ハンの死の間際の「お前は救世主にはなれない」の言に、戸惑うケンシロウ。だが、未だ修羅の国はラオウ渡航の知らせが間違いであることに気づかず、混乱が続く。そんな中、ラオウを待ち望んでいた村人コセムは、一斉蜂起を決意。だが、ラオウは到来していないことを知った修羅たちの手で村人たちは虐殺されてしまう。そこに到着したケンシロウは、「なぜラオウ様ではなくお前が来た」と…。
ラオウ伝説が崩壊したことにより、反乱分子の鎮圧と圧政が広まる。コセムの息子ロックは、ラオウ到来を信じ、決起するつもりで村に戻ったが、父の死とラオウ伝説の崩壊を知らされ愕然とする。「自分がラオウ伝説を引き継ぐ」…そう決意したロックは、仲間の戦士たちと共に「ラオウの軍」を結成。修羅たちに敢然と戦いを挑もうとするが…。
第三の羅将になろうと、サソリの修羅ギャモンとその一味は、人質を取ってロックたちをけしかけ、ケンシロウを襲撃。ロックの瞳の奥に宿る哀しみを見抜いていたケンシロウは、あえて罠にかかることで黒幕のギャモンを引っ張り出そうとしていた。
第三の羅将ハンが殺されたとあり、第二の羅将ヒョウはケンシロウ討伐のため自ら軍を率いて出陣した。だが、事の経緯を知った北斗琉拳の老師ジュウケイは言う「ケンシロウはヒョウに勝てぬ」と。そして語られる驚くべき事実。ケンシロウはヒョウの実の弟であり、さらにヒョウには隠された秘密が…!!
ケンシロウを探し求めるヒョウを、北斗琉拳のジュウケイ老師が待ち受けていた。ケンシロウがヒョウに勝てないと信じたジュウケイは、命をかけてヒョウの記憶を蘇らせようとしたのである。一方シャチは、おのれの野望のために、リンを第一の羅将カイオウに引き渡した。だが、リンを居城に連れ込んだカイオウは、邪悪な『魔闘気』を発しながら宣言する。「新世紀の王となる」と。
ヒョウの封じられた記憶を蘇らせ、ケンシロウがカイオウに勝利できる唯一の要因である「北斗琉拳を滅ぼす『鍵』」を引き出そうとするジュウケイ。ケンシロウとヒョウが北斗の源流『北斗宗家』の人間で、ヒョウがその『秘拳』のありかを知る唯一の人物だったのだ。しかし真実を告白しても、どんな術をかけようとも強固にかけられた記憶の封印はなかなか解けない…。その頃、リン奪回のためにカイオウの居城に足を踏み入れたケンシロウは…。
カイオウに奥義『無想転生』を放つも、カイオウは少しも揺らぐことなく、ケンシロウは一方的に倒されてしまう。カイオウは『ヒョウのみが知る北斗の封印』だけが自分を倒す鍵になると発言。一方ジュウケイは、幼き日の「ケンシロウのために秘拳のありかは誰にも教えない」と頑として口を割らなかった優しく弟思いのヒョウを取り戻そうと、捨て身で破孔をつく。ジュウケイ最後の破孔。それによってヒョウは予想外の変貌をとげる。
カイオウに敗れたケンシロウは無残にも磔にされていた。その様子を陰で見守っていたシャチだったが、自ら北斗琉拳を振るってカイオウとの直接対決に挑んだ。だが彼では歯が立たない。シャチにとどめを刺そうとするカイオウ。そこに現われた赤シャチは、濃硫酸を浴びせることでカイオウの動きを封じ、ケンシロウとシャチの救出を成功させる。しかしリンだけが水流に呑まれて行方不明に…。カイオウにとどめをさそうとした赤シャチもカイオウの手にかかり、最期をとげる。
カイオウとの闘いでダメージを負ったケンシロウ。一見、シャチは赤シャチを海葬にすると、ケンシロウを回復させるために引き上げようとした。だがそれを妨げるようにカイオウが復活。一同に襲い掛かってくる!だが水路を下り始めたシャチたち前に再びカイオウが立ちふさがった!もはやここまでか!? 観念するシャチだが、その時カイオウの魔闘気が突然かき消される。心臓が停止したはずのケンシロウが立ち上がり…。
ケンシロウこそ救世主だと信じ、守り抜こうと決意したシャチは、ボロに変装しケンシロウを棺に隠して逃亡の旅を続けていた。その頃、ケンシロウの底知れぬ能力に警戒心を抱いていたカイオウは、部下にリンの捜索を指示する。その頃、地割れによって地下の水流に飲まれたリンは、カイオウの妹サヤカによって助けられていた。一方、ジュウケイを殺してしまったことで心に傷を負っていたヒョウは、サヤカに会うことでその傷を癒そうとするが…。
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