はるか未来。更なる進歩を遂げた人類の科学力は、様々な生物の遺伝子を融合させ、新生命体「マトリクサー」を作り出した。人類への奉仕を目的に、特殊能力を与えられた「マトリクサー」。だがある時、人類と「マトリクサー」との間に、戦争が勃発。人類は、自らが作り出した力の前に成す術もなく、その結果、地上から姿を消した・・・。それから、300年。「マトリクサー」が支配する、荒廃した世界で、一人の人間の少女が、コールド・スリープから目覚めた。彼女は、父親が残した「センターに向かえ」というメッセージに従い、旅に出る事を決意する。人類再生のカギを握ると言われる伝説の地センター。西にある、その地を目指し、少女ヤクモの苦難の旅が始まった・・・。
希望の新天地と呼ばれる次界に到達しながらも、天使と悪魔たちの戦いは激しさを増すばかりで、いっこうに収まる気配を見せない。心を痛めるヘッドロココは、今までの長い旅の道のりを思い出していた。仲間たちとの出会い、苦しくも充実していた旅の日々、そして悲しい別れ…宿敵であったワンダーマリアに対しても、ヘッドロココの胸の内には、複雑な想いが色濃く残っていた。だが、天使と悪魔の戦いが世界の終焉を招くほど激しくなった時、迷いを捨てたヘッドロココは、アンドロココとなって戦場に姿を現した。ゆるぎない決意を心に秘めて…。
表層界で平和に暮らしていた天使と悪魔とお守りたち。この世界の創造主である聖神は、彼らの指導者として、スーパーゼウスとブラックゼウスという双子の次神子を誕生させる。しかし、表層界を我がものにしようという野望をいだいた始祖ジュラが、ブラックゼウスを体内に取り込み、悪魔たちを率いて戦乱を起こしてしまった。これに怒った聖神は、表層界を天聖界と天魔界の二つの世界に分断してしまう。こうして天使とお守りは天聖界に、悪魔は天魔界で暮らすようになったのである。それから長い年月が過ぎたある日、天魔界の新たなヘッドとなったスーパーデビルが、突如として天聖界に攻撃をしかけてくる。悪魔たちの攻撃に荒廃する天聖界を憂いたスーパーゼウスは、次界創造の使命を背負った聖神子・聖（セント）フェニックスに、８人の若神子を探すよう命じるのだが…。
まだ空間さえなかったころ。一筋の光が差し込んだ後、「真白域」と「真黒域」というふたつの世界が生まれる。真白域には超聖神ディアナ、真黒域には超聖神クロノズーが現れ、それぞれの世界を治めた。だが、ふたりの超聖神はとても仲が悪く、お互いを滅ぼそうと戦いを始めてしまう。戦いの真ん中に生まれた「まとば」と呼ばれる不思議な世界に、あるとき７つの流れ星が降り注いだ。その流れ星を偶然に目撃したお守りの聖光ゲンキと聖太子ジェロは、記憶をなくした十字架天使という天使とカメに出会った。そのカメから現れた未来の天使ヘッドであるスーパーゼウスから、７人の若神子を探し出して真白域にいるディアナに会いに行くよう言われたのだった。やがて最初の若神子のヤマト王子と出会った一行は、残りの若神子を捜して、まとば世界を旅することに。しかし、まとばにも、クロノズーの命を受けて天使やお守りを悪魔に変えようとする、魔妃ネロクイーンの魔の手が忍び寄っていたのだ！
物語は１００年ほど前のイギリスから始まる。アップルフィールド孤児院で暮らしていた少女・ナージャのもとに、見知らぬ相手から荷物が届く。包みを解くと出てきたのはトランクで、中には見たこともないほど綺麗なドレスと日記帳が入っていた。ナージャは驚く。今まで死んだと思っていた母親が生きていたのだ！ 大喜びのナージャだが、彼女の前に現れたのは母親ではなく、ブローチを狙う怪しい二人組だった。二人組のために孤児院が火事になり、手がかりとなるトランクを炎の中から持ち出したナージャは、危ういところを救ってくれた貴族の息子フランシスと運命的な出会いを果たす。自分がいれば、孤児院のみんなを巻き込んでしまう…責任を感じたナージャは、得意のダンスと歌を生かして旅芸人のダンデライオン一座に入り、様々な国を回りながら母を捜すことを決意する。いま、運命の扉がひらく！
天使と悪魔が手を取り合った聖魔和合から幾年もの時が過ぎ、悪魔たちは再び天使との戦いを始めた。天使軍は強力なメカを擁する新生悪魔軍に敗れ、指導者スーパーゼウスまでもが捕らわれてしまう。かろうじて逃れた天使たちは、お守りたちの住む天地球に潜んでレジスタンスになった。それから１０年、悪魔軍の侵略の手はついに天地球にまで及んできた。首都・テラサピエンスは破壊され、不気味なバイオ悪魔の手に落ちてしまう。しかし、まだ希望の灯は消えていなかった。伝説の勇者アンドロココの超聖理力（セントフォース）を受け継ぐ少年・フェニックスが生き残っていたのだ。彼は謎の飛行物体メカタートルから、悪魔軍の目的が巨魔界神ザイクロイド・アノドの復活だと聞くと、封印の鍵を握る石版を求めて旅に出るのだった…。
むかしむかし、人間と花の精は、なかよく地球でくらしていました。ところが、人間はだんだんと思いあがって、自然をたいせつにしなくなったのです。花の精たちは、虹色の雲のむこうの小さな星・フラワーヌ星にうつって自分たちの王国をきずきました。でも、そのうちの何人かは地球にのこって人間と結婚したのです。そして、花の精の血をずっとうけついできました。フランスのいなか町で、おじいさん、おばあさんとくらす女の子ルンルン。そこへ、フラワーヌ星の国王の使者として、人間の言葉をしゃべる白ネコのキャトーと犬のヌーボがやってきます。そして、王子が次の王位につくために必要な「七色の花」をさがしてほしいとたのみます。花の精の血をひく「花の子」ルンルンにしか、さがせないからです。ルンルンはキャトーとヌーボといっしょに、七色の花をさがしてヨーロッパ各国を旅していきます。
荒廃した世界に、ひたすら西に向かって旅を続ける少女がいた。彼女の名前はヤクモ、この地上でただ一人生き残った人間である。３００年前、隕石の衝突で都市は廃墟と化し、多くの人々が命を落とした。さらに科学によって作られた新生命体・マトリクサーが反乱を起こし、人類はついに滅亡したのである。そして３００年後、コールドスリープの深い眠りから覚めたヤクモが見たのは、マトリクサーの支配する世界だった。だが、西の地にあるという“センター”には、同じ人間の生き残りがいるかもしれない。人類はまだ滅んでいない…ヤクモはそう信じて旅に出る。お供を務めるのは、彼女の優しさに打たれて仲間になった三人のマトリクサーたち。暴れん坊のマシュラ、冷静で知的なサーゴ、大食いで力持ちのクータルだ。旅を妨害しようとするマトリクサーの将軍たちと戦いながら、ヤクモたちは遥かなる約束の場所を目指す！
原始時代、オオツノ族の女・エスタが白い肌の子供を産んだ。リュウと名付けられたその赤ん坊は、他の子供と明らかに容姿が異なるため、不吉の象徴として忌み嫌われる。そしてとうとう、凶悪な肉食恐竜・チラノに生け贄として捧げられることになった。だが、運命は彼が生きることを選んだ。リュウはチラノの牙に引き裂かれるより前に、心優しい猿人のキティに拾われ、子供として育てられることになったのである。そして時は過ぎた。リュウは今やたくましい少年に成長していた。ところがある日、恐ろしいチラノが再び姿を現し、リュウをかばおうとしたキティが命を落としてしまう。チラノを倒してキティの仇を討つため、本当の母親に巡り会うため、彼は旅に出ることを決意する。ランとドンの姉弟を連れて、苦難の道のりは続いてゆく…。
悪王ラビックは倒され、ログレス七カ国に平和がもたらされた。しかし海の向こうでは、ザイキングによって罪もない人々が苦しめられていた。それを知ったキャメロットのアーサー王子は、ザイキングを退治することを決意。無益な争いをさけるため王子の身分を隠して、キャメロットを後にする。手始めにグック船長のもとを尋ねるが、船長はすでにザイキングの手にかかって殺されていた。彼がザイキングから奪い、どこかに隠したという宝のありかを巡って、アーサーは力自慢の大男ボスマン、発明の得意なピートと一緒に旅をすることになる。行く先々で悪事を働く海賊、山賊、魔女を相手に、アーサーは白馬の王子を名乗って正義の剣を振るう。やがて彼の存在を知った北の魔王は、次々と凶悪な刺客を差し向けて命を狙ってくる。北の魔王とは何者なのか。隠された宝は一体どこにあるのだろうか!?
長く続いた天使と悪魔の戦いも終結し、希望の新天地であった次界は“聖魔和合”によって天使も悪魔もお守りも平和に暮らせるようになっていた。そして聖魔の戦いも遥か昔の出来事になった時代の話。お守りのピア・マルコは、ひょんなことから次界の時間を管理する“時の塔”へと入り込み、スーパーゼウスからセント・ボックスに入っていた次界の滅亡という未来を見せられる。そして同じく次界滅亡を見てしまった生真面目な天使ベリー・オズと、財宝目当ての悪魔ディオ・コッキーと共に、次界を救う聖なる宝石“セント・ジュエル”を探すため旅立つことになるのだった。その案内人はセント・ボックスから現れたバイオバイザ・ワープスライダーＰ、通称ワッＰに乗っていたもの言わぬ謎の少女プッチー・オリン。こうして始まった冒険は、マルコの隠された秘密を解き明かす旅でもあったのだ…。
天使とお守りたちが平和に暮らしている世界『天聖界』。そこへ『天魔界』を支配するヘッド・スーパーデビルの命令により、悪魔たちが攻撃を仕掛けてきた。悪魔たちの攻撃で天聖界が荒廃していく中、天使たちの指導者であるヘッド・スーパーゼウスより新たな世界『次界』の話を聞いた天使ヘッド・聖フェニックスは、希望の新天地である『次界』を目指す旅に出ることを決意する。その聖フェニックスの下へ、共に次界へ向かおうとする若神子たちが一人、また一人と集結する。一方の天魔界では、次界への旅を邪魔するために、凶悪な悪魔たちを次々に刺客として送り込む。かくして、天使と悪魔の激しい戦いが再び始まることになった。かつての戦いが、表層界を天聖界と天魔界という二つの世界に分けたように…。
星野鉄郎少年は謎の美女・メーテルと共に銀河超特急９９９号に乗り、遥かなるアンドロメダを目指して旅を続けている。ある時、宇宙空間を浮遊する不定形生命体が９９９号の進路に立ちふさがる。９９９号は方向転換もかなわずに衝突、その柔らかな体内へ徐々に沈みこんでゆく。このままでは完全に取り込まれてしまうのも時間の問題だ。鉄道管理局と警備局は強力な衝撃波による不定形生命体の除去を決めるが、鉄郎は驚くべきことに気付く。巨大な生命体は、たくさんの子を思いやる慈愛に満ちた母親でもあったのだ。幼くして母をなくした経験を持つ鉄郎は、不定形生命体の子供たちと自らの境遇を重ね合わせ、「お母さんを殺すな！」と管理局と警備局に向かって叫ぶ。だが、今さら決定が覆るわけもない。己の無力に打ちひしがれた鉄郎が泣き崩れた時、もう一つの宇宙船が激突！機械の体を持つアルテミスという美女が、ハッチから瀕死の状態で這い出してくる。彼女は２年前に自由を求めて母と決別し、姿を消した不定形生命体の娘だった…
海賊惑星ジュエルの近くを通過しようとする星野鉄郎、メーテルの乗る９９９号は、海賊船『クィ−ンエメラルダス号』から突然の襲撃を受ける。しかしメーテルは、銀河にその名を轟かす女海賊・エメラルダスと剣を交え、友情で結ばれた仲であった……。エメラルダスに勝利したが命をとらずに逃がしたため、メーテルは牢獄に幽閉されてしまう。そんなメーテルを救うため、エメラルダスは単身牢獄に奇襲をかけるが……！？
町に戻っていたガンバは、かつての仲間たちとひさしぶりに再会する。だがシジンはひとり悲しみに沈んでいた。許嫁のナギサが、南の島に墓参りに行くと言って旅だったきり行方知れずになってしまったのだ。シジンの頼みでナギサを探しに行く決意をしたガンバたちは、船に潜り込み、南の島を目指す。島にたどり着いたガンバたちは、島ネズミの長老であるオバハンネズミにナギサのことを尋ね、ある手がかりを得た。彼女は墓参りをするといって川を上っていったというのだ。さっそく川へ向かおうとするガンバたちに、オバハンは不吉な忠告をした。あのへんには恐ろしい野犬がおり、先日も一匹のカワウソが殺されたばかりだ、と。それを聞いたガクシャは驚喜した。カワウソは絶滅したはずだと思われていたのだ。川辺を上流に向かうガンバたち。途中、キマグレやウキクサといった動物たちと出会いながら、彼らの旅はなおも続く。
頑張り者のネズミ・ガンバは、相棒のボーボと一緒に、海を一目見ようと港町までやってくる。そこで出会った子ネズミの忠太が、自分たちの島の仲間を助けて欲しいと求めてきた。力自慢のヨイショや博学のガクシャといったネズミ仲間とともに、大海原へ乗り出すことを決意する。だが、目的の島には脅威の白イタチ・ノロイが待ち構える。小さなネズミ７匹が繰り広げる波乱に満ちた大冒険。他に類を見ない表現にドキドキハラハラの連続だ。
