ネズミ男が新しい商売を始めた。妖怪ほうこうの作る漬け物を販売して金もうけをしようというのだ。ほうこうによると、漬け物をさらに美味しくするためには鬼太郎から絞り出した妖怪エキスが必要らしい。ネズミ男に誘い出されて漬け物屋に来た鬼太郎は、ほうこうに襲われて漬け物にされてしまう。助けに来た子泣き爺も漬け物石にされてしまった。目玉おやじに応援を求められた砂かけ婆は、ほうこうを壺に閉じ込めるが…。
ネズミ男は商売で旅をしている途中、妖怪・がんぎ小僧と出会った。ネズミ男を尊敬しているがんぎ小僧は、もてなそうと河童村に招待する。しかし村に入った途端、河童たちに襲われてしまった。一目入道という乱暴な妖怪に村が狙われていて、警戒している最中だったのだ。仁義に厚いがんぎ小僧は、村のために一目入道を退治しようと申し出る。ネズミ男は鬼太郎に救援の手紙を送るが、一目入道は先手を打って鬼太郎に襲いかかる。
シンヤ少年の祖父が亡くなり、葬式が行われた。その晩、亡くなった祖父がシンヤの枕元に現れ、先祖伝来の草履を墓に供えるように頼む。シンヤは言いつけに従おうと古草履をしまってある土蔵へ急ぐ。ところが骨董品は全てネズミ男が回収して売り払った後だった。金にならないガラクタはゴミ捨て場に廃棄してしまったらしい。そのガラクタの中に含まれていた古草履が化けぞうりになって、人間への復讐を始める。
西洋悪魔ベリアル。彼は140年前、黒船とともに日本へやってきた時に、カラス天狗によって妖力を封印されていた。ネズミ男が、そのカラス天狗から盗んだ地図を宝の地図と勘違いして、ベリアルの力を封印した宝玉を割ってしまった。魔力を取り戻したベリアルは、カラス天狗への復讐と日本征服の野望のために行動を開始する。手始めにカラス天狗を魔法陣に閉じ込めると、巨大な竜巻に姿を変えて砂かけ婆の妖怪アパートに襲いかかる!
実の母親が亡くなったというのに、仕事が忙しいからといって通夜にも参加しない3兄弟がいた。彼らが何者かによって次々とさらわれる事件が発生。火車という妖怪が、親不孝な兄弟を母親の魂と一緒に餅にして食べようとしていたのだ。火車は自分の腹の中で、兄弟に母親の恨みの声を聞かせようとしていた。鬼太郎はその母親の孫娘・法子の頼みで、火車の居所を探していた。火車が餅をつこうとしたその時、鬼太郎が阻止しようと現れる。
閻魔大王庁が厳重に保管していた地獄絵図が一般に公開されてしまった。公開には鬼太郎が協力したとのこと。さっそく逮捕状が出て、鬼太郎は天狗ポリスたちに妖怪裁判所へ連行されてしまう。そして大天狗裁判長による裁判が始まった。鬼太郎側の証人は誰ひとりとして法廷に現れず、今まで鬼太郎が退治してきた妖怪たちが検察側の証人として続々とやって来る。もちろん不利な証言ばかりで、鬼太郎は瞬く間に有罪判決を受けてしまう。
目玉おやじを天狗ポリスに人質として預けたまま、鬼太郎は自らの無実を晴らすために真犯人捜しを開始した。ネコ娘や砂かけ婆の助けを得た鬼太郎は、一連の犯罪が百々爺の依頼を受けたネズミ男の仕業だと突き止める。そのネズミ男は百々爺に報酬を求めるが、逆に殺されそうになってしまう。実は事件の背後には、さらに強力な妖怪の存在があった。愛する息子の代わりに処刑台に立った目玉おやじ。刻一刻と死刑執行の時が迫る!
子猫を助けようと道路に飛び出したネコ娘。自動車を運転していた里子はそれを避けようとして事故を起こし、怪我をして入院することになった。ネコ娘は一日も欠かさずにお見舞いへ行き、いつしか里子と大の仲良しになる。里子にはマリという不良少女の娘がいた。ネコ娘に説得されても、マリは決して母親の見舞いには行こうとしない。そのマリは、重い心臓病を患っていた。ネコ娘は母娘を助けるため、決死の覚悟でえんま大王のもとへ赴く。
祐子のクラスに涼子という少女が転入してきた。涼子は北国で生活していた頃、水の精・赤舌と友達になっていた。ある日、涼子が銀行強盗事件に巻き込まれて人質になってしまう。眠りについていた赤舌が友達の危機を察知して目覚め、街を破壊しながら東京を目指して移動を開始。鬼太郎が懸命に止めようとするが、怒りの収まらない赤舌は、驚いてビルから転落しそうになった涼子を呑み込んで地面の下へと姿を消してしまう。
クリスマスの都内で連続放火事件が多発していた。鬼太郎は妖怪の仕業だと感じて調査を開始する。その頃、街頭でクリスマスキャンドルを売っていたネズミ男の前に和服の美女が出現していた。謎の美女はデートと引き替えに、ネズミ男からキャンドルを全て買い取ってしまう。言われるままキャンドルに火をともすネズミ男。しかし謎の美女は、すぐさま炎を吹き消し、遊園地にともる様々な明かりまで消そうとし始める。
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