ネズミ男はかわうそにだまされて、せっかく稼いだ金をかすめ取られてしまった。かわうその力を見込んだぬらりひょんは、資金調達の手伝いをさせようとする。さっそく商売に乗り出したかわうそは、鬼太郎の人気を利用したキタロンZというドリンクを作って大儲け。したたかな彼は、ぬらりひょんまで騙して金を持ち逃げし、ひとり暮らしの老人の家に身を隠す。かわうそを自分の孫だと勘違いした老人は、ヤクザに借金返済を迫られていた。
デパートがまるごと地下に消える事件が発生。建物の中に取り残されて行方不明になった人々の中には、警備員のアルバイトをしていたネズミ男も含まれていた。鬼太郎が現場に赴いたところ、建物が消えた穴が不思議な光を放っている。その光に飛び込んでみようとしても、不思議な力に阻まれてしまう。首をひねる鬼太郎に、デパートの先代の社長・三高松蔵が声をかけてくる。彼の家には、天狐の伝説を狐文字で記した古文書が残されているらしい。
日照りで貯水量が減ったダムの管理人に、土ころびの魂が取り憑いた。すると原因不明の停電事故が広がり始め、稼働中の飛行場の電源までダウンしてしまう。鬼太郎がつるべ火を使って飛行機を誘導し、何とか無事に着陸させる。しかし、停電の拡大はとどまるところを知らない。土ころびが電気を吸い取っているせいだ。鬼太郎が止めようとすると、怒り狂った土ころびは火力発電所を破壊し始めてしまう。
ヤマタノオロチを復活させるために必要な草薙の剣を、ぬらりひょんが手に入れてしまった。剣を使って鍾乳洞に隠された8か所の封印を解けば、恐ろしい大蛇神がよみがえってしまうのだ。鍾乳洞探検をしていた祐子たちが、偶然にもぬらりひょんの野望を耳にしてしまう。逃げようとする祐子たちの後を、朱の盆が追いかける。ゲジゲジから危機を報された鬼太郎は、一反木綿に乗って鍾乳洞へ。祐子たちを救い、大蛇神の復活を阻止することが出来るのか?
フリーマーケットで奇妙な鏡を手に入れたネズミ男は、鏡の中に少女が閉じ込められているのに気付いて仰天する。鬼太郎に助言を求めたところ、目玉おやじが妖怪・雲外鏡の仕業だと見抜く。少女を助けるには照魔鏡が必要だ。ところが照魔鏡が展示してあるはずの博物館に行くと、既に何者かによって盗み出された後だった。鬼太郎が引き返すと、少女の姿は消えて、代わりに鬼太郎が鏡の中に閉じ込められてしまう。少女こそ雲外鏡だったのだ!
梅雨だというのに日照りが続き、酒造りが盛んな村が苦しんでいた。旅に出ていた子泣き爺がその村を訪れるが、空腹のあまり倒れてしまい、酒蔵の家に助けられる。日照りの原因が妖怪だと聞いた子泣き爺は、退治して恩返ししようと鬼太郎を呼び寄せる。その時、ネズミ男が奇妙な雲の家に乗って現れ、“本物の酒”を山の祠に供えるよう告げる。異常気象の原因は、酒造が近代化されたせいで酒の味が変わったことに怒った、ひでり神のせいだったのだ。
海難事故が多発し、海辺の村では殉難者の魂を鎮める儀式を執り行うことになった。鬼太郎は事故は船幽霊の仕業ではないかと疑い、夜行さんの造った妖怪潜水艦に乗って遭難現場へ向かう。その頃、慰霊の最中の船が船幽霊に襲われていた。しかも、近くには海図にない島が現れていた。船幽霊が撃退されると、海の中から妖怪・海和尚が出現。鬼太郎を瞬く間に海中に引きずり込んでしまう。
鬼太郎がふいに姿を消して三日が過ぎた。彼の身を案じる目玉おやじたちの前に、ぬらりひょんが姿を現す。鬼太郎はぬらりひょんにだまされ、コンクリート詰めにされてしまったらしい。ぬらりひょんと仲間の蛇骨婆は、これで自分たちの天下がやって来ると大喜びだ。しかし、ある夜、鬼太郎のゲタが二人に襲いかかってくる。
中国の妖怪・チーが、日本を征服して自らの王国を築こうと、海を渡ってやって来た。鬼太郎はチーに立ち向かうため、日本の妖怪を集結させる。チーが城を建造中との情報を手に入れた彼は、一人で城内へ乗り込んでゆく。しかし、チーの不思議な術の前に大苦戦。ネコ娘たちもねずみ男の裏切りに遭い、罠にかかってしまう。
鬼太郎がチーの妖術で反物にされてしまった。日本妖怪軍も中国妖怪軍団の前に壊滅状態だ。目玉おやじたちはチーの城に忍び込み、反物に変えられた鬼太郎を救い出す。彼を元の姿に戻す方法は、古井戸の底に棲む井戸仙人に聞くより他ない。千年前に日本に渡って来た井戸仙人も、チーと同じ中国妖怪だった。
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