星矢たちは黄金聖衣のパーツを賭け、暗黒聖闘士と決戦を繰り広げることになった。一輝が戦いの場に指定した殺生谷に到着するが、紫龍の姿はない。落胆する星矢の前に、紫龍の魂に導かれるようにペガサスの聖衣だけが現われる。聖衣を運んできた貴鬼によると、修復には紫龍の命が必要だったらしい…。
暗黒スワンを倒した氷河は、決着をつけるべく一輝のもとへと向かう。しかし聖闘士には同じ技は二度と通用しない。氷河はダイヤモンドダストを弾き返され、逆に一輝の幻魔拳を食らってしまう。精神を破壊された氷河は、怒りの力で必殺のオーロラサンダーアタックを繰り出すが、それでさえ一輝には通用しなかった…。
ようやく戻ってきた紫龍だったが、聖衣の修復に己の血を大量に流していたため、かすり傷からの出血でも死に至るほど弱っていた。相対する暗黒ドラゴンは、指先一つで紫龍を吹っ飛ばすほどの強者。紫龍はこの強敵を倒すため、弱っている時に使えば全身から血が噴き出すことを承知で、廬山昇龍覇を放った!
紫龍と瞬はようやく一輝のもとにたどり着き、死の淵からよみがえった星矢と氷河も戦線に復帰。しかし一輝は、四対一の絶対的に不利な状況に陥ったにも関わらず、余裕の表情を崩さない。幻魔拳を氷河にはね返されながらも、必殺の鳳翼天翔で四人を一掃。星矢だけが黄金聖衣に守られ、一輝に最後の決戦を挑む。
星矢は友情の小宇宙に守られ、ついに一輝を打ち破った。一輝は敗北を認め、自分が変貌した理由を語る。デスクィーン島での生き地獄のような日々、最愛の人エスメラルダの死、そして自らの手で師匠を殺してしまったこと……暗く悲劇的な過去を語る一輝。そこに謎の武装集団が、黄金聖衣を奪うために現れた。
突如として現れたドクラテスに、黄金聖衣は頭部を残して持ち去られてしまった。一輝までも失って戻ってきた傷心の星矢たちを、沙織は暖かく城戸邸に迎え入れる。一方、サクンクチュアリでは温厚だった教皇が崩御し、野心家である弟のアーレスが後を継いでいた。そのアーレスこそ、黄金聖衣を狙う張本人だった!
ドクラテスが城戸邸を襲撃、沙織と辰巳がさらわれてしまった。ドクラテスは二人の命と引き換えに、黄金聖衣の頭部を渡すよう星矢たちを脅迫する。星矢は万が一のことを考えて、瞬と二人だけで指定されたグラードコロッセオに向かう。そして人質交換が行われるが、ドクラテスは予想通り卑怯な手段に出る。
サンクチュアリの参謀長ギガースは幽霊(ゴースト)聖闘士のガイストに、刑の軽減と引き換えに、黄金聖衣の奪取を命じた。ガイストは前教皇に終生遠島の刑にあったシャイナの妹分である。ガイストは手下の幽霊聖闘士三羽ガラスに命じ、グラード財団のタンカーをシージャック。乗員の命と引き換えに黄金聖衣を要求してくる。
星矢たちは幽霊聖闘士三羽ガラスを追いつめるが、ガイストの放ったファントム幻惑拳によって、黄金聖衣の頭部を持ち去られてしまう。落ち込む星矢たちに、沙織は幽霊聖闘士のアジトが魔界島にあることを伝える。汚名返上を期して魔界島に乗り込んだ星矢たちを、幽霊聖闘士の仕掛けた巧妙極まりない罠が待ち受ける!
沙織は次々に起こる不穏な動きを警戒し、瞬に守られて山奥の山荘へと身を隠すことになった。星矢、紫龍、氷河は、各々の師匠に現在の情勢について尋ねるべく修行地へと旅立つ。しかし魔鈴を訪ねてサンクチュアリに戻った星矢を待っていたのは、屈辱を晴らすために聖衣を着て戦いを挑もうとするシャイナだった。
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