ネズミ男が怪しい白粉を売り歩いていた。その白粉を使った人間の顔が消え失せてしまったことから、鬼太郎はのっぺらぼうを怪しむ。しかし、品物の出所はのっぺらぼうではなかった。砂かけ婆たちの顔まで奪われたことから、のっぺらぼうは責任を感じて犯人捜しに協力。ようやく取り押さえたネズミ男の話から、妖怪・白粉婆が黒幕であると判明する。鬼太郎は自分自身の顔を利用して、白粉婆の居所を突き止める作戦を立てる。
田舎の祖父の家に遊びにきた直也は、田んぼで出会った泥田坊の子供と仲良くなった。しかし、開発によって住み処である田んぼを削り取られ、泥田坊の親は怒っていた。彼はついに堪忍袋の緒を切って、人間たちを襲い始める。鬼太郎が説得しようとしても聞き入れようとせず、人間たちが消防車の放水で溶かそうとすると、水を含んでますます巨大化してゆく。直也は泥田坊の子供と二人で、何とか乱暴を止めさせようと試みる。
風吹峠でドライバーの行方不明事件が多発。父が行方不明になった晴夫が鬼太郎に助けを求めた。交番の警官に事情を聞いた鬼太郎は、峠を通る道路ができてから事件が起きるようになったことを知る。鬼太郎たちが他のドライバーと同じように自動車で風吹峠へ向かうと、いきなり突風が襲ってきた。雨ふり天狗が風を起こし、峠を通る自動車を吹き飛ばしていたのだ。鬼太郎はリモコン下駄を飛ばして雨ふり天狗を撃退するが…。
お腹を空かせたネズミ男は、行き倒れていたところを小百合という親切な女性に救われた。荒れ果てた寺をひとりきりで守っているという小百合は、寺の跡取りになってほしいとネズミ男にプロポーズする。大喜びで受け入れ、幸せな新婚生活を満喫するネズミ男。鬼太郎たちも結婚祝いのために駆けつけるが、ネズミ男は近くにある村の住民から信じがたい事実を知らされる。小百合はずっと昔にこの世を去った、死者だというのだ…。
自動車事故が頻発するある町では、対策を立てても効果がなく困り果てていた。妖怪の仕業だと直感したネズミ男は、一儲けを企んで市長に取り入る。ところが彼も事故に遭ってしまった。妖怪・おぼろ車の仕業だ。報せを聞いて町へやってきた鬼太郎は、暴走するおぼろ車の後を追うが、山中で見失ってしまう。その頃、取り壊しが決まっている民族博物館では、展示物の牛車が何故か泥だらけになっているのが発見されていた。
ネズミ男が自分の誕生日祝いに、鬼太郎とネコ娘を軽石沢の高級別荘地へ招待した。久しぶりの息抜きが出来ると思ったのも束の間、その別荘を警察隊が取り囲む。連行された鬼太郎たちには、別荘で暮らしていた令嬢・百合香誘拐の疑いが掛けられていた。取り調べが始まるが、その最中に突然、妖怪・天邪鬼が乱入してきて鬼太郎たちを連れ去ってしまう。洞窟に放り込まれた鬼太郎は、そこで監禁されている百合香を発見。彼女を誘拐したのは天邪鬼で、いずれ食べてしまおうと思っているらしいのだ!
祐子の友達の淳は片付けが苦手。ある日彼は不思議な穴を見つけた。たまたまそこへやってきたネズミ男は、その穴が何でも吸い込んでしまうことを知り、穴を利用した粗大ゴミ引き取り商売を始めて大繁盛する。しかし淳は、穴に入ったものが一体どうなるか心配になり始めていた。彼の不安は的中し、穴から巨大な妖怪が出現して辺りのものを手当たり次第に吸い込み始める。不思議な穴は、妖怪・野づちを封印した野づち塚だったのだ。
仕事に疲れたサラリーマンが、公園の野良猫の後をつけていって行方不明になった。心配した家族がネズミ男に相談し、鬼太郎が行方を探すために乗り出すことになった。鬼太郎たちが消えた男と同様に猫の後を追ってゆくと、いつの間にか不思議な町にたどり着いていた。猫たちの住む猫町だ。町に入った途端、鬼太郎とネズミ男は猫の姿に変わってしまう。一方、鬼太郎が猫町に入ったことを知ったネコ娘は…。
海水浴場に巨大な目玉が出現し、人びとがパニックに陥った。一儲けしようと企むネズミ男がダイダラ神社から封印の鍵を盗み出し、ダイダラボッチを復活させたのだ。鼻、口、頭と、次々に現われるダイダラボッチの部品。鬼太郎はネズミ男を止めようとするが、奮闘むなしくダイダラボッチは復活してしまう。甦ったダイダラボッチは、日本の国土を食べ始める。争いごとの尽きない日本は、ダイダラボッチの好物だったのだ!
鬼太郎は古本屋の店員・花子の周りに、不思議な花のイメージを感じる。彼女の部屋を訪ねてみると、そこには南方の花が咲き乱れていた。花子と同居していた祖母は、3年前に突然姿をくらましていた。鬼太郎は妖怪新聞で日本中の妖怪から情報を集め、花子の祖母の居所を探すことにした。手がかりはとある古美術商に残っていた。花子の祖母が大切にしていた文箱が売り物に出ていて、その中に若い頃の祖父と撮った写真が入っていたのだ。
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