聖なる都を襲ったギズモンたちの脅威は、大勢の仲間たちを連れて駆けつけたイクトによって回避された。倉田たちの居場所を発見し、打って出ようとする大と守りに徹するトーマの意見が対立する。大とイクトが倉田のもとへ向かった時、倉田の手下ナナミがトーマの前に現れる。手を組まないかと言われたトーマは…。
なんとかナナミを倒したトーマだったが、聖なる都を守る湖を作っていた滝が破壊され、防御が手薄になってしまった。倉田の軍勢がこのチャンスを見逃すはずがない。イワンが先頭に立ち総攻撃が開始され、淑乃とララモンが立ち向かうことに。協力なデジモンへの変身能力を得たイワンに勝ことはできるのか!?
倉田のしかけた時空振動爆弾によって、大たちはエルドラディモンとともに人間界へやってきてしまった。このままでは人間界も戦いに巻き込まれてしまう。エルドラディモンの元へ向かおうとする大の前に、新たな力を手に入れた聖が現れる。二人の決着をつけるための戦いが、今はじまる!
エルドラディモンはギズモジャベリンに貫かれ、さらにトーマが謎の男たちとともにヘリで飛び去ってしまった。無言で大たちの元を離れたトーマは、実家に戻り病身の妹・リリーナと再会していた。だが、そこでトーマを待ち受けていたのは倉田だった。驚愕するトーマに、倉田はある取り引きを持ちかける…。
「倉田とともに平和な世界をつくる」と言いはなったトーマへの怒りは、シャイングレイモンに恐ろしい変化をもたらした。バンチョーレオモンが絶対に使うなと警告した“バーストモード”を、大は発動させてしまったのだ。そして、負のパワーによって凶暴化したシャイングレイモンは、街を破壊し…。
手当てされ目を覚ましたイクトとファルコモンが、究極体・ベルフェモンを復活させデジタルワールドと人間界を支配するという倉田の野望を告げる。やがてベルフェモンが解き放たれるその時、トーマの妹・リリーナの病気を治療するため、デジモンと融合させる手術が始まろうとしていた。果たして、トーマの本当の目的とは…?
トーマにいっぱい食わされたことを知った倉田は、自ら融合することで強大な力を持つベルフェモンレイジモードへと進化した。トーマがミラージュガオガモンとともに帰り、ファルコモンが究極体レイヴモンへと進化。残るは、デジタマとなったアグモンが戻ってくるのを待つだけ。大はアグモンを呼び戻すことができるのか?
大の叫びと純粋なデジソウルが、アグモンをよみがえらせた。ボロボロになったトーマたちもまた、ベルフェモンに反旗を翻す。憎しみからではなく、仲間と心をひとつにすることで発揮できる真のバーストモードが発動する。ベルフェモンを、究極をも凌駕する本当の力が…!
ついにベルフェモンが倒れた!しかし、最後の瞬間に倉田は時空振動爆弾を炸裂させる。世界の壁が崩れたことにより、デジタルワールドと人間界はやがて衝突し、ともに消えてしまう。デジタルワールドの神・イグドラシルは、その前に人間界を消滅させるべく行動を開始した。果たして人間界の運命は!?
デジタルワールドの動きが止まった!バンチョーレオモンがみずからのデジソウルをすべて解放し、堕ちてくるデジタルワールドを支えているのだ。イグドラシルに会うためデジタルワールドへ向かった大たちは、そこで新たな敵ロイヤルナイツの一人であるクレニアムモンと出会うことになる!
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