「正義の味方ゲッターロボ、あ、参上!ってか」(號)ラセツがNISAR基地をミサイルで破壊する作戦を立案。成功させるためには、基地を包むシールドシステムを突破しなければならない。そこでラセツは、レーザー研究の第一人者・レイナー博士を連れ去り、孫を人質にして無理やり協力させようと考えた。企みを見抜いたゲッターチームは、二人を奪回しようと試みるが…。
「結果を急ぐなと言いたい。君ひとりの犠牲で世界が救われても、悲劇は悲劇だ」(橘博士)国連平和軍の切り札・サイレントドラゴンは、敵に気付かれることなく核ミサイルを撃ち込むことの出来る潜水艦だ。この最新鋭の兵器が突如として反旗を翻した。ハートランド艦長が世界の支配者を名乗り、核ミサイルを盾に全面降伏を突きつけてきたのだ。艦長は誇り高い軍人にして、橘博士の学生時代の親友だった。
「新しいメンバー!?」(由自)ゲッターチームに新たな仲間が加わることになった。“ミラクル・ガイ”の異名をとる国連平和軍のエースパイロット・シュレンドルフだ。面会のため、ドイツへと飛んだ橘博士。シュレンドルフも空港で博士の到着を待っていた。そこにラセツの差し向けたメタルビーストが出現し、二人を抹殺しようと攻撃を仕掛けてくる。
「剴、俺が行方不明になっても助けに来てくれるか?」(號)號たちは整備班の中野から、不思議な相談を持ちかけられた。野外美術館・アートウッドでガードマンをしていた親友が、何の前触れもなく消失してしまったというのだ。しかも行方不明になった人間は、今まで表沙汰になっていなかっただけで他にもいた。探偵気分で調査を開始した號たちが、中野と共に現場を訪れると…。
「いくぞフンドシ兄弟!!」(號)剴の弟・哲がNISAR基地にやって来た。夏休みを利用し、基地の仲間たちと海水浴に行く予定になっていたのだ。しかしその日の深夜、メタルビーストがハワイ島に上陸し、島全体を巨大な繭で包むという事件が発生する。急遽、現場に向かうことになった剴たち。楽しみを台無しにされ、哲はヘソを曲げてしまう。
「ボクたち完全に、ビッグネイザーから追い出されたわ!」(翔)ゲッターチームが出撃している隙を狙い、ヤシャがメタルビーストでNISAR基地に侵入した。ラセツが囮になって號たちを遠ざけている隙をついて、地下から突撃したのだ。ヤシャはシールドシステムを誤作動させてゲッターチームを基地から締め出すと、中枢部の破壊を目指して着々と作戦を進めてゆく…。
「美女は使命感より強し…か?」(剴)ゲッターチームに埋立地の地盤を調査するよう命令が下った。調査対象の北九州玄海ベイシティは国連平和軍の研究部門を受け持つ重要な施設で、最近多発している地震の影響が懸念されていたのである。ところが、ベイシティ計画の責任者・望月里美は、安全システムを過信するあまり、調査の受け入れを拒否する。
「ソードトマホークを奪ってやる!」(號)見知らぬ戦闘ロボットがゲッターロボの助太刀に現れ、脅威的な力を持つ武器・ソードトマホークで、あっという間にメタルビーストを切り伏せた。搭乗者の名は吉井レミ。橘博士と同様にG鉱石の研究を進めていた、吉井博士のひとり娘だ。ついにG鉱石製の剣の開発に成功したか…感慨に浸る橘博士だったが…。
「父さん、ボク後悔なんかしないよ。自分で選んだ道なんだから」(翔)翔の従姉妹の姉・佐恵子が、沖縄で結婚式を挙げた。幼い頃は母親代わりとして面倒をみてくれた女性だ。その彼女が、ヤシャの襲撃に巻き込まれてしまった。現場に急行した號たちは、佐恵子たちが人質に取られていると知って一時撤退。人質の中に紛れ込むという翔の作戦を採用し、潜入した彼女のサポートに回る。
「攻撃は大気圏外からです!」(由自)静止衛星軌道上に現れたメタルビーストが、宇宙空間からレーザー攻撃をしかけてきた。次の攻撃は、軌道を一周する90分後。それまでにゲッター翔にロケットブースターを取り付け、大気圏外へ打ち上げなければならない。翔は宇宙飛行士の訓練を受けておらず、無重力での行動経験もないまま、極めて困難な作戦に挑む。
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