「人間界に悪魔領事館を置き、東嶽大帝様に代わって人間たちを治めるのことアル」(トン・フーチン)悪魔大使トン・フーチンが東嶽大帝の命を受け、ソロモンの笛を奪うために人間界にやって来た。トン・フーチンは手下の大口童子に良心を食べさせ、人間たちを次々に東嶽大帝の手先に変えてゆく。そしてソロモンの笛を渡すよう、悪魔くんを脅迫。悪魔くんは囚われた良心を奪い返すため、大口童子の体内に飛び込む。
「そうよ、魔女になれば男なんて屁の河童よ!」(エツ子)アムリタという謎の評論家が、現代は女性の時代だと主張して活躍していた。悪魔くんの母コハルや妹のエツ子は、彼女に勧められて魔女の道具を手に入れる。喜ぶ二人は甘い言葉でそそのかされ、本物の魔女になることを承知してしまう。アムリタの正体は、魔女の力で悪魔くんを倒そうと企む透明魔人だったのだ!
「なんだと!誰が逃げ回ってるって!どこにいるんだ、その気球魔人ってのは!」(メフィスト2世)部下の不甲斐なさに怒る東嶽大帝は、十二使徒を初めとして、裏切り者や白悪魔の首にも多額の賞金をかけた。これを聞いた賞金稼ぎの悪魔・気球魔人とピラドクロは、最も高額な賞金首であるメフィスト2世を標的に定める。二人はガハハ3人組にメフィスト2世を誘き出させると、巧みな両面攻撃を仕掛ける。
「このままでは見えない学校は、すべての生命エネルギーを奪われ死んでしまうのである…」(ヨナルデ)東嶽大帝に追われる悪魔くんたちは見えない学校を隠したが、幽霊船を操るラルバたちに見つかってしまった。ラルバは見えない学校の生命エネルギーを吸い取ろうと、幽霊船で体当たりを続ける。一方、人間界で究極の六芒星を捜す悪魔くんたちにも、見えない学校との合流を阻止しようとする魔の手が迫ってくる!
「さあ、元に戻りたかったらこの契約書にサインをすることだ」(タコス)ある日、貧太、情報屋、キリヒトの3人は、好奇心から見知らぬ洋館に探索に入った。館の中には、自分の星を失って地球にやって来た、タコスという宇宙悪魔がいた。タコスは貧太たちを零球に閉じ込めると、悪魔の契約書にサインさせようとする。脱出には成功したものの、3人の身には不思議な変化が起きていた。
「急がなきゃ、父さんやみんなが完全にカエルビトにされて、日本もゴモリーに支配されてしまう!」(悪魔くん)父・茂を迎えに不思議博覧会に出かけたエツ子と百目は、情報屋たちと合流してパビリオンを見て回っていた。しかし博覧会自体が、黒悪魔ゴモリーの罠だった。観覧客を自分の意のままに動くカエルビトに変えていたゴモリーは、百目たちも無力なカエルに変えてしまう。異変を察知した悪魔くんが、博覧会場に急ぐ!
「悪魔くんは魂でソロモンの笛を吹いているんだ…」(メフィスト2世)悪魔くんのもとに地獄の鬼が助けを求めてやって来た。エンマ大王の秘宝・集魔玉が奪われたせいで亡者たちが暴れ、地獄界が大混乱に陥っているというのだ。誰が集魔玉を盗んだのか?手がかりを求めて芋虫仙人のもとへ向かった悪魔くんに、真犯人の吸血小人が襲いかかってくる。悪魔くんは反撃しようとするが…。
「すべてが金で動くこの時代、私の才能を持ってすれば、莫大な金を稼いで世界を牛耳ることも時間の問題だった…」(バラモン)登校中の悪魔くんを、黒悪魔ロソンの配下・リリスの送った刺客が襲った。悪魔くんは傷付きながらも、日本に迫る謎の彗星の正体が霊魂エネルギーだと気付き、黒悪魔のアジトだった歴史を持つ軽井沢に向かう。そこには自分の魔力を強化しようともくろむロソンことバラモンによる、邪悪な魔方陣が描かれていた!
「父上の果たせなかった夢を、我が生徒たちが見事果たしましたぞ!」(ファウスト博士)初代ファウスト博士の日記に隠された古代地図によって、捜し続けていたソロモンの鍵がシバの神殿にあることが判明した。行く手には幾多の困難が待ち受けていると知りつつも、悪魔くんは十二使徒と共にシバの神殿へと向かう。そして数々の苦しみを知恵と勇気で乗り越えた一同の前に、ようやく伝説のソロモン王が現れた。
「見損なったぜ。エッちゃん一人を助けられない悪魔くんに、世界が救えるか!」(メフィスト2世)悪魔界を手中に収めた東嶽大帝は、息子のバルバドスたちにソロモンの笛の奪取と悪魔くんの抹殺を命じる。残虐非道なバルバドスたちは学校を襲い、エツ子たちを人質に取って悪魔くんに降伏を迫る。悪魔くんは悩みながらも、妹や友達を救出するために学校へ向かう。悪魔くんに逆転のチャンスは残されているのか!?
「悪霊玉の爆発に耐えたとしても、見えない学校の運命は…もはや窮まったか!」(東嶽大帝)ついに東嶽大帝の本拠地を知った悪魔くんは、十二使徒と共に見えない学校で魔空間に突入する。次々と現われる強力な悪魔たちを相手に、傷だらけになってゆく十二使徒たち。行く手には幽霊船サルガッソーを操るリリスが立ちふさがり、しかも見えない学校は、この最大の危機になぜか全機能を停止してしまう!
「傷つき疲れきった見えない学校が、ボクにふたたび勇気を奮い起こさせてくれたんだ!」(悪魔くん)東嶽大帝との最終決戦が始まった。だが、これまでの戦いで大きなダメージを負っている悪魔くんと十二使徒にとって、相手の生命エネルギーを吸収して自らの力に変えてしまう東嶽大帝は、あまりにも強大な敵だった。必死に立ち向かう悪魔くんは究極の六芒星を使おうとするが、肝心のソロモンの笛を奪われてしまう…。
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