ジュンは1年前に亡くなった宇宙人ライマンの墓に花束を供えるため、砂漠にやって来た。ライマンは光をエネルギー源とする孤独な超人で、宇宙平和を守る真の超人になるため太陽に向かおうと、エネルギーを蓄えていた。しかし太陽光のない夜になるとホッパの街の照明や人工太陽の光まで盗み、街は大混乱に。パトロール隊が出動するが一蹴されてしまう。ライマンの目的を知ったジュンは説得を試みる。
ホッパ星各地で窃盗が頻発、エラン原子炉や宇宙船の設計図など重要書類も盗難に。ジュンは現場でおかしな足跡を発見する。それはシーフ星人が盗みに使う重力靴の跡だった。盗むのが本能だというシーフ星人3人組は、宇宙博物館に忍び込んだところをパトロール隊に捕縛される。しかしゴエモン大統領が指揮するシーフ星本隊が到来してホッパ星の重力を盗んでジュンたちの自由を奪い、機械化部隊による大規模な泥棒作戦が始まった。
突如ホッパに発生した竜巻は、出現場所を変えながら街を破壊していく。住民は地下に避難するが、大勢の行方不明者が出た。プーたちの学校も襲われ、子どもたちが吸い上げられてしまった。ホッパード110号は竜巻の下部から中に入るが、大風に巻き上げられ竜巻の上空に。そこには巨大カマキリの巣があり、ジュンだけが辛うじて脱出する。本部に戻ったジュンは、ホッパに唯一のスーパーヘルメットを装着して飛び立った。
謎の宇宙船がホッパ人を次々とさらっていく。プーやパトロール隊のグーまで誘拐されるが、グーが装着しているマイクロ通信機の電波をたどって、ティラニー星の基地を発見する。ティラニー星人は238の星を征服し、451の星に攻撃を仕掛けているため、常に兵隊が不足。誘拐した人間を洗脳し、言いなりになる奴隷兵士を大量生産していたのだ。助けに向かったジュンの前に、手強いガードロボットが立ちはだかった!
突然ホッパ星の街や人々が凍りついてしまう。気象異変かと思われたが、宇宙からのクール爆弾による攻撃だった。ホッパード110号は攻撃艦隊を追跡、モグラー星にたどり着く。星全体が凍りつき生物が住めないと思われていたが、モグラー星人は地下世界を築いていた。ジュンたちパトロール隊員は捕らえられるが、はぐれたプーは氷が煌めく幻想的な地下で王女と出会う。ふたりは友だちになり地下世界を巡っていく。
人工太陽の送電線に小型宇宙船が激突、乗員は脱出したが何者かに銃撃を受け路地に倒れこんだ。プーたち少年パトロール隊が彼を発見、本部では治療のうえ記憶再生装置にかける。彼は地球の秘密諜報部員00ゼロで、任務で1枚の設計図の入手に成功。しかしそれは地球破壊も可能な新兵器の設計図だった。平和のためにスパイとなった彼は上司には渡さず、ホッパ星に逃げ込んだのだ。しかし設計図は失われ、追手が迫っていた。
危険な任務から少年パトロール隊とともに帰還したジュンは、無事を喜び迎える家族を見てホームシックに。学校でも地球を学ぶ授業があり、地球にいる母に会いたい気持ちは一層募る。ピーコック号の子どもたちはパトロールに参加しないジュンの心を想う。その頃ジュンはドック博士を始め知識のある大人たちに、地球へ行けるか打診していたが、いい返事は聞けなかった。しかしジュンは地球を目指し単身飛び立ってしまうのだった。
ホッパの公共施設・古典星。生物の剥製から旧式の電気部品までが展示されている。怪盗ゴパンは部下と2人で、客がいない公休日をねらって反重マシンを作動、ホッパ星の重力から切り離して星ごと盗もうとする。そのとき少年パトロール隊が見回りと称して遊びに来た。ゴパンはピーコック号を破壊し、子どもたちごと古典星を盗んでいく。危機に陥ったプーたちは、古典星の陳列物や備品でピーコック号を修理してSOSを発信する。
学校の遠足でジュンたちは宇宙動物園衛星へ。多種多様な動物の中、愛嬌抜群で芸達者のアンドロが人気を博す。そのアンドロが動物園から脱走し、ホッパ星まで来てしまう。アンドロは動物園で飼育できるよう千分の1に縮小されていたが、エラン水を飲んで巨大化していく。ホッパード110号は圧縮銃を使って縮小を試みるも失敗。国土とエラン水の危機にアンドロを殺す決定が下される。全ホッパの子どもたちよる救出作戦が始まった。
ジュンの故郷・地球からのSOSカプセルがホッパ星にたどり着く。地球ではムーが海底に帝国を築き侵略戦争を開始、すでに銀河系の星々がいくつも犠牲になっているという。ホッパ星ではダルトン隊長を除く110号の面々にプーとルビーを加えた地球救出チームを結成、ピーコック号で発進した。太陽系に入り、まず火星に降り立つが、そこは廃墟になっていた。ジュンはムーに恨みを持つ宇宙人アイアンと出会う。
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