った新一と蘭。新一は蘭をひいきする保育士、江舟の不審な行動を優作と有希子に教える。優作は江舟の不可解な行動の理由に思考を巡らせる。翌日、変装した優作は園児たちの様子を見に行き、停車中のバンの中で運転手が園児の写真を撮り、ニタリと笑う姿を目撃する。
コナンと園子は京極が稽古をする大阪の道場にやってくる。館長の高見は京極の恩人だった。コナンたちが少年部の稽古を見学していると、梶芳が契約書のサインをもらいにやってくる。この後、道場の展示コーナーに置かれた大切な黒帯が盗まれる。犯人と疑われた京極は高見に試合を申し込み…。
小五郎、コナンはマンション4階の部屋の前にいる早紀の友人の舞子、管理人の吉江、宅配員の松田から助けを求められて部屋を調べる。そして住人の前原と妻の早紀の遺体を発見。目暮警部は現場の状況や皆の証言から強盗を装った早紀が前原を殺害後、被害者のフリをしようとした時に過って窒息死したと推理する。
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