銀河系に突如としてスペースモンスターが現れ、平和な星を襲っては侵略と破壊の限りを尽くしていた。モンスターの魔の手はついに太陽系にまで及んでくる。宇宙からのメッセージをキャッチしたキティ博士は、大王星のギャラクシー・エネルギーが弱まったせいで突然変異を起こした動植物が、スペースモンスターと化していることを知る。元へ戻すためには特別な超能力を持った者が大王星へ行き、ギャラクシー・エネルギーを復活させなくてはならない。それが出来るただ一人の人物こそ、月の王国の王女であるオーロラ姫だった。かつて王国はスペース・モンスターの襲撃で滅亡、姫だけが生き延びて地球にたどり着いていたのだ。オーロラ姫は宇宙に平和を取り戻すため、前人未到の大王星へ旅立つことを決意する。美しく気高い姫を守るために集まったジャン・クーゴ、ドン・ハッカ、サー・ジョーゴの三人の騎士も、クイーンコスモス号に乗り込んだ。さあ、大王星をめざして出発だ！
星野鉄郎少年は謎の美女・メーテルと共に銀河超特急９９９号に乗り、遥かなるアンドロメダを目指して旅を続けている。ある時、宇宙空間を浮遊する不定形生命体が９９９号の進路に立ちふさがる。９９９号は方向転換もかなわずに衝突、その柔らかな体内へ徐々に沈みこんでゆく。このままでは完全に取り込まれてしまうのも時間の問題だ。鉄道管理局と警備局は強力な衝撃波による不定形生命体の除去を決めるが、鉄郎は驚くべきことに気付く。巨大な生命体は、たくさんの子を思いやる慈愛に満ちた母親でもあったのだ。幼くして母をなくした経験を持つ鉄郎は、不定形生命体の子供たちと自らの境遇を重ね合わせ、「お母さんを殺すな！」と管理局と警備局に向かって叫ぶ。だが、今さら決定が覆るわけもない。己の無力に打ちひしがれた鉄郎が泣き崩れた時、もう一つの宇宙船が激突！機械の体を持つアルテミスという美女が、ハッチから瀕死の状態で這い出してくる。彼女は２年前に自由を求めて母と決別し、姿を消した不定形生命体の娘だった…
海賊惑星ジュエルの近くを通過しようとする星野鉄郎、メーテルの乗る９９９号は、海賊船『クィ−ンエメラルダス号』から突然の襲撃を受ける。しかしメーテルは、銀河にその名を轟かす女海賊・エメラルダスと剣を交え、友情で結ばれた仲であった……。エメラルダスに勝利したが命をとらずに逃がしたため、メーテルは牢獄に幽閉されてしまう。そんなメーテルを救うため、エメラルダスは単身牢獄に奇襲をかけるが……！？
少年・星野鉄郎は母と二人、機会の身体を目指して銀河超特急９９９号の停車駅、メガロポリスに向かう。その途中、二人は機械伯爵による人間狩りに遭い、母は殺されてしまう。しかし、そのとき助けてくれた謎の美女メーテルから、鉄郎は９９９号のパスをもらい受けて、メーテルとともに地球を旅立つのだった…！幾つもの星を越えた９９９号だったが、何者かの列車妨害を受けて化石の星に停車した。その星で鉄郎は美しい少女の化石を見つけて近づくが、突然現れた『化石の戦士』に襲われパスを奪われてしまう！化石の戦士ユリウスは、化石となってしまった少女リージャの夫であった。彼はリージャと９９９号でハネムーンに向かう直前、戦士としての誇りを優先させて、母星に迫る化石化ガス雲の調査に向かったのだった…。
資源枯渇に人口の増加…近未来の地球は、慢性的な問題を抱えていた。その問題を一気に解決する方法が、太陽系第10番惑星「プロメテ」の発見で提唱されることとなる。その名も「プロメテ移住計画」。だが大江戸博士を中心に推進されたその世紀の一大プロジェクトは、メインパイロットの「一文字断鉄」がロケット発射直後に引き起こした事故のせいで一時中断。彼の息子「タクマ」は、『プロメテ計画を潰した、裏切り者の息子』のレッテルを貼られ、後ろ指を指されることになる…。それから10年後、大江戸博士は「新・プロメテ移住計画」を実現するため、着々と準備を進めていた。宇宙母艦「ジャスダム」と、その護衛を任された機動メカ「サテライザー(ロボット形態「ダンガードA」)」の建設、そして新人パイロットの育成…。その新人パイロットの中には、何と、あの断鉄の息子・一文字タクマも!! 彼は大江戸博士に引き取られて以来、サテライザーのチーフパイロットになるための訓練を受けていたのである。父の汚名をそそぎ、父の代わりにプロメテ計画を成功させるために…。だがそれを邪魔する者が現われた!! プロメテ計画に反対し、エリートだけで構成された軍団を立ち上げ、自らがプロメテの支配者になろうとした元科学者「ドップラー」である!! ヤツは「ドップラー総統」を名乗り、人類に自分の支配下に入るよう宣告。ライバルである大江戸博士たちに挑戦状を叩きつけた!! こうして大江戸博士の「ジャスダム隊」と、ドップラー軍団の壮絶なるプロメテ争奪戦が展開されるのだった…!!
西暦２９７７年、高度に成長した文明と繁栄に酔いしれた人類は怠惰な平和をむさぼっていた。そんなある日、宇宙のどこからか日本のある地域に巨大なペナントがうちこまれた。人々は、これを最近出没している宇宙海賊のしわざだと考えた。しかし、それは違っていた。大ペナントは未知の宇宙人が地球侵略の目標として打ち込んだ電波灯標であった。そしてこのことに気付いた人間が二人いた。一人は科学者・台羽博士そして、もう一人は宇宙海賊キャプテン・ハーロックであった。が、その途端、台羽博士が殺害されてしまう。殺したのは無論、ペナントを打ち込んだマゾーンの女王ラフレシア…地球の危機を確信したハーロックはマゾーン宇宙艦隊との戦闘を開始する。一方、台羽博士の息子・正はハーロックとともに戦うことを決意し、アルカディア号に乗り込む。
西暦２×××年、地球の人間たちは、体を機械化させて、その寿命を数百年に延ばしていた。しかし、母と二人暮らしの星野鉄郎は、貧しさのため、未だ生身の体のままだった。誰もが機械の体をもらえる星があり、銀河超特急９９９号にのればそこに行けるという。だが、母と二人でメガロポリスステーションを目指す途中で、鉄郎の母は、生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃たれてしまう。鉄郎は、たった一人雪原に倒れていたところを謎の美女メーテルに助けられる。彼女はまた、鉄郎に銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させる。無限の宇宙の彼方の夢と希望の星を目指して、鉄郎の果てしない旅が今はじまる。
西暦２×××年、地球の人間たちは、体を機械化させその寿命を数百年に延ばしていた。しかし、母と二人暮らしの星野鉄郎は、貧しさのため、未だ生身の体のままだった。誰もが機械の体をもらえる星があり、銀河超特急９９９号にのればそこに行けるという。だが、母と二人でメガロポリスステーションを目指す途中で、鉄郎の母は、生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃たれてしまう。鉄郎は、たった一人雪原に倒れていたところを謎の美女メーテルに助けられる。彼女はまた、鉄郎に銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させる。無限の宇宙の彼方の夢と希望の星を目指して、鉄郎の果てしない旅が今はじまる。
物語の始まりは、宇宙の中心と言われる星。銀河鉄道のすべての始発駅ディスティニー。有紀学（ユウキ・マナブ）は亡き父や兄の遺志を継ぎ、銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊（SDF）に入隊する。SDFは宇宙で最も正確と言われる銀河鉄道の運行スケジュールを守るため、各路線で起こる事故、災害、救命救急、宇宙海賊の討伐などに対処している。SDFと銀河鉄道全線を統括する謎の美女レイラ・ディスティニー・シュラは、人や生物、惑星の運命が見える能力を持っている。旅立つ者の未来にどんな苦難が待ち受けていると分かっていても、決してその未来を伝えてはならない“運命の守護者”である。しかし、自分の運命に立ち向かう旅人を、邪悪な力で変えようとする者が現れた時、彼女の秘められた力が発動する。果たして学の運命は、レイラにはどう映っているのだろうか…。銀河鉄道網を脅かす最大の危機が迫るなか、学は自らの運命をどう切り開いてゆくのか…。
