ネズミ男は炭坑跡で、妖怪・傘化けに出会った。ネズミ男は仙人に変装して純朴な傘化けを騙し、人間に化けて金持ちになれば幸せになれるとそそのかす。そして、そのためには鬼太郎のチャンチャンコが必要だと嘘をついて鬼太郎を襲わせる。傘化けの攻撃に大苦戦する鬼太郎。ネズミ男は隙をついて、思惑通りにチャンチャンコをかすめ取ってしまう。そして傘化けを死んだ金持ちの男に変身させて、生前に暮らしていた屋敷に送り込む。
積乱雲を使った化学実験の最中、ヘリコプターが墜落。乗っていた科学者たちが行方不明になった。日本各地では落雷による事故が続発し、被害者たちは全て科学者たちと同じように消えている。調査に乗り出した鬼太郎は、事件の背後に電気妖怪・かみなりがいることを突き止める。かみなりの操る巨大積乱雲を追う鬼太郎は、空中に浮かぶ巨大な岩を発見し、そこに行方不明になった人々が囚われていることを知る。
売れない歌手の憂歌団に、ネズミ男がさら小僧の歌「ぺったらぺたらこ」を聞かせた。ネズミ男は彼らに楽譜を渡し、「ぺったらぺたらこ」を唄うよう勧める。もちろん目的は、歌をヒットさせて大儲けすることだ。絶対に4番は唄わないよう念を押すネズミ男。「ぺったらぺたらこ」はもくろみ通り大ヒットする。しかし、自分の歌が勝手に唄われていることを知ったさら小僧が、怒って憂歌団を誘拐してしまう。
山奥に住む人間が少なくなって孤立したあずきとぎは、妖怪ポストに助けを求めた。ネズミ男が、あずきとぎを小豆をとぐ職人として和菓子屋に紹介。妖怪が働いているということで和菓子屋は大繁盛する。そこへ、評判を聞きつけた妖怪・あずきはかりがやって来る。コンビを組んだ妖怪職人のおかげで店は大繁盛し、ついにはテレビ局が取材に来るほどに。しかし観光客が増えすぎたせいで、妖怪コンビは店の人間とケンカを始めてしまい…。
鬼太郎たちがラーメン屋で食事をしていると、指名手配中の地上げ屋・大黒と手下が押し入ってきた。大黒は気にせず帰ろうとした鬼太郎を拳銃で撃つ。店から脱出して逃げ出すが、突然目の前に大きなダイヤが現れて吸い込まれてしまった。大黒はダイヤの中の世界で土地を転がして大儲け。しかし、そこは鬼太郎が用意した地獄だった。鬼太郎は大黒たちに、悪心を捨てれば外の世界に出してやると最後のチャンスを与える。
ネズミ男の悪事を連ねた手紙が、妖怪ポストに送られてきた。問い詰める鬼太郎だが、ネズミ男は身に覚えがないとしらを切るばかり。結局、悪事の真犯人は別にいたのだが、その男はネズミ男を見るや生き別れの弟だと手を取って泣き出してしまった。生まれてはじめて身内を持ったネズミ男は大喜びで、砂かけ婆が建てた妖怪アパートに男を住まわせる。ところがそれからというもの、アパートの住人が次々に謎の失踪を遂げてゆく。
過労で死んだ丸田は、ドライブに行くという子供との約束を果たせなかったことをあの世で後悔していた。夜行さんと出会った彼は、妖怪自動車を借りて約束を果たそうとする。夜行さんとの契約は二つ。夜明けまでに妖怪自動車を返すこと、そして鍵を絶対に抜かないことだ。もしも約束を果たせなければ、大切な息子が取り上げられてしまう。必ず契約は守ると誓った丸田だが、ドライブの最中にネズミ男と出くわしてしまう。
子供たちが行方不明になる事件が続発。金もうけのにおいを嗅ぎつけたネズミ男は子供たちの家を訪ねるが、鬼太郎たちに見つかってとっちめられてしまう。そこに子供が乗った模型飛行機が飛んできた。驚いた鬼太郎は、一反木綿に乗って後を追う。その頃、ネコ娘と砂かけ婆は配達されてきた模型飛行機を前に首をひねっていた。戯れに乗り込んでみると、何とその飛行機は空へと飛び立ってしまう。着陸したのは妖気の漂う研究所だった。
食品会社の社長・橋本は、16年前に白山坊と交わした約束を悔やんでいた。当時生まれたばかりだった茜を、16年経ったら白山坊に差し出すと誓っていたのだ。白山坊は約束通り茜をさらいに来るが、茜が髪飾りに守られているため手出しができない。そこで弟子のコン太に髪飾りを奪うように命令する。コン太は白山坊が茜を食べようとしていることを知って、止めさせようと決意する。だが、白山坊は代わりにコン太を食べようと牙を剥き…。
妖怪好きだが運動が苦手な正光は、小学校の運動会が雨で中止になるよう雨降り小僧に頼んでしまった。その帰り道の墓場で正光は、妖怪運動会の練習を目撃する。翌日、正光は妖怪の存在を信じない友達を誘って、妖怪運動会を見物に行く。会場では鬼太郎をはじめとした妖怪たちが集まり、年に一度の大行事を楽しんでいた。ところがその時、雨降り小僧が雨を降らせ始めてしまう。そして、雨を降らせた代償に正光の魂を奪おうとする。
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