西暦644年、帰国途中の玄奘法師は吹雪に遭っていた。そのとき、ひとつの仏像がキラキラ輝く「雪達磨大師像」に変わり、玄奘を救った…。舞台変わって現代中国・青海湖。観光に来た少年・ユートが見つけた古い仏像が、雪達磨大師像に変化する。同時に不思議な少女・春麗が出現。さらに突然現れた2組のタイムトラベラーが争いを始め、混乱の中タイムマシンに乗ったユートは、古代のオアシス国家・楼蘭に、ひとり取り残される!!
漢の使者・張騫とラモーンたちは匈奴の追手から逃れる。一方リンとランは「ロプノール(ロプ湖)に宝がある」と匈奴の隊長を誘い出す。ファン老人に助けられたユートは、楼蘭の街でラモーンと再会。張騫は「今後は漢が楼蘭を守る」というが、ファンはそれを信じず、ロプノールの底にあるという「奇跡の力を持つ守り神」に祈るため、ユート、春麗と湖へ。ラモーン、リンランたちも守り神を手に入れようとロプノールへ向かうが…。
突然赤ちゃんになったユート。今度は紀元前87年の天山山麓に放り出される。そこへ走って来た馬の群、率いるのは漢から嫁いだ烏孫の王妃・解憂。馬に踏まれる寸前、一頭の白馬がユートを救い、駆け去っていった。「この馬のことを知っている」という春麗。その2人の前にブロンと名乗る老人が現れ、「本当に空飛ぶ『天馬』」を探しに漢から来たのだという。白馬を追いかけてきた解憂はブロンの顔を見て驚く…「皇帝陛下!?」。
烏孫(うそん)の城へ乗り込んだブロンは、助けたジーナをユートたちに託し、自らは進んで捕まる。「競馬で一着になったらハンチィをゆずってくれ」と、解憂(かいゆう)に賭けを申し出るブロン。ラモーンたちと再会したユートも「明日の競馬に出るから」とハンチィで走り去る。次の日の朝、烏孫王と解憂が見守る中、競馬が始まった。スタートこそ出遅れたユートだが、ハンチィはまたたく間にほかの馬を追い抜いていく。それを見ていたバーバレラ号とチャンチー号の面々が、動き出した…。
変身が治らないユート。そこへ24世紀から新しい指令が。「奇跡が起きる」という560年の敦煌(とんこう)・莫高窟(ばっこうくつ)に先駆けしようと、ラモーンとリン・ランはデッドヒートの末、ともにクラッシュ…。歩いて敦煌へ行く途中、ハンチィに似た馬を連れた騎馬兵たちに出会う。ユートが持っていたガイドブックの写真を「見事な絵だ」と感心した騎馬兵の隊長に、「われらは絵師です」と言うラモーン。一同は隊長から、莫高窟に「饕餮」(とうてつ)の壁画を描いてほしいと頼まれる。
ユートが出会った絵師・宗福(そうふく)は、自分のために死んだ娘をよみがえらせたい一念で壁画を描いていた。だが、宗福は貴重な顔料を盗んだ疑いで捕まる。真犯人を見たユートは役人に訴え出るが、突然の変身を怪しまれ、逆に捕まってしまった。あるまじろーに助け出されたユートと宗福は、ハンチィに乗って逃げる途中、宗福の娘が命がけで手に入れた顔料(がんりょう)を見つける。一方、雪達磨大師像を探していたラモーンやリン・ランたちが盗賊と疑われ、全員捕まってしまう…。
630年のトルファン・高昌国(こうしょうこく)へ着いたユートたちは、火焔山(かえんざん)が本物の火山なのを見てビックリ!!バーバレラ号が巻き込まれて故障し、またまた灼熱(しゃくねつ)の砂漠を歩く一行は、高昌国王が「奇跡を起こす仏像」を手に入れたと聞く。その国王は、近くに来ているはずの玄奘法師一行を探していた。変身した青年ユートと春麗は、怪しげな品物を売っている商人の男に出会う。その様子を見ていた国王の使いが、ユートに「玄奘法師ですね」と呼びかけた!?
玄奘を助けに来たつもりのリン・ランは、閉じこめられた場所から逃げる途中のラモーンたちに会い、勘違いに気付く。一方ユートは、商人の男が持つ「本物の」芭蕉扇(ばしょうせん)で、火焔山(かえんざん)をしずめられないかと相談する。リン・ランがチャンチー号に戻ると、アンディとコンピューター・チャーリーが、マグマをタイムロードのかなたに飛ばして火焔山をしずめる計画を進めていた。ところが、チャーリーの計算ミスで、火焔山が崩れ落ちると判明!その山中には、商人とユートの姿が!!
ないしょでジーナの誕生パーティを準備したユートたち。喜ぶジーナを、皆で楽器を演奏して祝っていると、バーバラから次の指令が。奇跡が起きるという708年のクチャに着くと、誰もが歌を口ずさんでいる。クチャは音楽の街なのだ。練習中の歌舞団を見て、思わずセッション(演奏)を始めるラモーン。歌舞団の琵琶奏者・ジエンのお守りが雪達磨大師像になりそうだと分かるが、ジエンの父・ジカクが現れ、娘を強引に連れ去ってしまう。
ジカクの家で捕まったユートたちは、リン・ランにティンとジエンの関係を説明する。ラモーンとティンの助けで脱出したものの、ジエンが指にけがをしてしまう。ユートたちは、ジエンを24世紀へ連れていって治療することに。だが、時間嵐にあったチャンチー号は、タイムロードに激突。空いた穴から流れ出てきた魑魅魍魎は、ティンたちの演奏会まっ最中のクチャの街で大騒ぎを始める。一方、タイムロードで立ち往生したままのチャンチー号の前に現れたモノは!?
750年の石国(せきこく)、ラモーンたちが雪達磨大師像になる宝石を探していると、唐の将軍・高仙芝(こうせんし)が攻めて来た。だが、バーニーの作戦で高仙芝は石国の王を捕り逃してしまう。その結果、翌751年に「タラスの戦い」が起こらなくなってしまうと分かる。変わってしまった歴史を戻すために、製紙法を西方に伝えなければならない。タラス川の近く、天山山脈の山中にある紙すき工房に弟子入りする一同。そこでラモーンは、紙すき工・美雲(メイユン)に恋をし、ユートは「空を飛ぶ道具」の発明を志す青年・天照と知り合う。
高仙芝は、無人のバーバレラ号を見つけて運び去る。そのバーバレラ号を探して道に迷ったラモーンたちは、やはり無人のチャンチー号を見つけ、それに乗って紙すき村へ戻る。悩んでいた天照は、ユートが作った紙ヒコーキを見てひらめき、飛行機を完成させる。チャンチー号でタラスに向かおうとするラモーンたちに、同行する天照と美雲。タラスに到着すると、そこはすでに戦場だった。ラモーンたち、リン・ランたちは、雪達磨大師像になる石を探して矢が飛び交う中を右往左往。そのさなか、天照とユートは、美雲の危機を見て助けに走るが……。
ジーナとアンディの乗り換えのためタイムロードを並走中の一同を、大きな時間嵐が襲う。バーバレラ号は時代も地名も分からない土地へ漂着し、同時に春麗が消えてしまった。嘆くユートの前に現れたのは、春麗に似た少女・秋麗。秋麗やリン・ランそっくりの村長リル・ラルは、あるまじろーを見ると「あ~る様!」と拝み始める。村人たちは奇跡を起こすため、巨大なあ~る像を作っていた。そのとき仮面の集団が村を襲い、あ~る像を破壊する。そのリーダーは、ジーナにうりふたつだった!
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