「リョウ、剣は己だ。己の力で、己の道を突き進め」(流竜作)居合い抜きの達人・流竜作の最後の模範試合が、東京で行われることになった。敬愛する父の最後の剣を見届けようと、会場に出向いたリョウ。彼の眼前で、父は飛び入り参加した大剣流を名乗る男に敗れてしまう。相手の動きを封じる特殊電波を放つ男の正体を、リョウは百鬼一族の大剣鬼と見抜いて追跡する。
「マリアにこれから、光る球を見せないようにしてね」(マリアの母)海洋開発計画基地と潜水艦が、攻撃を受けて爆発した。百鬼帝国の仕業らしいが、攻撃方法が全くわからない。その頃、元気は静養に来ている少女・マリアと知り合っていた。彼女はどういうわけか、青いビー玉が光るのを見て急に怖がりだす。早乙女博士のアドバイスを受け、元気はマリアに恐怖を克服させようとするが…。
「クレイジー・ビームは、どんな鋼鉄でも防ぐことはできませんぞ」(グラー博士)青い光線を浴びた人々が、突然常軌を逸した行動を取り始める事件が続発した。メカ恐角鬼がクレイジー・ビームの実験を行っているのだ。早乙女博士はゲッターチームの出動を禁止し、東京へ調査に向かう。しかしリョウはメカ恐角鬼の本格的無差別攻撃に激怒し、禁を破って出動。ベンケイとハヤトも後に続く。
「スポーツマンの友情を汚しやがって。あいつらはこの俺が叩きのめしてやる!」(ベンケイ)浅間学園の野球部に、清水一角と名乗る学生が一人で挑戦してきた。他の部員が倒された後に1対1の勝負をしたベンケイは、強さに惚れ込んで意気投合、早乙女研究所に連れてくる。だが、一角の正体は角面鬼三兄弟の長男だった。二男の盗んだゲッターロボの内部構造情報を参考に、正体を現して攻撃を仕掛けてくる。
「地の果てまでも追い求めて、かならず息子の仇は討ってやる!」(牛剣鬼)新造戦艦シーフォース号の進水式に、百鬼帝国の爆撃機部隊が奇襲攻撃をかけてきた。初陣の牛餓鬼はヒドラー元帥とのコンビ攻撃に成功、シーフォース号のバリヤーを破る。さらに、ゲッタードラゴンに単独で攻撃をかける牛餓鬼。無鉄砲な若いパイロットを脅かすだけのリョウだったが、シーフォース号が撃墜してしまう。
「お嬢ちゃんの小犬を殺したのも、わしにケガをさせたのも、つまりはあの車弁慶というやつじゃ」(ワラビ採りの老人)早乙女研究所をメカ電光鬼が急襲。出撃したゲッターポセイドンとの戦いの中、メカ電光鬼が放った流れ弾で、少女チコの愛犬が死んでしまう。悲しむチコにワラビ採りの老人が声をかけ、子ウサギを抱かせて一緒にベンケイに文句を言いに行くことに。だがその老人こそ電光鬼で、チコに持たせた子ウサギは爆弾ロボットだった!
「ヒドラー元帥、六機を急いで集結させよ。百鬼帝国の命運をかけて、一大決戦を行う!」(ブライ大帝)世界の六大都市が、突如百鬼ロボットに襲われた。街を破壊した後、六機のメカロボットは忽然と姿を消し行方不明となる。しかし雷雲にまぎれて伊豆大島地下に潜るメカロボットが目撃された。ブライ大帝は一大決戦を決断、残った六機の性能を確認し、合体メカロボットに改造するため、大島地下の秘密基地に集結させたのだ。
「ゲッターロボは、いま別の百鬼ロボットと戦っているんだ。こちらの百鬼ロボットは、我々で戦う!」(早乙女博士)大島島民の避難作戦は成功し、ゲッターロボはメカ雷電鬼を倒した。だが合体メカロボットは、シャイン・スパークを受ける直前に分離して逃れていた。そのことに気づかなかったリョウたちは、東京湾から上陸した合体メカロボットを見て驚愕する。分離したメカ甲角鬼を戦わせている隙に、メカ闇虫鬼は研究所を急襲する。
「まもなく東京は無人の廃墟と化すであろう。その後に我等が百鬼帝国を打ち立てるのだ」(ブライ大帝)早乙女研究所を襲ったメカ闇虫鬼に、ハヤトは単身乗りこみ内部から破壊、ヒドラー元帥とともに爆発の中に消えた。東京を占拠した百鬼帝国に対し、日本政府は徹底抗戦を決断。陸海空の国防軍が同時攻撃をかけ、合体メカロボットを三体に分離させる。そこを、ミチルが乗りこんだゲッターロボが攻撃するが…。
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