学校に遅刻したどれみたちは、学校にいる全員が悲しみの茨による眠りについているのを発見。慌てて魔法を使って目を覚まさせるが、思い出の品作りを考えていた以上に急がねばならないことを知る。手がかりを探す一同は、魔法らしき呪文で動物と話すロビーという少年の存在を知り、ヒントを得るために会いに行く。
どれみたちは最後のプレゼント、幸せな家族の姿を織り込んだタペストリーの製作に取りかかった。その間にも悲しみの眠りは広がり、ハナちゃんとパオちゃんが吸い取ろうとしても、とても追いつかない。途方に暮れているどれみたちのもとにオヤジーデたちが現れ、助太刀を買って出る。そしてタペストリーは完成する。
先々代の女王さまが、ついに悲しみから解放された。最後の茨が消えたことで、眠りに落ちていた人間界の人々も目をさます。そして先々代女王さまは、どれみたちや魔女たちと協力して、魔女ガエルの呪いを解く。女王さまは次期女王にハナちゃんを推薦。当初からの約束通り、どれみたちを魔女にすると宣言するが…。
ももこがニューヨークに帰ることになった。両親は「ももこだけ日本に残ってもいい」と提案してくれたのだが、両親ともどれみたちとも別れて暮らしたくないももこは、自分の選ぶべき道がわからない。おんぷは一足先に、自分の道を決めてしまったようだ。思い悩むももこは、ある夜、夢の中で懐かしい人物と再会する。
あいこは週に一度、母の働く大阪の老人介護施設へと手伝いに通っていた。入院している祖父・惣一の世話をするためだ。あいこが懸命に尽くしても、惣一はひと言も口を聞こうとしない。だが、どれみたちが心配になって様子を見に来た日、初めてあいこに声をかける。それをきっかけに、あいこは胸の内を惣一に語り始める。
はづきの作った「フレンズ」という曲を、卒業記念におジャ魔女たちみんなで演奏することになった。そのはづきは、練習にも集中できずに失敗ばかり。実はどれみと同じ中学に通うと宣言しながら、内緒でカレン女学院を受験して合格していたのだ。最後まで迷うはづきは、どれみに本当の気持ちを打ち明ける決心をする。
魔女になるのか普通の人間のままでいるのか、決断を下す日がやって来た。魔女界を訪れたどれみたちに、女王さまはある告白をしてベールを取る。その下に隠されていた素顔は、誰もが驚く思いがけない人物のものだった。どれみたちがみんなで考えた決断に、女王さまは納得。だが、ハナちゃんはショックを受け…。
おジャ魔女たちは卒業式の朝を迎えた。笑顔で家を出るどれみだったが、みんなと別れる悲しみに耐えられなくなり、学校へは向かわず、MAHO堂にこもって扉に鍵を掛けてしまう。卒業なんてしたくない…涙を流すどれみのために、はづきやあいこやおんぷやももこ、そしてハナちゃんが、クラスのみんなが集まってくる。
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