ラフレシアがアルカディア号の捜索に血眼になっている中、海賊島ではアルカディア号の補修が急ピッチで進められていた。その最中、ハーロックはアルカディア号の誕生秘話を正に告白する。
マゾーンは、まゆを囮にハーロックを風の惑星におびき寄せ、アルカディア号共々強力な地雷で吹き飛ばそうと画策していた。その頃、次の目的地を特定できずにいたアルカディア号に、マゾーンが地球に先遣部隊を送ったとの報告が入る。
マゾーンの存在を知って以来、切田長官は諦めず首相にその危機を伝えていた。しかし相変わらず首相はそれを疎ましがるばかりか、クーデターを起こしかねない危険人物だと思い始める。
人工引力装置に捕まってピンチのアルカディア号。それでも危機を切り抜け、マゾーン基地でついにまゆを保護する。しかし彼女は捕虜になっていた間のトラウマで、オカリナを吹き続けなければ恐怖感で押しつぶされるという精神的な障害を負っていた。
まゆの奪回に成功し、あとは女王ラフレシアとの決戦を残すのみ。そんな艦にまゆを乗せてはおけないと、彼女を地球に置いていくことを決断する。その頃、しきりに首相にマゾーンの脅威を訴えていた切田長官が、首相秘書の波野静香の策略で反逆罪に問われていた。
アルカディア号に保護された波野静香は、その美しさで瞬く間に艦内のアイドル的存在となる。しかし彼女は女王ラフレシアが送り込んだスパイだった。
ハーロックたちに既に正体がバレているとラフレシアから聞かされた静香は、任務失敗の責任を取らされ見捨てられた。一度は彼女をアルカディア号から追放したハーロックだが、彼女が制裁の名のもとに味方からも攻撃される姿を見て情けをかける。
地球のマゾーン遊撃隊がついに攻撃を開始した。抗う術も気力もなく、瞬く間に制空権を奪われる人類。電磁嵐を利用することで先行するマゾーン本体を追い越したアルカディア号は、まゆを安全な場所へと避難させるべくスクールへと急いだ。
まゆを救うために負傷した切田は、艦内で手当てをうけたまま共に宇宙へと飛び立った。そして迫る最終決戦を前に、自らの心境をハーロックに告白する。
小競り合いを繰り返し、いよいよ始まる本体との戦い。しかしマゾーン軍は病院船に偽装して艦内への侵入を企てるなど、卑怯な手段もいとわず死に物狂いで潰しにかかってくる。
無数の砲火を潜り抜け、ついにアルカディア号は女王艦に突入した。ヤッタラン副長ひとりを艦内に残し、女王艦内へと総攻撃をかけるクルーたち。その最中、ハーロックは自ら戦闘衣装に身を包んだ女王ラフレシアと対峙した。
マゾーンの侵略を阻止して地球に凱旋したハーロックたちだったが、彼らを待っていたのは地球追放命令だった。正たち若者のために海賊の解散を考えていたハーロックは、クルーだけでも恩赦を与えて欲しいと首相に頼むが、それすら拒絶されてしまう。そんな時、地球に眠っていたマゾーンが一斉に蜂起した。
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