ダークナイトモンに追い詰められるも、廃墟の工場に逃れるタイキたち。だが、そこにダークナイトモンがネネを牢獄に閉じ込めたという情報が届く。人質を取ってネネを脅すダークナイトモンは、暗黒の力を集めてダークネスローダーを復活させようと企んでいた。タイキたちはネネを助けに行くが、意外な人物が立ちはだかる。
次のゾーンへの移動中、クロスハートのメンバーは、通りかかる者全てを喰ってしまうというデジモン・アルカディモンに捕まってしまう。リリスモンの企みで、空間の狭間をさまようことになったタイキだったが、デジタルワールドの解明を目指す研究者・ワイズモンに拾われる。その頃、バグラ軍本部では…。
モニタモンの故郷・シノビゾーンにやってきたタイキたち。しかし、シノビゾーンもまたムシャモン配下のバグラ軍に襲われ、城と姫を奪われていた。姫を返して欲しければコードクラウンを差し出せというムシャモン。タイキたちはコードクラウンを手に入れるため、コードクラウンを持つカラテンモンの社を目指す。
コードクラウンを手に入れたタイキたち。だが、ムシャモンの部下・シュリモンが、モニタモンの里への攻撃を計画していることを知る。タイキたちは里に残り、姫の救出には、ゼンジロウとドルルモン、そして里の落ちこぼれモニタモンズが向かうことに。里を襲ってくるシュリモンたちは、クロスハートのメンバーが迎え撃つ!
プリズムゾーンにやってきたタイキたち。そこではキリハとブラストモンが、コードクラウンを巡って熾烈な争いを繰り広げていた。キリハを助けようとするタイキに、彼は邪魔をするなと断る。すると、大地が陥没し、ゾーンの最下層にブラストモンやシャウトモンたちが落下してしまう。仲間を助けようと言うタイキだが…。
崩れゆく大地。クロスハートはタイキの機転で、プリズムゾーンの住人を連れてシノビゾーンへ。皆が安堵する中、力不足を自覚するシャウトモンは、バリスタモンとともにデジクロスの中心にふさわしくパワーアップするための特訓を始める。一方、自らの破片で分身をつくり、心を乗り移らせる能力を持つブラストモンは…。
タイキたちがスパーダモンに連れられて来た先は、お菓子だらけのスイーツゾーンだった。そこではバグラ軍の超甘党・マタドゥルモンがコードクラウンを奪い、パティシエたちを城に閉じ込めて自分の好きなお菓子だけを作らせていた。パティシエたちを助けるため、タイキたちはアカリを無理やりパティシエに仕立てる。
町の地下へと滑り落ちてきたタイキたちは、襲ってくるレアモンたちから逃れ、捕えられた町のデジモンやキュートモンの両親を探す。ようやく見つけた町のデジモンたちは、データを吸い取られていた。そのデータは、究極の破壊デジモン・ブレイクドラモンを作り出すために使われているらしい。それを知ったタイキは…。
ソードゾーンにやってきたタイキたちを、グレイドモン率いるバグラ軍剣士団が襲う。敵を倒し、ゾーンのコードクラウンを手にするタイキ。すると、なぜか瀕死のグレイドモンは黄金の善グレイドモンに再生して消え去る。そこへ現れたキリハが、タイキが手に入れたのは、デジタルワールド最後のコードクラウンだと告げる。
東京に戻ったタイキたちとシャウトモン。デジタルワールドで沢山の冒険をしたはずだが、戻ったのはデジタルワールドに旅立ったのと同じ日だった。シャウトモンの姿が目に見えない家族たちは、デジタルワールドのことも理解できない。そんな中、タイキにクロスローダーを渡した主であるオメガモンの言葉が聞こえてくる。
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