「くそぉっ、まだ負けちゃいねえぞっ!」(ベンケイ)メカ要塞鬼率いる爆撃部隊の空爆を受け、早乙女研究所は崩壊。ゲットマシンも、合体途中をメカ半月鬼に狙われて墜落してしまった。リョウとベンケイは無事だったが、ハヤトは足に大ケガを負っていた。ゲッターロボは早乙女博士の開発した新しい武器・シャインスパークを身につけてメカ要塞鬼を追うが…。
「ゲッターロボ、この海溝がきさまの墓場だ!」(獣王鬼)ベンケイの当てた香港旅行券を譲り受け、ミチルと元気はジャンボ機で飛び立った。しかし百機帝国が、二人の行く手に罠を仕掛けていた。ジャンボ機はハイジャックされて行方不明になり、捜索のため出動したゲッターチームの前にメカ獣王鬼が現れ、ゲッターポセイドンが海溝の底に生き埋めにされてしまう。
「命知らずを選んで早乙女研究所に潜入させ、弱点を探り出せい!」(ブライ大帝)アクロバットサーカスを見物に出かけた元気たちが山火事に巻き込まれ、危ういところをピエロに救われた。焼け出された観客やピエロたちを早乙女研究所に避難させ、ゲットマシンが出動して消火に向かう。ところがそのピエロたち、騒ぎにまぎれて研究所に忍び込むため変装した、命知らずの百鬼兵士たちだった!
「父ちゃんを殺したやつに、このモリを打ちこんでやるっ!」(カツヤ)哨戒中のジェット戦闘機が、無人島上空で巨大な触手に襲われて墜落した。漁師のカツヤとその父親は、瀕死のパイロットからボイスコーダーを託される。だが、二人も襲われ、父親が犠牲になってしまう。カツヤから情報を得たリョウたちは、百鬼帝国の水爆ロケットを発見。ミチルがゲットマシンを島に運ぼうとするが…。
「一日も早く液体を完成させ、早乙女研究所をつぶすのだ!」(ブライ大帝)中部山岳地帯に調査に向かった東山教授ら科学者の一団が行方不明となり、ミチルが捜索に出動した。ダム湖に漂う霧の中に入ったレディコマンドは、電撃を受けて不時着、ミチルが百鬼兵士に捕まってしまう。百鬼一族の大角鬼はミチルを人質に、東山教授たちに攻撃用の金属溶解液をあと1時間で完成させろと要求する。
「俺はこの新宿の街が大好きなんだ。この新宿で何かでっかいことをやるんだよ」(イサム)新宿で車にはねられて死んだ紳士に、角がはえて消えるという事件が起こった。百鬼帝国のアジトがあるはずだと調査に出向いたハヤトは、幼なじみのイサムと再会する。住むところもないイサムだが、夢は大きかった。ケンカが強く度胸のある彼に目をつけたヒドラー元帥は、新宿支部長の二代目としてスカウトする。
「特殊鋼はいくらあっても足りないくらいだ。生産量を今の10倍に増やせ!」(ブライ大帝)寒さで弱ったツバメを小笠原へ運んだ元気とベンケイは、漂着した亀吉少年に出会う。カヌーを漕いでいて遭難した彼は、巨大な渦が大型運搬船を呑み込むのを目撃したという。ベンケイは単身ポセイドン号で調査に向かい、海底に百鬼帝国の工場を発見。そこでは鋼頭鬼が、件の運搬船の鉄鉱石から百鬼特殊鋼を製造していた。
「いくらヤツでも、あれがこの私のせいとは、よもや思いますまい」(白蛇鬼)偵察飛行をしていたミチルは、黄色く濁った川を発見する。地上に降りてみると、川の周囲の草木は枯れ、土地は荒れ果てていた。上流を調べたミチルは廃坑を発見するが、殴られて気を失ってしまう。気がついたミチルが見たのは、鉱山が流した黄色い毒で家族を殺した人間への復讐を誓い、百鬼一族となった旧友の姿だった。
「親父にどんなに冷たくされても俺がグレなかったのは、姉さんのおかげさ」(ハヤト)ハヤトの父親は、ゲッター線を平和利用するための研究所を、極秘で富士山麓に作っていた。パリから帰国した姉アスカを喜んで迎えに行ったハヤトは、父の研究所を訪れるのには同行しなかった。仕事人間で家庭のことを省みなかった父親に反発していたのだ。だが研究所は百鬼帝国に襲われ、アスカが重傷を負ってしまう!
「研究所の機能が、ほぼ全面的にマヒしてしまった」(早乙女博士)浅間山麓に大雪が降り、喜んだ元気はベンケイとスキーに出かけた。だが、リフトとジャンプ台の新設工事で立入禁止。実は百鬼一族の鉄丸鬼が、ドライスノー作戦の準備をしていたのだ。熱湯でも溶かすことの出来ないドライスノーX−82によって、早乙女研究所は氷漬けにされ、ゲットマシンは発進不能になってしまう。
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