暗号文の解読を強要され、弁護士・伊藤美沙里の家の屋根裏部屋に監禁されている平次と和葉。そのころ、待ち合わせていた平次たちが現れないことを心配していたコナンたちの携帯に平次から電話が入る。これからメールで送る暗号文を解いてくれと言うのだ。平次の送ってきたメールを解読したコナンは、あることに気づく。
都内では現場に赤い馬が残されている連続放火事件が発生していた。探偵の楠川からの依頼でコナン、平次、小五郎は調査で諸角邸を訪れるが、主婦の亮子に気のせいだったと追い返されてしまう。コナンたちが諸角邸を後にした直後、諸角邸から出火し、逃げ遅れた亮子の焼死死体が発見される。さらに赤い馬の人形も見つかり・・・。
都内で発生している連続放火事件で、主婦の諸角亮子が焼死した火災を調査していたコナンと平次。諸角邸を訪れた風水アドバイザーの曾我操夫、亮子の妹・権藤系子、そして亮子の夫・諸角明らそれぞれに殺害動機があることが明らかになる。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供。一件落着かと思われたが・・・。
都内で発生している連続放火事件を調査していたコナンと平次。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供するが、納得できないコナンたちは玄田宅を捜査。そして、ついに事件の確信に迫る物証を発見する。その夜、玄田宅に忍び寄る3人の影。最後の1人が電気スタンドに何かを仕掛けようとしたその瞬間・・・。
コナン、蘭、小五郎は蘭の先輩である大学生の小島由貴に、友人である沢口圭子の誕生日と留学祝いを兼ねたパーティーに誘われる。パーティーが始まり、ワインを一口飲んだ圭子は突然苦しみだし、絶命してしまう・・・。警察は圭子の隣に座っていた野中に疑いを持つが、コナンは、真犯人の正体とトリックを見破るのだった。
阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンと少年探偵団の子供たちは、アウトドア同好会に所属する福浦玲治、白藤泰美、天堂晴華、飯合拓人の4人と知り合う。その夜、コナンたちは道の真ん中に倒れた泰美を発見する。しかも、もう息はない。間もなく目暮警部たちが到着し、現場検証をした捜査陣は事故と判断するのだが・・・。
阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンたちは事件に遭遇。目暮警部は、アウトドア同好会の福浦玲治、飯合拓人、天堂晴華を事情聴取し、キャンピングカーを運転していた玲治を怪しいとにらむ。一方、キャンピングカーのサンルーフに付着した血痕と血のついたビニールシートを発見したコナンは、トリックを解明するが・・・。
コナン、蘭、小五郎は園子に誘われ軽井沢の別荘に遊びに来た。だが、増水した川に荷物ごと車を流されてしまい、山奥にある明石巌夫の家にたどり着く。そこで昼間に会ったテニスインストラクターの明石寛人と再会。ところが、その夜、寛人の義理の父親である巌夫が首を吊って死んでいるところをコナンと蘭が発見する。
余儀なく泊まることになった明石家で、コナンと蘭は首を吊って死んでいる明石巌夫を発見。群馬県警の山村刑事の捜査と小五郎の推理の結果、巌夫は自殺と推定されるが、コナンは息子の寛人に疑いを抱くようになる。そして、ついに首吊りトリックの謎を見破り、推理ショーを繰り広げようとしたコナンに思わぬ事態が起こる。
妃英理は蘭に頼まれ、小五郎の代わりに藤枝幹雄の命を狙っているという人物を突き止めるため、依頼主の家を訪れた。そこに、偶然コナンの母親・工藤有希子も現れる。帝丹高校の同級生だった2人は久々の再会を喜び合う。ところが、英理たちが監視カメラで見ている中、藤枝幹雄が密室のオーディオルームで殺されてしまう。
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