金星へと順調に航行を続けるアルカディア号。その途中、ハーロックたちはマゾーンの遭難船を発見し、艦内からパイロットのローラを捕虜として救出した。しかしこれまでの兵士が自爆していたのに対し、ローラはただ不気味な笑顔を見せるのみだった…
ローラに艦のことを教えてしまったことで正は自責の念に駈られていた。そして次こそは絶対に撃ち損じないぞと訓練に励む。一方、金星の大地を調査していたアルカディア号は、化石大陸でナスカの地上絵を思わせる幾何学模様を発見した。
サルガッソ海から放たれた3番目の信号を調査するべく、アルカディア号は地球に引き返した。そこで待ち受けていたマゾーンの刺客・魔女アマンは、1945年当時の旧日本軍艦隊を使って攻撃を開始する。
まゆが切田長官に連れ出された。必死になって行方を探すハーロックに、切田長官からのメッセージが届く。「エジプトのカイロまで来い」「セスナ機に乗れ」「アルカディア号を死霊の谷に着陸させろ」…。
まるで滑走路のようなオーロラを発見したアルカディア号は北極に来ていた。上陸班のうち、ハーロックとミーメは人影を発見。そこでハーロックを殺すために10年も待ち続けたというマゾーンの戦士・オーロラと遭遇する。
オペレーターの有紀螢は両親の墓参りに訪れていた。そこへ父の元弟子・一也がやって来る。かつて螢の父親は、機械に囲まれることのない、地球とまったく同じ環境のスペースコロニーを作ろうとしていたのだが…
宇宙空間でメッセージボトルを回収したアルカディア号は、SOSを発したブレーブス号の艦長・山中を助けるために馬の首星雲へと進路を取った。山中は機関長・魔地のかつての上司でハーロックも一目置く戦士だった。
艦内に突如出現したマゾーンたち。最初はただの映像だと油断していたが、次に現れたのが実体だと知って戦闘状態に入る。その最中、機関長は敵のひとりが、かつて夫人を失った際にマゾーンに連れ去られた娘・ミドリであることに気付く。しかし彼女を取り戻すことだけを願ってアルカディア号に乗り込んだ機関長に、ミドリことマゾーンの指揮官パトラスは冷徹に言い放つ。「マゾーンは父を必要としない」と。その一言で過去への想いを断ち切られた魔地は、パトラスが逃げていった戦艦への止めを自らの手で刺すのだった。
アルカディア号にいるはずの42人目のクルー。マゾーンはその正体を探ろうと、馬の首星雲に到着した一同の心を読み取ろうとした。しかし結局正体は判明せず、次の手段を講じることとなる。
ミーメの惑星は、かつて核戦争で滅亡したジュラという惑星だった。しかし久しぶりに故郷に立ち寄ったミーメとアルカディア号は、またもやマゾーンの罠にかかってしまう。
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