荒廃した世界に、ひたすら西に向かって旅を続ける少女がいた。彼女の名前はヤクモ、この地上でただ一人生き残った人間である。３００年前、隕石の衝突で都市は廃墟と化し、多くの人々が命を落とした。さらに科学によって作られた新生命体・マトリクサーが反乱を起こし、人類はついに滅亡したのである。そして３００年後、コールドスリープの深い眠りから覚めたヤクモが見たのは、マトリクサーの支配する世界だった。だが、西の地にあるという“センター”には、同じ人間の生き残りがいるかもしれない。人類はまだ滅んでいない…ヤクモはそう信じて旅に出る。お供を務めるのは、彼女の優しさに打たれて仲間になった三人のマトリクサーたち。暴れん坊のマシュラ、冷静で知的なサーゴ、大食いで力持ちのクータルだ。旅を妨害しようとするマトリクサーの将軍たちと戦いながら、ヤクモたちは遥かなる約束の場所を目指す！
はるか未来。更なる進歩を遂げた人類の科学力は、様々な生物の遺伝子を融合させ、新生命体「マトリクサー」を作り出した。人類への奉仕を目的に、特殊能力を与えられた「マトリクサー」。だがある時、人類と「マトリクサー」との間に、戦争が勃発。人類は、自らが作り出した力の前に成す術もなく、その結果、地上から姿を消した・・・。それから、300年。「マトリクサー」が支配する、荒廃した世界で、一人の人間の少女が、コールド・スリープから目覚めた。彼女は、父親が残した「センターに向かえ」というメッセージに従い、旅に出る事を決意する。人類再生のカギを握ると言われる伝説の地センター。西にある、その地を目指し、少女ヤクモの苦難の旅が始まった・・・。
