「大砲の設計図がなくなっても、もっと大きな力を得たではありませんか」(赤影)戦乱による難民を受け入れるかどうかで、会合衆の意見が真っ二つに分かれていた。その会合衆の中心人物・橘屋が手に入れた南蛮大砲の設計図を狙い、幻妖斎の手下である阿修羅三兄弟が暗躍を開始する。蔵の襲撃に失敗した三兄弟は直接橘屋を襲うが、駆けつけたやまぶきによって阻まれてしまう。そこで三兄弟は事件を難民のせいにして栄の町を混乱させ、ふたたび蔵に襲撃をかける!
「天下分け目の大いくさになっちまうぞ」(富蔵)明世寺の境内に松千代という男の子が紛れ込んでいた。その立ち振る舞いを見るに、どうもただ者ではないらしい。実はこの松千代、信長に追放された足利将軍家の血を引いていて、旧幕府の威光を利用しようと幻妖斎が行方を探していたのだ。松千代は幻妖斎の手下の岩鉄によって発見され、金目教大本山へと連れて行かれてしまう。幻妖斎にうやうやしく持ち上げられる松千代だったが、金目教の実態に疑問を感じ、単身大本山からの脱出を試みる!
「抜け忍として一生逃げ回るつもりか」(白影)金目教が栄の町に対し、大がかりな襲撃計画を企んでいるらしい。決行は明日。それを知った赤影は先手を打って計画を阻止するため、抜け忍となったやまぶきを説得して道案内を頼み、金目教の大本山へ向かう。一方、栄の町を守護する高岡も赤影からの情報を聞き、独自に討伐隊を組織して大本山へと向かっていた。しかしその行く手に、大自然の罠と強力な忍者軍団が立ちはだかる。先にたどり着いた赤影たちにも、恐ろしい大ワシが襲いかかる!
「幻妖斎の思惑など私にはどうでもいい、私は私の意志で赤影を倒す」(霞丸)敵の本拠地に乗り込んだ赤影たちに、多彩な技を駆使する忍者軍団が戦いを挑んでくる。中でも一番の強敵は霞丸。彼は力の限りを尽くして赤影と斬り合うが、一対一の決闘に敗れると潔く自分の負けを認めて去ってゆく。そして赤影が金目教大本堂にたどり着くと、唸るような地鳴りが響き始める。驚くべきことに、金目大魔像が動き出して立ち上がろうとしている!乗り込んでいるのは幻妖斎。いよいよ最後の戦いが始まったのだ!
「よかろう、相手になってやる。幻魔三人衆の一人、この魔童子がな!」(魔童子)金目教との戦いも終わり、青影は久しぶりに飛騨の山奥へと戻った。懐かしい故郷での生活も束の間、青影は影一族の頭領から、ある事件を調べるよう指令を受ける。近ごろ平家の末裔である平賀一族の村が、次々と何者かによって襲われているというのだ。青影はまだ襲われていない村へと向かうが、ふとした油断から、おてんば娘の繭姫に捕まってしまう。そこに一連の襲撃事件の犯人が姿を現す。鉄仮面の男・魔童子だ。彼の目的は平賀一族に伝わる紅秘帳にあった…。
「繭子じゃ!お主、彼女はおるのか?」(繭姫)紅秘帳には平清盛の隠し財宝のありかが記されているという。激しい争奪戦の末、半分は赤影の手に、残りの半分は魔童子から幻妖斎の手へと渡った。繭姫は奪われた紅秘帳を取り返すため、青影たちと行動を共にしようと決意する。里を出て明世寺で暮らすのだ。一方の幻妖斎は、幻魔三人衆の一人・闇天竺に残りの紅秘帳を手に入れるよう命じる。山暮らしの長い繭姫にとって栄の町は珍しい物だらけ。見物に熱中する姫に、闇天竺の魔の手が迫る!
「この娘がいるかぎり奴らはここへ来る。本物の紅秘帳をたずさえてな…」(闇天竺)平四郎は繭姫の身を案じ、平賀の里を飛び出した。だが、幻魔三人衆の一人・夜叉王によって捕らえられてしまう。闇天竺は平四郎に奇怪な催眠術をかけて操り、明世寺へと向かわせて繭姫の誘拐に成功する。まんまと姫の身柄と紅秘帳を手にした夜叉王たちだったが、紅秘帳は赤影のすり変えた偽物。赤影は本物の紅秘帳と繭姫を交換するため、夜叉王に指定された場所へと向かった。その途中、闇天竺の催眠術が伝染してしまった仲間たちに取り囲まれ…。
「悪が正義になることなどありえん。いや、あってはならぬ!」(赤影)ついに紅秘帳が幻妖斎の手に渡ってしまった。だが青影はあきらめようとせず、勇吉の拾ってきた犬の源太を使って幻妖斎の後を追う。彼の行く手に夜叉王が立ちはだかる。駆けつけた赤影が夜叉王と戦いを始めた時、魔童子が現れて仲裁に入る。幻妖斎に命じられ、話し合いのために赤影を幻魔城へと招待するために来たというのだ。罠だと知りつつ誘いを受ける赤影。紅秘帳の謎を解いて余裕たっぷりの幻妖斎は、抵抗をやめて仲間になれと赤影を誘惑するが…。
「妖刀龍幻を抜いた今、私が求めるのは貴様の血のみ!」(霞丸)繭姫と赤影たちは平家の財宝が眠る場所の手がかりをつかむため、平賀の里へと戻ってきた。長老は心当たりの場所である剣山のことを教えるが、潜り込んでいた幻妖斎の手の者によってあえなく殺されてしまう。幻妖斎の目的は平家の財宝を軍資金として、織田信長に戦いを挑むこと。そのためにも、邪魔となる赤影は抹殺する以外にない。彼は再び霞丸を仲間として加え、妖刀“龍幻”を手渡す。人の血を吸う呪われた刃が、赤影の身に迫る!
「お前たちも赤影の後をおって冥土へ行くがよい」(夜叉王)赤影は霞丸との勝負に敗れ、奈落の底へと突き落とされてしまった。白影は哀しむ青影と繭姫に忍者の厳しさと使命の重さを説き、夜叉王の後を追って剣山へと向かうことを決める。一方の夜叉王は、目的地である龍神の滝へと到着したものの、侵入者用の罠にかかったせいで遅々として進めないでいた。彼の後からやって来た繭姫たちが清盛の財宝を発見。喜ぶ繭姫たちだが、罠を抜けた夜叉王によって捕らえられてしまう。
「幻妖斎を倒し、千姫様を救い出せる人物が一人だけおり申す」(宗厳)完成した雷神砲の一撃で、安土城下の町は壊滅的な打撃を受けてしまう。幻妖斎は信長に安土城の引渡しを要求、そのうえ信長の愛娘である千姫を人質として連れ去ってしまう。この危機を救うため、柳生宗厳は赤影を呼び寄せる。赤影が信長から託された使命は、幻妖斎を倒して千姫を救い出すこと。幻魔城に向かう赤影。勇吉たちの行方を探す青影。その頃、城の奥深くに捕らわれた千姫は、霞丸との数奇な再会を果たしていた…。
「かつて私を誰よりも愛してくれた女子がいた…」(霞丸)幻魔城の周囲には新型鉄砲の弾幕が張り巡らされている。何とか突破した赤影たちは城内に侵入するため湖に潜るが、湖底には怪獣・岩龍が待ちうけていた。岩龍は幻魔城へ侵入しようとする者を容赦なく襲う強敵。苦戦の末に何とか岩龍を倒し、赤影たちは幻魔城に忍び込む。訳もわからず潜り込んで下忍に負われていた勇吉たちを救い出した時、魔童子が今までの決着をつけようと勝負を挑んでくる!
「この赤い仮面にかけて、幻妖斎は私が斬る!」(赤影)太陽が昇り、運命の日が訪れた。安土城を空け渡す約束の刻限までは残りわずか。幻妖斎は己の勝利を確信してほくそ笑む。その頃、赤影は何とか魔童子を倒したものの、受けた傷に苦しんでいた。そんな赤影の前に霞丸が現れるが、千姫とのふれあいによって過ちに気付かされていた彼は手を出そうとしなかった。幻妖斎はそれを裏切りとみなし、霞丸を抹殺すべく動き出す。お菊を人質に取られて苦戦していた青影と白影の前には、謎の忍者が助けに現れ…。
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