桜木花道は、中学校三年間で５０人もの女子生徒にふられ続けた悲しい男。そんなある日のこと、廊下で一人の美少女から声をかけられる。「バスケットはお好きですか？」その女生徒・晴子に一目ぼれした花道は、何のためらいもなく「大好きです！！」と答えてしまう。そして花道はバスケットのトレーニングを始め、練習・試合を通じその面白さに目覚め才能を開花し、天才プレイヤ”ーへと成長する。湖北バスケ部の仲間と共に全国制覇を目指すのであった・・
物語の始まりは、宇宙の中心と言われる星。銀河鉄道のすべての始発駅ディスティニー。有紀学（ユウキ・マナブ）は亡き父や兄の遺志を継ぎ、銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊（SDF）に入隊する。SDFは宇宙で最も正確と言われる銀河鉄道の運行スケジュールを守るため、各路線で起こる事故、災害、救命救急、宇宙海賊の討伐などに対処している。SDFと銀河鉄道全線を統括する謎の美女レイラ・ディスティニー・シュラは、人や生物、惑星の運命が見える能力を持っている。旅立つ者の未来にどんな苦難が待ち受けていると分かっていても、決してその未来を伝えてはならない“運命の守護者”である。しかし、自分の運命に立ち向かう旅人を、邪悪な力で変えようとする者が現れた時、彼女の秘められた力が発動する。果たして学の運命は、レイラにはどう映っているのだろうか…。銀河鉄道網を脅かす最大の危機が迫るなか、学は自らの運命をどう切り開いてゆくのか…。
