コナンと少年探偵団の子供たちを連れて強盗事件の実況検分をしながら、佐藤刑事は3年前の連続爆破事件を思い出していた。犯人の罠にかかり、殉職していった松田刑事。その時、またしても爆弾予告の電話が鳴る。1200万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。
ミステリー番組の出演を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れてロケ現場の洋館にやってきた。そこで出会った出演者の雨城瑠璃は小五郎と英理の中学の同級生だった。撮影が始まると、主役の風見良輝はなぜか機嫌を悪くして現場から立ち去ってしまう。その後、瑠璃の悲鳴とともに二階の一室に血まみれの風見の遺体があった。
ミステリー番組の出演を依頼された小五郎が訪れた洋館で起こった殺人事件。捜査のために殺害現場を訪れたコナンは、床に貼ってあるガムテープに付着していた綿を見て、凶器と犯人に気づく。早速小五郎に麻酔針を打ち込もうとするコナンだが、なぜか麻酔針が出ない。仕方なくコナンは小五郎に事件のヒントを与えることに。
毛利探偵事務所に3人の依頼人が訪れた。行方不明の有名なシステムエンジニア・板倉を捜してほしいという。コナンが追い続けている黒の組織のメンバー・テキーラと似た風貌の男を見かけたと聞き、この事件に関係しているのではないかと考える。コナンたちは3人の依頼人とともに板倉が潜伏していた部屋を訪れるが・・・。
コナンの指摘で事件は心臓発作に見せかけた殺人事件と断定された。板倉の持ち物のMOディスクに直接関係のありそうな書き込みはなかった。だがコナンには、黒の組織の手がかりがつかめるかもしれない貴重な資料だ。眠りの小五郎の推理ショーを始めたコナンは、パソコンの操作を説明するふりをしてMOのコピーを作成する。
板倉の死の真相を解明し、殺人事件を解決したコナンだったが、板倉が黒の組織と関わっていたと思われる以上、そちらの追求をしなければならない。ポケットには、板倉の日記が記されたMOのコピーが入っている。一刻も早くMOの中身を見たいと意気込むコナンは、阿笠博士の家に行き、パソコンでMOを開く。
変声器で板倉の声を再現しウォッカと交渉した結果、賢橋駅のコインロッカー前で板倉のソフトの受け渡しをすることになったコナン。今のところ、ニュースは宝石強盗犯逃亡の情報だけしか扱っていない。東京に戻る途中、阿笠博士の車のタイヤがパンクし、コナンと阿笠博士は通りかかった車に乗せてもらうことになるが・・・。
黒の組織のメンバー・ウォッカとの取引場所である賢橋駅に近づいたコナンは、車に乗せてくれたカップルが宝石強盗犯だということを暴いた。宝石強盗犯の処理を阿笠博士に任せ、コナンは一人で取引現場へと向かう。ウォッカが指定したコインロッカーに先回りし物陰で見守るコナン。そこへ拳銃を手にしたジンが現れた。
コナンたち少年探偵団は歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが買い物へ出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。警察は犯人はベランダから侵入したと断定するが、コナンはファックスの送信時刻からあることに気づき・・・。
コナンたちは歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。コナンは歩美の「階段・・・」という言葉でついに事件の謎を解き明かすが、階段の踊り場で夕陽を見る歩美はなぜか落ち着きがない。
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