干ばつ。洪水。真夏に降る雪……。世界中がおかしかったその夏。日本からは見えるはずのないオーロラを目撃した太一たちは、オーロラの裂け目から飛来した謎の光に異世界へと連れ去られてしまう。すべてが未知のその世界で太一たちが最初に出会ったのは、自分たちを「待っていた」という奇妙な生物、デジタルモンスターだった。
太一の意見でしかたなく海を目指した一行は、休憩もかねて食料や持ち物の確認をすることになった。しかし疲れもいえないうちに新たなピンチが太一たちを襲う。おまけにデジモンたちはお腹が空いてまともに戦うことができない。唯一食事をしていたアグモンはみんなを守るため太一と二人でシェルモンに立ち向かうが、力の差は大きく逆に太一がシェルモンの触手に捕まってしまう。
元の世界に戻る手がかりを探して歩き始めた太一たち。途中ヤマトはなにかとタケルを気づかうが、タケルはむしろ放任主義で行動的な太一の方になびいていまう。タケルに悪気がないことを知りながらも、イライラをつのらせるヤマトはみんなが寝静まった夜自らの心を落ち着けるようにハーモニカを奏でる。 そんなヤマトにガブモンがそっと寄り添う。 しかし、そこに新たなデジモン・シードラモンの襲撃が…!
空に甘えたがるピヨモン。空もつい甘い顔をしてしまう。無邪気に喜ぶピヨモンの姿に複雑な心境の空。そんな時、一同が草原で見つけたのは、偶然にもピョコモンたちの村。メラモンが襲ってきたのだ。逃げ惑うピョコモンや子供たち。ピヨモンは逃げ遅れたピョコモンたちのために引き返し、空もピヨモンを助けに戻る。しかしメラモンの強力な攻撃の前にピヨモンは傷つき、空にもピンチが迫る。その時、空を守るために、ピヨモンが進化をとげる…!
たどり着いた工業都市で、都市の動力源である電池を調べると、中のコンピューターのプログラム自体が電気を起こしていた。光子郎はパソコンで、プログラムの解析を始める。「もしかすると謎が解けるかもしれないよ。この世界がどういう世界で、君たちが何者か、とか」不思議そうなテントモンに笑顔で答える光子郎。だが、光子郎が太一たちの元に報告に戻ると、太一たちは黒い歯車に操られた完全体の強力なデジモン・アンドロモンに追われていた!
地下下水道から、気持ちの悪いヌメモンにつきまとわれて困っていたミミ。だが、たどりついたおもちゃのまちでミミが見たのは、感情を奪われておもちゃにされた太一たちだった。黒い歯車の力で悪の心に支配されたもんざえモンが人間とおもちゃの立場を入れ替えたのだ。みんなを助けられるのはミミとパルモンしかいない。みんなを助けるためにヌメモンに協力を求めるミミ。ミミの必死さがヌメモンを動かし、ミミを守るため懸命にがんばる。そんなヌメモンたちを見たパルモンの心に何かが芽生える。
年長者としてひとりですべてを背負い込んだ気分の丈だが、実際にはなかなかみんなの信頼を得られないでいた。みんなをまとめられない悔しさ。優柔不断な自分自身へのいらだち。年長者としての責任感。思いつめた丈は寝静まる仲間たちを残してひとりムゲンマウンテンを目指した。「オイラも一緒に行くよ」そんな丈の背中にゴマモンが声をかける。
丈の決死の行動がゴマモンをイッカクモンに進化させた。ユニモンを黒い歯車から解放した一行はムゲンマウンテンの山頂を目指す。丈の悲痛な叫びが辺りに響き渡る。子供たちが危険と引き換えに得たのは、新たなる絶望でしかなかった。そう、子供たちのいるファイル島は絶海に浮かぶ孤島だったのだ。一方そのころ、ファイル島に広がる邪悪な影もその正体を現しつつあった。その名はデビモン!
デビモンの強大な力でファイル島はバラバラに引き裂かれた。そして子供たちもそれぞれ別の小島に飛ばされてしまう。仲間と離れ離れになった太一は真っ白な雪が降り積もる厳寒の島にいた。すぐ近くにヤマトがいることを知り、ユキダルモンの助けを借りてヤマトがいるという島へ向かうが、そこで起きていた出来事とは…!
デビモンに飛ばされたミミとパルモンは人気のない鬱蒼としたジャングルの中にいた。『輝ける黄金ウンチ』のスカモンと、その相棒で悪知恵の働くネズミ型デジモンのチューモンの最低追いはぎコンビだ!荷物の取り合いをするうちに、デジバイスの光に心を洗われて、スカモンとチューモンはいきなりいいデジモンになってしまった。しかもスカモンたちは遺跡に落ちたらしい光子郎とテントモンを見ていて、ミミはその遺跡に向かうことに…。
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