コナンと平次は容疑者の陸奥、余田、井筒の部屋を訪ね、誰が犯人かを見破る。そして小五郎の言葉をヒントにトリックの謎に気付くコナンと平次。この後、コナンと平次は高木に協力してもらい、布浦がエレベーター内で自らのこめかみを拳銃で撃ち抜く瞬間を再現。平次は皆の前でトリックを暴き、犯人を追いこんでいく…。
大滝警部は平蔵から頼まれ、家族が遺産相続で争う洋館へ向かう。コナンと平次は、小五郎、蘭、和葉と共に大滝を追う。洋館の一室に遺産相続で争う家族が集まり、蘭と和葉は自室で寝ている迫弥を呼びに行く。そして蘭たちは棺桶のフタを開けて絶叫。中には胸に杭が突き刺さり、血まみれの迫弥が横たわっていた。
依然として迫弥の行方はわからない。その時、実那、岸治、瑠莉、条平の携帯電話に迫弥から「食堂に集まれ」という一斉メールが届く。コナンと平次は迫弥の部屋を調べ、床下にある隠し通路を見つけ、心霊写真のトリックも見破る。そして、コナンと平次は古賀から意外な事実を聞き、ある人物が容疑者として浮かび上がる。
コナンと平次は岸治、瑠莉、実那、条平、古賀を集め、トリックの謎解きをする。コナンたちは迫弥を犯人の1人と考え、何時間も姿を見せない守与が共犯者と推理。その時、門番から森で人が亡くなっているという連絡が入る。森で縛り付けられ、絞殺されていたのは守与だった。この後、コナンたちは犯人の目星をつけるが…。
平次は群馬県警に連絡し、新たに殺人事件が起きたと報告。電話中、コナンは自分の膝に何かが付着している事に気付く。それは森で遺体を調べた時についた泥で、なぜか泥には塩が混ざっていた。コナンと平次は電話のやりとりから理由に気付き、犯人のトリックを見破るが…。犯人は新たなターゲットに襲い掛かって…。
能面美術館館長の命が狙われていると匿名の手紙を受け、小五郎、コナン、蘭は美術館を訪ねる。手紙の通り、モヨノ、清閑寺、誠之助は事故に見せかけて館長を殺害しようと試みるが、コナンたちが阻止する。そして赤座が毒殺される事件が発生。コナンはモヨノを犯人と疑い、共犯と知らず清閑寺にその事を話してしまい…。
古井戸付近で治三郎を殺害する次の仕掛けを確認していた誠之助は鬼女の面をつけた人物に殺害される。誠之助が井戸へ転落した拍子に仕掛けの滑車が回転し、囲炉裏の間の能人形が炭火に向かって倒れる。コナン、蘭、小五郎は炎に包まれる囲炉裏の間から逃げようとするが、出入り口は塞がれていて…。
静岡にある別荘にやってきた小五郎、コナン、蘭は別荘の持ち主のミステリー作家、海堂千賀、夫の海堂悠一、弟子の志村幸子に迎えられる。翌朝、別棟に宿泊したコナンたちは皆がいる母屋へ行き、別々の部屋で絶命した幸子、悠一、千賀を発見する。3人の死因は服毒死。使われた毒は全て異なり、それを聞いたコナンは…。
コーヒーショップで遥が持っていたプラチナチケットが盗まれ、その場に居合わせた園子と蘭が疑われる。翌日、濡れ衣を晴らした蘭と園子がコナンと共に店へ行くと、そこに遥が現れる。遥はこの店の従業員を犯人と疑っていた。コナンたちはバイトを休んだ雅子のアパートを訪ね、頭から血を流して息絶えた雅子を発見する…。
2日前、熊紋食品から、くまモンのぬいぐるみと機密データが入ったUSBメモリが盗まれる事件が発生。犯人はUSBメモリを入れたぬいぐるみと1千万円を交換すると取引場所を指定してくる。取引は中止になり、その時、ひょんな事から犯人とハーフの少年、高森ジャスティンのぬいぐるみがすり替わってしまう。
USBメモリが入ったぬいぐるみごとジャスティンを連れ去った犯人は1千万円を要求。取引場所は追って連絡するという。この後、ジェシカの夫、高森直人の会社が判明。直人は熊紋食品と同じ業界の大手、ヒゴフーズの社員だった。コナンと少年探偵団、井上はジャスティンを探し、徐々に犯人を追い込んでいくが…。
野良猫の大尉が冷蔵車のコンテナに乗り込んでしまう。コナンと光彦、元太、歩美、哀は助けようとコンテナに乗り込む。宅配業者AとBはコナンたちに気付かず車を出発させてしまう。コナンはコンテナ内に男性の遺体を発見していた。犯人はAとBの可能性が高く、コナンは外部に連絡して助けを求めようと考えるが…。
野良猫の大尉は喫茶店ポアロに餌をねだりに行くため、コナンは暗号を残したレシートを首輪に挟んでおけば、梓の目に留まると考える。大尉はコンテナの扉が開いた時に道路へと逃げていく。コナンは残った配達の荷物を調べ、阿笠博士の家に届けるケーキを見つける。コナンはこのケーキにもメッセージを仕込むが…。
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