「お前が無茶やって死ぬのは勝手だ! だが他の連中は巻き込むな!!」(輝二)闇の闘士・ダスクモンは、ビーストスピリットを失ったアルボルモンを簡単に殺してしまった。その冷酷さと強さに危険を感じた輝二は、隙を見てみんなを撤退させる。だが、輝二の慎重な行動を弱気だと感じた拓也は、打倒ダスクモンの作戦を立ててみんなを納得させようとする。しかしダスクモンと剣を交え、その底知れぬ実力を体感した輝二は、あくまでも拓也と衝突する。ダスクモンの魔の手は確実に近づいてくる…。
「仲間が待っているんだ……お前なんかに負けてたまるか!」(拓也)ダスクモンに敗北して完全に打ちのめされた拓也は、闇のトレイルモンに乗って元の世界へ逃げ帰ってきた。だがその体は、人間でもデジモンでもない半獣半人のような姿に変わり果てていた。ひとまず家へと向かった拓也は、そこでもう一人の自分の姿を見る。初めてデジタルワールドに行った日に、時間の流れが戻っていたのだ。拓也は過去の自分がデジタルワールドに行かないよう、工作を試みるのだが…。
「今までの拓也はんとは違う! わしはそんな気がしてならないんじゃ!」(ボコモン)拓也がデジタルワールドに戻ってきた。アグニモンとなって仲間を捜すうちに、いつしか今までには感じなかったデジモンとしての潜在能力に目覚めてゆく。一方、囚われの友樹、泉、純平を救おうとする輝二は、傷を負った上にメルキューレモンとラーナモンとの2対1の戦いを強いられていた。ボコモン、ネーモンと合流し、戦いの場へと駆けつけたアグニモン。しかし何故かヴォルフモンをすぐに助けようとせず、何かが訪れるのを待っていた…。
「奴らはデジモンのパワーを理解し始めた…今度は俺たちが…」(メルキューレモン)闇の大陸での冒険を再開した拓也たちは、突如奇妙な場所へと迷い込んでしまった。そこで仲間からはぐれてしまった純平に、ボルケーモンが襲いかかってくる。ボルケーモンはただ戦うだけでなく、巧みな話術で純平の心にも攻撃を仕掛けてくるが、進化した純平によって浄化される。しかし、再び純平をなじる声が聞こえてきた。現在の純平だけでなく、過去のトラウマを知るその声の主は、黒い体を持つブリッツモンだった!
「みんなもきっと戦ってる、戦ってるのは僕一人じゃない!」(チャックモン)拓也たちの閉じ込められた不思議な空間。そこは伝説の十闘士・セフィロトモンの体内だった。十闘士のスピリットに対応したフィールドに拓也たちをバラバラに閉じ込め、有利な状況で戦おうというメルキューレモンの作戦らしい。火のエリアで一人っきりで不安な友樹の前に、アシュラモンという親切なデジモンが現れる。友達になろうというアシュラモンに友樹は心を許す。だがそれは、狡猾なアシュラモンの罠だったのだ!
「身体は真っ黒になっても心は汚れない!シューツモンは美しい!」(ハニービーモン)自分がデジタルワールドで一番美しいと思っているラーナモンは、その存在をおびやかす泉を抹殺しようと、ファンクラブの会員であるハニービーモンたちに罠を仕掛けさせる。しかしハニービーモンたちは、ドジを繰り返すうちに泉と仲良くなってしまう。業を煮やしたラーナモンは、食べると恐ろしい幻覚を見てしまう“幻惑のリンゴ”を泉に食べさせる…。
「このまま…やられるわけにはいかない……俺に課せられた謎を解くまでは」(輝二)純平、泉、友樹はセフィロトモンの体内から無事に脱出。しかし入れ替わるように、ダスクモンが輝二を追ってセフィロトモンの中に入ってゆく。以前の戦いで輝二に心を乱されたダスクモンは、その原因を探ろうと輝二の記憶を覗く。その途中でまたも混乱して苦しみだすが、ケルビモンの言葉で平静を取り戻すと、圧倒的な力で輝二を追いつめてゆく。輝二の危機に、ボコモンの持つ卵が突然輝き始める!
「俺はお前を許さない!このコブシを必ずお前に叩き込む!」(アグニモン)セフィロトモンの中に一人残る拓也の前に、メルキューレモンが姿を現す。メルキューレモンは圧倒的な攻撃力に加え、スキャンしていたセラフィモンのデータを使い、その力と身体を我が物としてしまう。手も足も出ずに倒れてしまう拓也。しかし、セラフィモンの卵がふたたび輝きはじめた。拓也はその力を得て奇跡のダブルスピリットを果たし、アルダモンへと進化する!
「怖がるな!光が見えた!俺たちは勝てる!!」(アルダモン)拓也たちはメルキューレモンを浄化して仲間たちと合流。セラフィモンの卵からパタモンも生まれ、一同は大喜びだ。だが、今まで動かなかったセフィロトモンが突如として行動を開始する。セフィロトモンが拓也たちを自分の体内で戦わせた真の目的は、十闘士の技をコピーすることだったのだ。純平たちは自分たちの技を使われて大混乱に陥り、すっかり自信をなくして逃げ出してしまう。執拗に後を追うセフィロトモンの脅威に、純平たちは次第に身も心も闇に覆われてゆく…。
「痛いほどの哀しみ、行き場のない怒り。そう、お前の心は暗闇そのもの…」(ケルビモン)ベオウフルモンとダスクモンはお互いの存在に疑問を抱きながらも、一進一退の戦いを繰り広げながら移動していた。拓也たちはパタモンの不思議な力に導かれて後を追うが、ケルビモンの妨害によって行く手を阻まれてしまう。ケルビモンはダスクモンの心を乱す原因であるベオウルフモンを抹殺するべく、封印されていた闇のビーストスピリットを開放してしまう。そうしてついに、闇のビースト進化を遂げたベルグモンが姿を現した!
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