小五郎とコナン、蘭は、工務店社長・河井に招待され、河井の知り合いの金融業者・山崎と共に屋形船に乗りこんだ。米花湾の中程で、コナンたちは対岸の夜景と花火を楽しみながら料理をごちそうになり、河井と山崎は舳先で釣りをしていた。その時、河井たちにビールを届けに行った船長の娘・サヨリの悲鳴が聞こえる。
蘭の母で弁護士の英理は、検察のマドンナ・九条玲子検事の担当する事件の被告の当番弁護士を引き受けた。事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見され、事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供したが・・・。
蘭の母・英理が当番弁護士を引き受けた事件の公判が始まり、九条は井上に大津を殺害する動機があることを明かし、英理を窮地に追い込む。コナンは小五郎と共に殺害現場に行き、大津殺害の瞬間にトリックが存在したことに気づく。事件現場の社長室を調べるのに立ち合った有馬の証言から、コナンは事件の真相に思い当たる。
観光のため山口県下関市にやってきたコナンたちは、そこで、秋田谷徹、野島栄子、大坪圭介、井坂茜と知り合う。4人は自殺したもう一人の仲間、本堂和行の13回忌と、大坪と茜の婚約を祝うために集まったのだという。その夜、4人に案内された先で、本堂を自殺に追い込んだ張本人だという針尾という男が現れた。
コナンたちは針尾の殺害現場に遭遇し、小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案する。下関警察署に集められた4人は、それぞれアリバイを主張。針尾に変装して犯行時刻を偽装することが犯人の狙いだ。それが事実ならば、誰にでも針尾の殺害は可能。謎を解く突破口を見つけたコナンは、聞き込みを始める。
コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。スター選手のヒデやナオキを生で見ようと大群衆が沿道に押しかけている中、コナンたちは捜査のために変装した佐藤刑事・白鳥警部と遭遇する。本庁に妙なファックスが届き、それが以前に関わった事件と似ているのだ。
コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。だが、このパレードを妨害するというファックスが送られ、コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発。コナンは、爆発の直前に撮影していたテープの中を見て、ビデオに映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。
最近、曙町で連続している空き巣事件の犯人を捕まえようと、コナン、歩美、元太、光彦は曙町にやってきた。人通りのない住宅街で手がかりを探していると、傍らのマンションから女性の悲鳴が聞こえてきた。コナンたちが駆けつけると、部屋の主・細野早苗がソファを指さしている。そこでコナンは、老女の他殺死体を発見する。
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